博士科研启动基金(12041653)
- 作品数：2 被引量：8H指数：2
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- 相关领域：自动化与计算机技术生物学更多>>
- 基于模拟退火算法的高分辨率蛋白质质谱数据特征选择被引量：3
- 2009年
- 蛋白质质谱技术是蛋白质组学的重要研究工具,它被出色地应用于癌症早期诊断等领域,但是蛋白质质谱数据带来的维灾难问题使得降维成为质谱分析的必需的步骤。本文首先将美国国家癌症研究所提供的高分辨率SELDI-TOF卵巢质谱数据进行预处理;然后将质谱数据的特征选择问题转化成基于模拟退火算法的组合优化模型,用基于线性判别式分析的分类错误率和样本后验概率构造待优化目标函数,用基于均匀分布和控制参数的方法构造新解产生器,在退火过程中添加记忆功能;然后用10-fold交叉验证法选择训练和测试样本,用线性判别式分析分类器评价降维后的质谱数据。实验证明,用模拟退火算法选择6个以上特征时,能够将高分辨率SELDI-TOF卵巢质谱数据全部正确分类,说明模拟退火算法可以很好地应用于蛋白质质谱数据的特征选择。
- 李义峰刘毅慧
- 关键词：模拟退火癌症早期诊断蛋白质质谱
- 基于遗传算法的蛋白质质谱数据特征选择被引量：7
- 2009年
- 针对蛋白质质谱数据在降维、分类及生物标记物识别过程中存在的问题,提出一种基于遗传算法的特征选择方法,介绍几种常用的相关策略,包括基于排列和精英保留的随机通用采样选择策略和基于自适应变异率的均匀变异策略,给出2个适应度函数——封装器函数与多变元筛选器函数,将它们引入遗传算法中,并进行性能测试与比较。实验结果表明,基于封装器的遗传算法性能优于其他特征选择算法,而基于多变元筛选器的遗传算法性能优于单变元筛选器算法。
- 李义峰刘毅慧
- 关键词：质谱遗传算法
