中央高校基本科研业务费专项资金(CUGL110219)
- 作品数：2 被引量：9H指数：2
- 相关作者：侯新东曾莉邢婷婷韩大永尹帅更多>>
- 相关机构：中国地质大学更多>>
- 发文基金：中央高校基本科研业务费专项资金国家自然科学基金中国地质大学(武汉)教学实验室开放基金更多>>
- 相关领域：生物学农业科学更多>>
- 基于ITS序列探讨10种荨麻科植物的系统发育关系被引量：5
- 2013年
- 以庐山地区12种荨麻科植物为试验材料,开展ITS序列研究,探讨该序列作为荨麻科植物系统发育研究的可行性及传统植物分类与分子系统分类的异同。通过PCR扩增和克隆产物测序,获得10种荨麻科植物的ITS序列。利用MEGA4.0软件,以滇藏荨麻为外类群,采用NJ和MP法构建系统树结果一致,明显分为3个分支,楼梯草族、苎麻族和荨麻族分别构成一支。研究结果表明用ITS序列对荨麻科植物进行系统发育研究是可行的;利用分子技术所得到的系统发育结果与传统形态学的分类结果基本一致。
- 侯新东尹帅盛桂莲程丹丹赖旭龙
- 关键词：核糖体DNA荨麻科PCR扩增系统发育分析
- 荨麻科植物DNA条形码的筛选被引量：6
- 2014年
- 【目的】评价不同DNA条形码候选序列对荨麻科植物的鉴别能力,为荨麻科植物鉴定提供参考。【方法】使用ITS、matK、rbcL和psbA-trnH序列的通用引物对荨麻科植物进行PCR扩增和测序,比较各序列的扩增效率、测序成功率,分析获得序列的碱基组成及变异,比较种间和种内变异的差异,并对条形码间距进行评估。【结果】psbA-trnH序列在荨麻科植物13个种30个样品中的扩增成功率最高（100.0%）。psbA-trnH的有效序列获得率最高,为95.4%,ITS为92.3%,rbcL为90.1%,matK为零。ITS序列种间遗传距离范围为0~0.508,psbA-trnH序列为0~0.522,rbcL序列为0~0.532。ITS序列在种间、种内的差异变异及条形码间距较rbcL与psbA-trnH具有更明显的优势。ITS序列构建的系统发育树中不同物种形成单系分支的百分比最高,其次为psbA-trnH、rbcL序列。聚类结果表明,MP法的聚类效果最好,其次为UPGMA法、ML法,NJ法最不理想。【结论】荨麻科植物种间变异明显大于种内变异,DNA条形码适用于荨麻科植物种水平上的鉴定;3个候选序列中无任何一个序列可完全鉴别出不同种类的荨麻科植物,ITS、rbcL与psbA-trnH可作为鉴别荨麻科植物的DNA条形码序列组合。
- 侯新东韩大永曾莉邢婷婷
- 关键词：DNA条形码ITSRBCLPSBA-TRNHMATK
