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根据基因表达谱筛选间接互作蛋白质进行蛋白质功能预测: 2006年; 利用基因表达谱数据,通过计算互作蛋白质的表达相关系数,来筛选、优化蛋白质互作网络。结果显示,利用经过筛选的互作数据,根据邻居计数法和卡方法进行功能预测的预测效果明显提高,距离待测蛋白质较远的邻居也包含着与待测蛋白质功能一致的信息。; 高磊朱明珠郭政李霞; 关键词：基因表达谱基因功能

利用GeneHub软件多角度分析基因功能相关与表达相关的联系被引量：2: 2006年; 我们研制的GeneHub软件可以用来评价基因功能分类体系中各个功能单元的表达相关性的显著性,从而筛选与实验条件相关的功能单元。采用不同的相似性测度与不同的数据集,使用GeneHub研究了分别按染色体定位、蛋白质细胞位置与互作、代谢通路、信号传导通路等五个方面分类的基因的表达相关性,结果显示按照这些不同的方面分类的基因显著共表达,并且这种共表达现象往往受相关实验条件影响。为基因表达谱分析中广泛采用的假设“功能相关的基因表达相关”提供了进一步的实验证据。; 王晨光郭政李霞余辉徐建震; 关键词：基因芯片基因表达基因功能数据库

基因表达时间延迟调控关系识别软件ITdGR: 2005年; 基因表达调控网络的深入研究有利于分子药物靶标的发现以及推新药的研发,是未来生物医学研究的重要内容。针对基因表达调控的时间延迟问题,我们初步设计开发了一套基于基因表达谱数据识别基因表达时间延迟调控关系的软件ITdGR(Identification of Time-delayed Gene Regulations)。并已经成功地将该软件应用于酿酒酵母细胞周期的基因表达谱数据中,识别出的调控关系与已有的知识相符。该软件为基因调控网络重构以及基因表达动态研究提供了一个方便和快捷的工具。; 姜伟李霞郭政饶绍奇; 关键词：基因调控网络决策树

结合蛋白质互作与基因表达谱信息大范围预测蛋白质的精细功能被引量：8: 2006年; GESTs(gene expression similarity and taxonomy similarity)是结合基因表达相似性和基因功能分类体系Gene Ontology(GO)中的功能概念相似性测度进行功能预测的新方法.将此预测算法推广应用于蛋白质互相作用数据,并提出了几种在蛋白质互作网络中为功能待测蛋白质筛选邻居的方法.与已有的其它蛋白质功能预测方法不同,新方法在学习过程中自动地从功能分类体系中的各个功能类中选择最合适的尽可能具体细致的功能类,利用注释于其相近功能类中的互作邻居蛋白质支持对此具体功能类的预测.使用MIPS提供的酵母蛋白质互作信息与一套基因表达谱数据,利用特别针对GO体系结构层次特点设计的3种测度,评价对GO知识体系中的生物过程分支进行蛋白质功能预测的效果.结果显示,利用文中的方法,可以大范围预测蛋白质的精细功能.此外,还利用此方法对2004年底Gene Ontology上未知功能的蛋白质进行预测,其中部分预测结果在2006年4月发布的SGD注释数据中已经得到了证实.; 高磊李霞郭政朱明珠李彦辉饶绍奇; 关键词：基因表达谱 GENE ONTOLOGY 蛋白质功能

与实验条件相关的基因功能模块聚类分析方法被引量：5: 2004年; 针对细胞内基因功能模块化的现象,定义了“基因功能模块”和“特征功能模块”两个概念,并基于这两个概念提出一种“与实验条件相关的基因功能模块聚类算法”。该算法综合利用基因功能知识与基因表达谱信息,将基因聚类为与实验条件相关的基因功能模块。向基因表达谱中加入水平逐渐升高的数据噪音,根据基因功能模块对数据噪音的抵抗力,确定最稳定的基因功能模块,即特征功能模块。加噪音实验显示,在基因芯片技术可能发生的噪音范围内,该算法对噪音的稳健性优于层次聚类和模糊C均值聚类。将模块聚类算法应用在NCI60数据集上,发现了8个与实验条件高度相关的特征功能模块。; 喻辉郭政李霞屠康; 关键词：基因芯片技术聚类分析基因表达谱

利用亚细胞位置特异的基因功能模块与表达调控网络识别疾病特征基因被引量：3: 2006年; 利用GeneOntology中的生物过程(biologicalprocess)及细胞组分(cellularcomponent)两种分类体系,选择显著聚集差异表达基因的复合功能模块,识别其中能够有效分类疾病样本的特征功能模块,以特征功能模块中的差异表达基因作为特征并分析它们与疾病的相关性.对前列腺癌、胃癌和白血病数据的分析结果表明,基于特征功能模块的特征基因选择方法可以识别与疾病高度相关的功能一致的特征基因.进一步的分析显示,根据特征功能模块和基因表达调控信息构建基因表达调控网络,可以从中挖掘可能的疾病关键特征基因,并提示对复杂疾病同时应答的多功能模块间协同作用关系机理研究的重要线索.同时,本研究结合基因功能分类的疾病特征基因选择方法提示了一种高准确度的疾病分类方法,分类结果有明确的生物学意义,对复杂疾病的分子病理学研究亦有重要的意义.; 张敏朱晶郭政李霞杨达王磊饶绍奇; 关键词：基因表达谱 ONTOLOGY 特征基因基因调控网络

功能相关基因模块的共表达分析软件GeneHub: 2005年; 介绍了研制的功能相关基因模块的共表达信息融合分析软件GeneHub的7个功能模块:数据提交及分解、统一编号、数据标准化、差异表达基因筛选、基因功能分组、表达相关性统计分析和综合评价,Gene Hub涉及的生物学.数据库(LocusLink、Unists、GO、KEGG、BIND、MIPS).应用GeneHub,可选择不同的表达相似性测度(欧氏距离,Pearson相关系数,Spearman相关系数)在不同的实验数据集上研究功能相关基因的表达相关性.GeneHub已被用于研究按染色体定位、蛋白质互作及蛋白质复合物、调控通路、信号传导通路和细胞位置5个方面的基因功能分类体系下基因组共表达现象.该软件有利于整合其他多种基因组信息源,从而为采用信息融合分析技术挖掘基因表达谱数据和发现新的基因功能知识建立了很好的基础.介绍了研制的功能相关基因模块的共表达信息融合分析软件GeneHub的7个功能模块:数据提交及分解、统一编号、数据标准化、差异表达基因筛选、基因功能分组、表达相关性统计分析和综合评价,Gene Hub涉及的生物学.数据库(LocusLink、Unists、GO、KEGG、BIND、MIPS).应用GeneHub,可选择不同的表达相似性测度(欧氏距离,Pearson相关系数,Spearman相关系数)在不同的实验数据集上研究功能相关基因的表达相关性.GeneHub已被用于研究按染色?; 郭政张田文李霞屠康喻辉徐建震王辰光; 关键词：基因芯片基因表达基因功能数据库

利用基因芯片观察抑郁症大鼠模型基因表达的变化: 2006年; 目的:采用高通量基因芯片观察大鼠抑郁症模型基因表达的变化,结合基因功能分类体系探讨抑郁症的发病机制。方法:实验于2004-04/2005-10在成都康弘集团实验动物中心和哈尔滨医科大学完成。采用Willner法对32只雄性SD大鼠构造大鼠抑郁症模型,应激刺激造模结束后将大鼠分为模型组和正常组,每组各8只。由基因芯片检测8只模型组和8只正常组大鼠的基因表达谱,识别差异表达基因并注释于GO基因功能分类体系,分析差异表达基因与疾病的相关性。结果:实验纳入大鼠数量为16只,实验中无意外死亡、丢失及补充,进入结果分析大鼠数量为16只。对模型组和正常组,通过t检验筛选得到207个差异表达基因,涉及神经肽激素活性、信号传导通路、核糖体生成以及蛋白质转运与降解。具有钙调蛋白依赖的蛋白激酶活性基因钙调蛋白依赖的蛋白激酶1、钙调蛋白依赖的蛋白激酶2G、钙调蛋白依赖的蛋白激酶2抑制物α、具有囊泡介导转运功能的基因突触蛋白表达下调也表明这些通路在大鼠抑郁症模型中可能被抑制;有神经肽激素活性的精氨酸加压素表达下调,验证了情感性精神障碍的精氨酸加压素的假说,即抑郁症患者精氨酸加压素功能降低,在躁狂症患者则升高。进一步验证了抑郁症的病理机制所涉及的可能是神经传递功能的多个环节。结论:单胺递质的释放、信号传导以及神经肽调节的表达变化涉及抑郁症的发病机制,提示多种功能通路与抑郁症的发病机制相关。; 王栋李强杨达郝晓峰李崇前吕莹丽钟国才王海敏郭政; 关键词：抑郁症基因表达基因

决策树特征基因选择方法对SVM有效性的研究被引量：22: 2004年; 基因芯片新兴生物技术为从分子水平上研究疾病的发病机理和临床疾病诊断提供了强有力的手段。其中特征基因选择是疾病模式识别诊断最重要的一个环节 ,但不同的特征基因选择方法往往影响疾病模式分类方法的效能。本研究针对这一问题 ,结合结肠癌基因表达谱数据分析 ,研究了递归决策树特征基因选择集成方法EFST ,对支持向量机 (SVM )模式分类器能力的影响。主要从特征基因选择前后分类器的性能、支持向量的吻合度、错分样本标识的吻合度、对样本均匀翻倍模式分类器的稳定性的影响等四个方面研究EFST特征选择算法对支持向量机模式分类方法的影响 ,同时考察了支持向量机模式分类器的泛化能力。结果表明 :基于决策树特征基因选择算法EFST明显地提高了支持向量机模式分类的效能 ,且支持向量机模式分类器具有很强的泛化能力。; 李霞张田文李丽郭政; 关键词：特征基因支持向量机支持向量

安佳欣胶囊对抑郁症模型大鼠基因功能类表达影响的初步研究被引量：12: 2007年; 目的研究安佳欣胶囊对抑郁症模型大鼠基因功能类表达的影响。方法分析抑郁症大鼠模型组和安佳欣胶囊组各8例样本的基因表达谱数据,筛选差异表达基因。利用基因功能分类体系Gene Ontology中的生物学过程子树和细胞组分子树,寻找和分析显著聚集差异表达基因的复合功能类,从分子水平和基因功能模块水平探索安佳欣胶囊对抑郁症模型大鼠基因表达谱的影响。结果筛选出330个差异表达基因,并进一步识别了8个差异表达基因功能模块,主要涉及糖代谢、蛋白转运、谷氨酰胺代谢、凋亡诱导和神经发生。通过文献证实进一步发现了差异功能模块中7个可能与抑郁症发病相关的基因(Pfkm、Gpx1、Stx1a、Ninj2、Plp、Evl、Nrn1)在两组动物中差异表达。结论安佳欣胶囊可能增加抑郁症模型大鼠的单胺递质合成和释放,改善神经保护和神经发生功能,这些改变可能与安佳欣胶囊的抗抑郁作用有关。; 钟国才李强柯尊洪吕莹丽郝晓峰李崇前杨达王海敏王栋郭政; 关键词：抑郁症基因表达谱 GENE ONTOLOGY 基因功能

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