博士科研启动基金(ZC304009154)
- 作品数：3 被引量：3H指数：1
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- 相关机构：浙江师范大学更多>>
- 发文基金：博士科研启动基金国家自然科学基金更多>>
- 相关领域：农业科学更多>>
- 小麦属植物寒胁迫相关miRNA的生物信息学研究被引量：2
- 2011年
- miRNAs(microRNAs)是一类非编码的小分子RNA,在许多生物学过程中起重要调控作用。最近研究表明,miRNA也参与植物对寒胁迫的应答,使植物耐寒性增强。本研究用已知miRNA序列,基于序列相似性分别搜索小麦属中小麦和大麦寒胁迫及非寒胁迫来源的EST数据,根据碱基错配、二级结构、(A+U)含量、能量水平等标准,鉴定可能为miRNA前体的EST序列。结果表明,在小麦中总共获得199条可能为miRNA的EST,分别属于22个miRNA家族,其中9条来源于寒胁迫相关的EST,分别属于2个miRNA家族;在大麦中一共获得31条可能为miRNA的EST,这些序列均来自于非寒胁迫相关的EST,分别属于7个miRNA家族,而在寒胁迫来源的EST中没有鉴定出候选miRNA序列。
- 于颢闫旭郭卫东辛德东
- 关键词：MIRNA大麦小麦EST
- 籼稻寒胁迫诱导基因5′-UTR模体鉴定
- 2011年
- 非生物胁迫因子对植物的生长和发育具有较大影响,植物在长期进化过程中,逐渐形成了应对非生物胁迫的应答机制。研究表明,转录后水平调控与植物对非生物胁迫的应答机制有密切关系。mRNA的5′-UTR区域有许多转录后调控元件能够影响mRNA的丰度。本试验比较了籼稻寒胁迫及非胁迫诱导基因之间的5′-UTR序列特点,并用富集法对寒胁迫和非胁迫诱导基因的序列进行分析,在籼稻中鉴定出了5个寒胁迫诱导基因特有的模体。对这些模体的功能进行深入分析,有助于揭示寒胁迫诱导基因的表达调控机制。
- 闫旭于颢阮盈郭卫东辛德东
- 关键词：籼稻诱导基因
- 水稻microRNA单核苷酸多态性被引量：1
- 2011年
- microRNA(miRNA)是一类内源性非编码小RNA,长度约22个核苷酸。miRNA通过与靶基因mRNA特定位点结合,调控植物生长、发育和胁迫耐受性。pre-miRNA的单核苷酸突变会影响miRNA的成熟过程和调控功能,因此,研究miRNA基因中的单核苷酸多态性(SNP)分布对研究miRNA功能分化和基因进化有重要意义。为探讨水稻miRNA基因单核苷酸多态性及其潜在生物学意义,基于现有水稻SNP数据,分析了水稻pre-miRNA区、侧翼区(位于pre-miRNA上下游,与pre-miRNA等长的区间)的SNP分布。与已经报道过的绝大多数生物不同,SNP在水稻pre-miRNA区的频率与侧翼区无显著差异。进一步研究SNP在pre-miRNA二级结构中的分布,发现种子区SNP频率跟茎区、环区也无显著差异。然而,SNP在水稻基因区分布跟其他生物相似,即基因区SNP频率显著低于基因侧翼区。这可能暗示pre-miRNA侧翼区功能对miRNA非常重要,也可能与SNP在不同miRNA基因之间的分布不均衡有关,一部分miRNA基因正经历纯化选择压力放松,积累较多突变而成为新的基因或失去功能。但是以上结果并不排除是由于当前水稻SNP数据可靠性不高而导致的偏差。
- 于颢闫旭郭卫东辛德东
- 关键词：MICRORNA水稻单核苷酸多态性
