广东省自然科学基金(8251018201000002)
- 作品数：2 被引量：3H指数：1
- 相关作者：陶爱林邹泽红李胜涛刘昌文赖荷更多>>
- 相关机构：广州医学院第二附属医院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金广东省自然科学基金广东省医学科学技术研究基金更多>>
- 相关领域：医药卫生更多>>
- MHC-Ⅱ类抗原表位预测软件的对比评价被引量：3
- 2010年
- 比较不同MHC-Ⅱ类抗原表位预测软件的优缺点,为后续应用提供依据。在众多HLA-Ⅱ类抗原表位中,选取HLA-DR的6个表位(DRB1*0101,0301,0401,0701,1101和1501)为代表,选取MHCBN数据库中的309条已知抗原表位的肽链为待测肽链。使用近年来常用的7个表位预测软件,根据不同软件的临界值确定入选结果数据,比较各软件所得结果与已有的实验结果之间的差距以确定其优劣。综合7个软件预测结果进行评价,得出NetMHCⅡ和NetMHCⅡpan所得结果准确率最高。可以用NetMHCⅡpan及NetMHCⅡ进行MHC-Ⅱ类分子抗原表位预测。不同软件HLA的各个亚型的预测所得指标不一致,提示综合运用不同软件对多肽表位进行预测十分必要。
- 李胜涛刘昌文邹泽红陶爱林
- 关键词：表位预测
- 铜绿假单胞菌外毒素A免疫毒素片段的抗原性评估及三级结构模拟
- 2008年
- 目的克隆铜绿假单胞菌外毒素A（PEA）基因及分析不同克隆序列中不同性质氨基酸对抗原性及三级结构的贡献。方法以铜绿假单胞菌基因组DNA为模板，以PEA编码基因特异区段为引物，采用Touchdown PCR克隆PEA编码基因。阳性克隆经菌落PCR鉴定后进行DNA测序及Clustal X（1．83）比对分析；采用生物信息学在线软件BIMAS及SWISS—Model对所得基因编码蛋白进行抗原性评估及三级结构模拟。人为置换关键部位的氨基酸残基，考察不同性质氨基酸对三级结构的影响。结果从铜绿假单胞菌DNA中获得3个克隆。抗原性分析及三级结构模拟结果显示，3个克隆与公开发表的序列之间存在少数氨基酸的差异；个别区段上氨基酸的改变可引起相应位点抗原性的改变，但仅有个别位点的改变对空间结构产生影响。结论基于抗原性评估及三级结构分析，获得了不同性质氨基酸对抗原性及三级结构的贡献等信息，为PEA编码基因用于弱化抗原性靶向性毒素的构建奠定了基础。
- 冯木林陶爱林邹泽红刘绮明伍秋容赖荷
- 关键词：基因克隆抗原性聚合酶链反应
