国家自然科学基金(81102378)
- 作品数：3 被引量：4H指数：1
- 相关作者：姜秀萍王林杨青陈鹏陈琦更多>>
- 相关机构：大连理工大学更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金中央高校基本科研业务费专项资金更多>>
- 相关领域：医药卫生生物学农业科学更多>>
- 绿盲蝽多聚半乳糖醛酸酶基因的克隆及生物信息学分析被引量：1
- 2014年
- 从绿盲蝽(Apolygus lucorum)成虫中克隆得到1个多聚半乳糖醛酸酶(Polygalacturonase,PG)基因ALPG(GenBank登录号JQ288100.1),其碱基序列为1 050 bp,编码350个氨基酸。获得的该碱基序列与美国豆荚草盲蝽(Lygus hesperus)PG具有很高的同源性,碱基序列一致性为93%。该基因编码蛋白AL-PG有氨基端疏水信号肽序列(MKFTIYALGLLVAVASA)。预测的成熟肽相对分子质量为35.9 kD,等电点为8.89。AL-PG二级结构由大量的β-折叠、β-转角和无规则卷曲组成,而α-螺旋的数量非常少。AL-PG三级结构是右手平行的β螺旋结构,包含4组β折叠,PB1,PB2a,PB2b和PB3。催化氨基酸残基Asp153,Asp173和Asp174在底物结合裂缝的底部,底物结合裂缝入口的最小距离为8.4。
- 王林贾秋磊姜秀萍
- 关键词：绿盲蝽多聚半乳糖醛酸酶基因克隆生物信息学
- 巴曲酶的线性和构象型B细胞抗原表位的预测被引量：1
- 2013年
- 目的：预测巴曲酶的B细胞线性表位和构象型表位,本项目的预期成果可为该药物的安全化应用提供新思路。方法：基于巴曲酶的蛋白质序列,采用DNAStar软件和ABCpred、BCPREDS、BcePred和BepiPred 1.0服务器预测巴曲酶的线性表位。以蝮蛇毒蛋白C激活剂蛋白的晶体结构为模板,利用MODELLER9.10软件中的Pythonwin程序进行该酶的同源模建,并利用PROCHECK、ERRAT及PROSA程序进行合理化评价。根据巴曲酶的模建三维结构并结合DiscoTope和cons PPISP网络数据库预测构象型抗原表位。结果：得到肽端AA3~9、19~31、57~82、93~101、106~114、127~142、171~183、196~208、223~230区域为巴曲酶的B细胞线性表位优势区域。然后得到蛋白的N端41~48、57~71、76~82、93~100、109~115、127~133、146~152、194~203区段为B细胞构象型表位区域。结论：这些B细胞抗原表位可为降低巴曲酶的免疫原性提供实验依据。
- 贾秋磊尹茂鲁陈磊陈琦杨青姜秀萍
- 关键词：巴曲酶免疫原性同源模建
- 白眉蝮蛇降纤酶的同源模建及B细胞抗原表位预测被引量：2
- 2013年
- 白眉蝮蛇降纤酶是我国在临床上用来治疗血栓栓塞性疾病的国家基本药物。但该酶来源于蛇毒,是异源蛋白,且是大分子蛋白质,不可避免的存在免疫原性问题。另外该蛋白药物在我国使用规模很大,因此由免疫原性导致的安全性问题不容忽视。首先通过DNAStar软件和ABCpred、BCPREDS等服务器预测得到肽端AA27~35、44~50、66~72、79~98、101~109、117~127、134~142、151~164、179~188、194~206、221~233、247~260区域为白眉蝮蛇降纤酶的B细胞线性表位优势区域。然后以蝮蛇毒蛋白C激活剂蛋白的晶体结构为模板,利用MODELLER 9.10软件中的Pythonwin程序进行白眉蝮蛇降纤酶的同源模建,并利用PROCHECK、ERRAT及PROSA程序进行同源模建的合理化评价。根据白眉蝮蛇降纤酶的模建三维结构并结合DiscoTope和cons PPISP网络数据库预测B细胞构象型抗原表位。得到蛋白的N端45~51、81~90、95~106、134~141、153~159、177~182、225~232、251~257区段为白眉蝮蛇降纤酶的B细胞构象型表位区域。本项目的预期成果将为降纤酶药物的安全化应用提供新思路,为蛋白质药物免疫原性机制研究提供技术基础。
- 贾秋磊王林陈鹏杨青姜秀萍
- 关键词：降纤酶同源模建
