国家科技重大专项(2012ZX10004401)
- 作品数：3 被引量：13H指数：2
- 相关作者：李思思赵赤鸿武桂珍刘晓宇祁贤更多>>
- 相关机构：中国疾病预防控制中心江苏省疾病预防控制中心传染病预防控制国家重点实验室更多>>
- 发文基金：国家科技重大专项江苏省科技支撑计划项目国家高技术研究发展计划更多>>
- 相关领域：医药卫生更多>>
- 高通量测序H7N9禽流感病毒基因组模板制备方法的优化及应用被引量：4
- 2013年
- 目的:建立一种较优的高通量测序H7N9禽流感病毒基因组模板制备方法,用于H7N9禽流感病毒基因组监测。方法:分别以6碱基随机引物反转录生成单链cDNA,合成双链cDNA;流感病毒通用反转录引物U12反转录生成单链cDNA,6碱基随机引物合成双链cDNA;U12引物反转录生成单链cDNA,通用流感病毒全基因扩增引物混合物生成双链cDNA制备高通量测序模板、构建测序文库、测序并分析数据,比较3种方法对高通量测序效率的影响,并与传统Sanger测序方法比较其测序的准确性,选择其中较优的方法用于高通量测序。结果:以U12引物反转录cDNA,通用流感病毒全基因扩增引物混合物生成双链cDNA制备的高通量测序模板,在测序族生成数、覆盖率、单核苷酸多态性及读长等方面均优于另外两种方法。结论:本研究建立的H7N9禽流感病毒基因组模板制备方法用于高通量测序具有准确性高,周期短,成本相对较低,可同时检测多个样本等特点,可用于大规模H7N9禽流感病毒基因组监测。
- 赵康辰郭喜玲祁贤葛以跃朱政陈银樊欢朱叶飞史智扬汪华崔仑标周明浩
- 关键词：禽流感病毒高通量测序
- 鼻疽诺卡菌哺乳动物细胞侵袭蛋白的生物信息分析及抗原表位预测
- 2016年
- 目的分析鼻疽诺卡菌哺乳动物细胞侵袭(mammalian cell entry protein,mce)蛋白与其他菌该蛋白的亲缘关系,预测鼻疽诺卡菌mce1操纵子中mce蛋白(mce1A-1F)的二级结构及B细胞抗原表位。方法通过NCBI的Gene Bank数据库查找mce基因序列和氨基酸序列,通过BLAST获取不同菌的mce同源性序列,利用软件Lasergene7.0对基因序列和氨基酸序列进行比对,并通过软件MEGA 6.0对mce氨基酸序列进行多重比对并建立系统发育树。采用蛋白分析专家系统(Expert Protein Analysis System,Ex PASy)对鼻疽诺卡菌mce1操纵子中的mce蛋白质的二级结构及跨膜结构进行预测。利用在线软件Bepi Pred及Lasergene7.0软件包中的可塑性、表面可及性、抗原性及亲水性等多项参数预测其B细胞抗原表位。结果 mce蛋白在分枝杆菌属、诺卡菌属、红球菌属及钩端螺旋体中均存在且具有一定的同源性。鼻疽诺卡菌mce1操纵子中mce蛋白的二级结构主要以不规则卷曲和α螺旋为主,并都存在一个明显的跨膜结构。除了mce1C蛋白仅有2个B细胞抗原表位,其余mce蛋白均含有较多潜在的B细胞抗原表位(其中mce1A蛋白6个、mce1B蛋白7个、mce1D蛋白6个、mce1E蛋白6个、mce1F蛋白10个)。结论鼻疽诺卡菌mce蛋白与其他菌mce蛋白均存在不同程度的亲缘关系。鼻疽诺卡菌mce蛋白很可能都是跨膜蛋白,其二级结构中以不规则卷曲结构较多,并存在较多潜在的B细胞抗原表位。
- 谭晓罗李路茜吉兴照李振军袁秀琴
- 关键词：生物信息分析抗原表位
- 全国22省(市)负压生物安全二级实验室建设现况的调查分析被引量：9
- 2014年
- 目的:掌握我国负压生物安全二级(BSL-2)实验室现状,为卫生行政部门制定政策提供依据。方法:设计并统一发放"负压(BSL-2)实验室调查表",培训后由各单位专人负责填写并回收,对调查结果进行统一录入和整理分析。结果:在反馈的22个省(自治区、直辖市)中,共有负压BSL-2实验室358套,投入使用占95.81%。其中疾病预防控制机构所属的负压BSL-2实验室最多,占72.63%;缓冲间与核心工作间数量比例为1∶1的实验室所占比例最大,为69.39%;缓冲间面积/核心工作间面积多数在1/8以上,占85.14%;安装高效排风过滤器的实验间达到77.28%;同时安装初效、中效排风过滤器的占34.67%。结论:由于缺乏针对负压BSL-2实验室的标准规范,各单位实验室从面积、压力到排风装置等都存在较大差异。建议卫生行政部门尽快制订负压BSL-2实验室相关标准和规范。
- 刘晓宇李思思赵赤鸿武桂珍
- 关键词：负压
