国家高技术研究发展计划(2011AA100203)
- 作品数：29 被引量：244H指数：9
- 相关作者：丁贵杰齐力旺孙宇涵李云段红静更多>>
- 相关机构：中国林业科学研究院贵州大学北京林业大学更多>>
- 发文基金：国家高技术研究发展计划国家自然科学基金国家林业局重点科研项目更多>>
- 相关领域：农业科学生物学更多>>
- 日本落叶松小RNA文库构建及其microRNA鉴定被引量：5
- 2012年
- 以2年生日本落叶松实生苗为材料构建其小RNA文库,对283个克隆进行PCR验证后测序,通过生物信息学分析鉴定文库中的microRNA并进行qRT-PCR验证。结果表明:(1)小RNA文库的体积为50 mL,总库容量为5.25×106cfu,重组率为92.6%,插入片段长度约65 bp,与小RNA连接片段长度吻合。(2)去除rRNA(86个)、tRNA(14个)等非目的序列后,获得日本落叶松28个保守miRNAs,属于17个miRNA家族;其中,15个miRNAs(miR159c、miR160a、miR162a、miR164b、miR165a、miR166a、miR166a*、miR166b*、miR169a、miR169b、miR171a、miR171b、miR172a、miR319b、miR396a)的序列与其它植物完全一致,其余13个miRNAs(miR156a、miR159a、miR159b、miR164a、miR166b、miR168a、miR169b*、miR319a、miR396b、miR408、miR482a、miR2111、miR3701)则高度相似。(3)测序结果与本室落叶松转录组数据进行序列比对,新发现4个miRNAs(lle-miR1、lle-miR2、lle-miR3、lle-miR4)及其前体。(4)qRT-PCR验证表明,miR159a、miR159b等16个保守的和lle-miR1 lle-miR4等共20个miRNAs存在于日本落叶松中。(5)通过靶基因预测及UniProt数据库分析发现,32个miRNAs中有24个对应69个靶基因,其功能主要为转录因子、信号转导、胁迫抗性和代谢相关酶及未知功能蛋白。
- 吴涛张俊红韩素英杨文华李万峰齐力旺
- 关键词：日本落叶松小RNA文库MIRNA转录组
- 基于干旱胁迫下杉木转录组序列的EST-SSR分子标记开发被引量：7
- 2018年
- 利用干旱胁迫下杉木转录组数据进行杉木EST-SSR分子标记的开发。对干旱胁迫下的杉木组培材料在Solexa mRNA-Seq平台的二代高通量测序技术下进行了转录组测定,序列拼接后共得到75 357个片段,总长度65.29 Mb,共含有EST-SSR位点2 383个,其中三核苷酸重复类型数量最多,占总数的41.21%。随机挑选120个EST-SSR,用Primer Premier 5软件设计引物,再以遗传距离较远的8份杉木DNA样品为模板,通过8%非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳,从120对引物中初选出电泳条带较好的24对引物,用24份杉木DNA样品进行毛细管电泳检测。结果表明:在初选出的24对EST-SSR引物中有23对引物检测出特异性峰;在24份杉木样品中共检测到等位基因94个,平均每个位点4.087 0个,等位基因变异数范围2~9个;有效等位基因数范围1.086 8~6.914 3个,平均有效等位基因2.089 0个;观测杂合度范围0.250 0~1.000 0;期望杂合度范围0.082 4~0.896 1;多态性信息指数范围0.173 2~2.035 3。开发得到的一组杉木EST-SSR分子标记为研究杉木的遗传多样性、种群结构、DNA指纹数据库构建和遗传信息的保存提供了基础。
- 吴夏雷董黎孙宇涵胡瑞阳郑会全胡德活李云
- 关键词：EST-SSR标记毛细管电泳
- 矮生观赏杉木DNA甲基化的水平与模式分析被引量：5
- 2015年
- 为探讨杉木矮化变异与DNA甲基化的关系,以矮生观赏杉木与野生杉木为试验材料,采用基于DNA甲基化敏感扩增多态性分析(Methylation-sensitive amplification polymorphism,MSAP)方法,研究其DNA序列CCGG位点的甲基化水平及模式变化特征。应用20个引物组合,在矮生观赏杉木和野生杉木的叶片DNA中均检测出745个CCGG位点,其中甲基化位点数分别为508个和505个,分别占总扩增位点数的68.17%和67.83%;在矮生观赏杉木与野生杉木木质部DNA中分别检测到742个和737个CCGG位点,其中甲基化位点数分别为471个与498个,分别占总扩增位点数的63.52%和67.51%,差异达极显著水平(P<0.01)。与野生型相比,矮生观赏杉木叶片和木质部DNA甲基化模式发生了一定变化,在叶片DNA中,去甲基化率为17.81%,明显高于超甲基化率15.44%;在木质部DNA中,去甲基化率17.25%,也明显高于超甲基化率14.65%。通过甲基化序列的初步克隆及比对分析发现,矮生观赏杉木中参与MAPK级联途径的蛋白磷酸酶IBR5基因启动子区域的甲基化水平上升。因此推测,植物激素信号转导及其调控基因的甲基化变化可能是矮生观赏杉木形成的原因之一。
- 刘琼瑶黄华宏冯惠平楼雄珍童再康
- 关键词：杉木DNA甲基化
- 中间锦鸡儿转录组EST-SSR标记系统性识别与引物筛选被引量：4
- 2016年
- 旨在对中间锦鸡儿转录组数据库EST信息进行SSR系统性识别和初步验证,为进一步SSR分子标记开发提供依据。对Hi Seq2000测序技术获得的中间锦鸡儿转录组Unigenes进行SSR位点搜索,共获得45 706个SSR位点,出现频率为10.38%,平均4.30kb出现一个SSR位点。SSR重复类型以单核苷酸重复序列基元为主,所占比例为56.47%;二核苷酸、三核苷酸重复序列基元的数量所占比例分别是20.56%和21.04%;其他数量的基元所占比例仅为1.9%。多核苷酸重复类型中最多的为2核苷酸重复AG/CT;其次为3核苷酸重复AAG/CTT。针对EST-SSR位点随机挑选了150对引物,通过琼脂糖凝胶电泳进行PCR验证,其中有79对能获得扩增条带,21对引物扩增出单一条带,比例为14.0%。
- 王光霞杨杞王瑞刚李国婧
- 关键词：中间锦鸡儿引物筛选
- 中间锦鸡儿生长发育过程中5个miRNAs及其靶基因的表达模式分析
- 2013年
- 利用qRT—PCR技术分析了5个miRNAs（cin—miRl57a、cin—miRl59a、cin-miRl65a、cin—miRl72b和cin-miR396a）及其靶基因在中间锦鸡儿（Caraganaintermedia）不同发育阶段不同器官的表达变化。结果显示，5个miRNAs的表达模式均存在时空特异性，其中cin—miRl59a、cin—miRl65a、cin—miRl72b、cin-miR396a在成年期营养器官中强烈表达，在幼年期和成年期生殖器官中弱表达；tin—miRl57a在幼年期和成年期生殖器官中强烈表达，在成年期营养器官中弱表达。除cin—miRl59a的靶基因M阳和cin-miRl65a的靶基因HD—Zip皿外，其它被检测的miRNAs靶基因与相应的miRNAs的表达呈现出明显的相互消长的表达模式。该结果表明中间锦鸡儿miRNA可通过调控其靶基因的表达，进而调控发育阶段转变、器官形态建成、细胞分化等生物学过程。研究结果将为中间锦鸡儿的定向改良工作提供理论依据和基因资源。
- 朱建峰李万峰杨文华韩素英齐力旺
- 关键词：中间锦鸡儿生长发育MICRORNA靶基因
- 日本落叶松咖啡酸-O-甲基转移酶基因LkCOMT的克隆及单核苷酸多态性分析被引量：2
- 2013年
- 依据日本落叶松转录组数据库检测到的咖啡酸-O-甲基转移酶（COMT）基因ESTs序列设计引物，分离得到一个编码该酶的新基因。其cDNA克隆全长为1350bp，包含长度为1092bp的开放阅读框，可编码364个氨基酸残基。序列分析显示，所推导的蛋白质氨基酸序列包含COMT基因5个所特有的保守元件，与海岸松PpCOMT的蛋白质氨基酸序列同源性达94％。在此基础上，利用DnaSP5．0软件对日本落叶松加株基因型个体的LkCOMT序列进行了单核苷酸多样性SNPs分析，共检测到92个SNP位点，SNP发生频率为1／17bp，多样性指数1T，为0．00780。在这些SNPs中，65个属于转换，27个属于颠换。在外显子区域，共检测到58个SNP位点，其中37个为错义突变，21个为同义突变。研究结果为Et本落叶松基因标记辅助育种提供了理论基础。
- 易敏张守攻谢允慧孙晓梅
- 关键词：日本落叶松基因克隆单核苷酸多态性
- 不同林龄马尾松人工林土壤有机碳特征及其与养分的关系被引量：26
- 2012年
- 选择5个不同林龄阶段的马尾松（Pinusmassoniana）人工林，研究土壤有机碳的含量、碳储量以及有机碳与氮、磷、钾及pH值之间的关系。结果表明：土壤各层含碳率、碳储量均随林龄的增加而增大，8、12、18、22、30年生林分的碳储量分别为151．62、177．64、201．19、216．19、331．60t／hm2；同一林龄，不同土壤层含碳率与碳贮量，均随土层深度的增加而减少，表现为：O～20（3in〉20—40cm〉40～60cm；有机碳与氮、磷、钾之间均呈现极显著相关，与土壤的pH值相关性不显著。
- 秦晓佳丁贵杰
- 关键词：马尾松人工林土壤有机碳
- 杉木不同无性系主要经济性状变异分析被引量：15
- 2016年
- 对广东省乐昌市龙山林场杉木基因库中272个10年生杉木无性系的树高、胸径、树皮厚、单株材积4个生长性状,心材比、木材基本密度等2个材质性状进行测定分析。结果表明：272个杉木无性系间存在丰富的表型变异,表型变异系数均〉10%;以单株材积变异系数最大,为69.04%,遗传变异系数为73.97%,变异幅度0.003 8~0.479 1 m3。6个重要性状在无性系间均表现为极显著差异,表明所测各性状均受较强的遗传控制。遗传相关系数和表型相关系数均是材积最高;密度遗传变异系数最低,为13.03%,重复力属中上水平（0.684 3）,仅心材比的重复力低于0.5。在10%、20%、30%和50%不同入选率下计算,所测性状遗传增益值均随入选比例的增大而降低。树高、胸径、树皮厚、材积4个生长性状间呈显著正相关,且均与木材基本密度呈极显著负相关。
- 段红静曹森郑会全胡德活林军张馨文张心悦陈鹏孙宇涵李云
- 关键词：杉木无性系生长性状材质性状
- 低磷胁迫下不同种源马尾松的根构型与磷效率被引量：25
- 2012年
- 以浙江淳安、福建武平、广西岑溪和广东信宜4个代表性的马尾松种源为试材,设置异质低磷胁迫、同质低磷胁迫等不同磷素处理,研究马尾松种源感知不同类型低磷胁迫的根构型及磷效率变异规律.结果表明:无论在异质低磷还是同质低磷胁迫下,参试种源马尾松的主要生长性状和磷效率指标均存在极显著的种源间变异.异质低磷胁迫下,广东信宜、福建武平种源马尾松表现出较高的磷效率和干物质积累量,根构型发生适应性变化,富磷表层介质中的根系参数显著高于低磷效率的广西岑溪和浙江淳安种源.这是磷高效种源具有较高的磷素吸收效率和磷效率的重要机制.不同种源的表层富磷介质根系参数与其整株干物质积累量相关系数在0.95以上.同质低磷胁迫下,高磷效率种源马尾松的磷吸收率显著高于低磷效率种源,但表层介质中的根系参数和整株根系参数与整株干物质积累量的相关性较低.不同种源马尾松适应同质低磷胁迫和异质低磷胁迫的生物学机制有所差异,应有针对性地选择不同土壤磷素的森林立地并推广磷营养高效的马尾松种源.
- 杨青张一周志春丰忠平
- 关键词：马尾松种源根构型磷效率
- 中间锦鸡儿CiMYB68基因克隆及表达分析被引量：1
- 2014年
- 该研究以中间锦鸡儿(Caragana intermedia)为材料,利用RACE技术克隆了CiMYB68基因的全长序列。对CiMYB68的基因组DNA和cDNA全长分析显示,CiMYB68基因无内含子,开放阅读框为852bp,编码284个氨基酸。预测CiMYB68基因编码的蛋白质等电点为8.95,分子量约为31 459.4Da。序列比对和系统进化分析表明,该蛋白和大豆的GmMYB68一致性最高,达到67%。构建了CiMYB68基因与GFP融合表达质粒,激光共聚焦显微镜观察发现,融合蛋白定位于细胞核。用实时荧光定量PCR技术对在不同胁迫条件下CiMYB68基因的表达检测结果表明,在干旱和低温处理下CiMYB68均受到不同程度的诱导,暗示CiMYB68基因可能与中间锦鸡儿响应逆境胁迫有关。
- 冯宗琪韩晓敏杨杞邢丹丹齐力旺王瑞刚李国婧
- 关键词：中间锦鸡儿MYB基因克隆
