国家自然科学基金(61100164)
- 作品数：4 被引量：19H指数：3
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- 相关领域：自动化与计算机技术生物学轻工技术与工程更多>>
- 蛋白质相互作用网络的蜂群信息流聚类模型与算法被引量：13
- 2012年
- 蛋白质相互作用网络的聚类算法研究是充分理解分子的结构、功能及识别蛋白质的功能模块的重要方法.很多传统聚类算法对于蛋白质相互作用网络聚类效果不佳.功能流模拟算法是一种新型聚类算法,但该算法没有考虑到距离的作用效果并且需要人为地设置合并阈值,带有主观性.文中提出了一种新颖的基于蜂群优化机理的信息流聚类模型与算法.该方法中,数据预处理采用结点网络综合特征值的排序来初始化聚类中心,将蜂群算法的蜜源位置对应于其聚类中心,蜜源的收益度大小对应于模块间的相似度,采蜜蜂结点的所有邻接点按照结点网络综合特征值的降序排列,作为侦察蜂的搜索邻域.采用正确率、查全率等指标对聚类效果做出客观评价,并对算法的一些关键参数进行仿真、对比与分析.结果表明新算法不仅克服了原功能流模拟算法的缺点,且其正确率和查全率的几何平均值最高,能够有效地识别蛋白质功能模块.
- 雷秀娟田建芳
- 关键词：信息流蜂群算法聚类蛋白质相互作用网络
- 基于蜂群和广度优先遍历的PPI网络聚类被引量：4
- 2012年
- 蛋白质交互作用(PPI)网络聚类算法是研究和揭示蛋白质功能的主要方法之一.由于PPI网络的特性,传统算法不能有效聚类.文中提出一种基于蜂群和广度优先遍历的聚类算法.为避免噪声点对实验结果的干扰,在预处理阶段利用距离-密度算法确定聚类个数,剔除噪声点.然后利用结点网络综合特征值确定初始聚类中心,利用广度优先遍历搜索算法进行聚类.再采用改进的蜂群算法自动寻找最优合并阈值.最后用正确率和查全率对该算法进行性能评价并对算法中一些重要参数进行仿真分析,仿真结果表明该聚类算法有效提高PPI网络的聚类效果.
- 田建芳雷秀娟
- 关键词：聚类蜂群算法
- 融合人工鱼群机理的PPI网络聚类模型与算法被引量：2
- 2012年
- 预测蛋白质交互作用(Protein-Protein Interaction,PPI)网络中未知蛋白质的功能,是生物信息学的一个研究热点。目前基于功能流的方法能有效地解决PPI网络的聚类问题,但是其正确率偏低、时间复杂度较高。为此提出了一种融合人工鱼群机理的PPI网络聚类模型与算法:将人工鱼看作一组聚类中心,觅食行为是指从每个聚类中心开始向它的邻接结点搜索并添加结点到该聚类模块中;接下来将目标函数值最大的人工鱼对应的一组聚类模块看作初始的聚类结果,对应鱼群的追尾行为;剩下的人工鱼开始执行聚群行为,判断对应的聚类模块与初始的聚类结果之间的相似度。如果相似度低于给定的阈值,则将聚类模块添加到初始的聚类结果中。PPI数据集上的仿真实验表明,该算法可以自动确定聚类数目,而且聚类结果的正确率和算法的运行效率都优于功能流算法。
- 吴爽雷秀娟
- 关键词：人工鱼群算法
