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EST-SNP开发软件特性分析及比较被引量：2: 2011年; 利用生物信息学软件,对表达序列标签(EST)序列进行单核苷酸多态性(SNP)开发目前已较为普遍,其方法简单实用,且软件数量较多,可分为需要测序峰图的SNP开发软件和不需要测序峰图的SNP开发软件。对有测序峰图的序列进行SNP开发,操作步骤较少且结果较为精确;对无测序峰图的序列进行SNP开发可大批量操作且成本较低。本文针对这两类软件进行分析比较,阐述EST-SNP开发流程,重点分析以公共数据库中EST序列为基础的SNP开发过程,并对其各种使用参数加以说明,旨在为EST-SNP开发提供参考,提高效率。; 李猛郭大龙刘崇怀张国海; 关键词：SNP EST序列

葡萄EST-SNP位点的信息与特征被引量：6: 2012年; 为了从不同基因型葡萄组织的表达序列标签(EST)中得到候选单核苷酸多态性(SNP)位点,从NCBI的dbEST数据库中下载来源于9个不同葡萄基因型的不同组织EST序列42 493条,利用CAP3软件拼接得到6 126个重叠群(contig),将拼接结果导入QualitySNP进行SNP筛选;同时,为提高候选SNP位点的可靠度,降低小规格contig开发SNP的假阳性率和大规格contig开发SNP的假阴性率,设置候选SNP位点的次要等位基因频率至少为30%,SNP侧翼序列保守度至少为5bp。结果表明:仅在1 195个contig中存在候选SNP位点,共5 032个,其中包括1 800个颠换类型,2 896个转换类型,336个单碱基的插入与缺失(indel),SNP的平均出现频率为4.2SNP.contig-1。利用CAPS(酶切扩增多态序列)分子标记和重测序方法对其中几个候选SNP位点进行验证表明,符合人工筛选原则且来自于小规格contig的候选SNP位点检测结果较好,可靠度最高。; 李猛郭大龙刘崇怀张国海侯小改; 关键词：葡萄表达序列标签单核苷酸多态性

葡萄核心种质的构建被引量：28: 2012年; 【目的】在已建立的葡萄初级核心种质的基础上,利用SSR分子标记技术构建葡萄核心种质。【方法】利用M策略(Core Finder和Power Core)、遗传距离法(least distance stepwise sampling,LDSS和geneticdistance optimization,GDOPT)和Core Hunter法构建核心种质,并对He、Ho和I值等遗传多样性指数和方差差异百分率(VD%)、均值差异百分率(MD%)、极差符合率(CR%)和变异系数变化率(VR%)等表型指标进行统计检验,同时采用SSR和SRAP分子标记的主坐标分析对其进行确认。【结果】M策略构建的核心种质能保留初级核心种质全部的等位基因,遗传距离法抽取的核心种质对原始种质具有较好的代表性。为使所构建的核心种质具有最大的遗传距离和最大的遗传多样性,对M策略、遗传距离法和Core Hunter法构建的核心种质进行了合并,48份葡萄核心种质以最少的种质材料保留了初级核心种质96.21%的等位基因,以5.53%的取样比例代表了原始整体种质92.90%的遗传多样性。【结论】经分子和表型检验,所构建的核心种质具有较好的代表性和遗传多样性。同时本研究所采用的方法对其它作物核心种质的构建具有重要的参考价值。; 郭大龙刘崇怀张君玉张国海; 关键词：葡萄核心种质 SSR SRAP

DNP处理对巨峰葡萄浆果贮藏品质的影响被引量：3: 2013年; 为了研究不同浓度解偶联剂2,4-二硝基苯酚(DNP)处理对巨峰葡萄浆果贮藏品质的影响,分别用0.05 mmol/L、0.10 mmol/L和0.20 mmol/L DNP浸泡葡萄果实30 min,以蒸馏水处理为对照,果实晾干后用0.015mm厚的聚乙烯薄膜袋密封包装,在4℃下贮藏。定期测定贮藏期间果实的硬度、可溶性固形物(TSS)含量、呼吸速率、丙二醛(MDA)含量、抗坏血酸过氧化物酶(APX)活性和抗坏血酸(AsA)含量的变化。结果表明:适宜浓度的DNP处理能够显著抑制葡萄果实贮藏过程中呼吸强度的上升;显著地抑制果实组织中MDA含量的增加;显著地抑制果实TSS含量的下降;延缓果肉中AsA含量的下降,抑制APX活性的降低。DNP处理对葡萄果实具有较好的保鲜效果,能维持较好的贮藏品质。; 柳菁郭大龙王苗苗曹欣程小培; 关键词：葡萄 DNP 贮藏

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国家自然科学基金(30800742)