国家自然科学基金(30470099)
- 作品数：8 被引量：5H指数：2
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- 相关机构：南方医科大学南方医院中国疾病预防控制中心传染病预防控制所中国疾病预防控制中心更多>>
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- 霍乱弧菌新类型溶源性噬菌体基因组结构研究被引量：2
- 2007年
- 目的研究霍乱弧菌埃尔托型（EVC）新类型溶源性噬菌体（CTXφ）和核心区不含ctxAB基因的溶源性噬菌体（nct-CTXφ）基因组的结构。方法采用基因扩增、测序及序列生物信息学等方法进行观察与分析。结果在我国EVC中,存在仅携带古典型（class）nct-CTXφ、CTXφ或埃尔托型（ET）CTXφ基因组类型,并发现nct-CTXclassφ和CTXETφ共存、nct-CTXnewETφ和CTXclassφ共存的新类型。CTXφ和nct-CTXφ基因组zot基因3′末端,60bp序列中40%位点不同,推测的氨基酸序列中60%位点不同。class、ET和newET类型ig 1、rstR和ig 2基因序列同源性分别为77.0%~97.4%,10.4%~17.9%,9.6%~64.8%,RstR同源性9.2%~24.1%。CTXφ基因组均位于染色体TLC基因簇附近。上述不同类型EVC的tcpA、TcpA、ctxA、ctxB、CtxA和CtxB与GenBank中EVC和O139群产毒株的同源性分别〉99%,99%,99%,98%,98%和96%。结论首次在EVC中发现nct-CTXclassφ和CTXETφ、nct-CTX^newET φ和CTX^classφ共存的新类型。
- 芮勇宇阚飙高守一刘延清祁国明
- 关键词：霍乱弧菌噬菌体
- O139群霍乱弧菌TLC、CTX、RTX基因簇缺失株的构建及鉴定
- 2009年
- 目的构建O139群霍乱弧菌TLC、CTX、RTX基因簇缺失株。方法PCR扩增TLC上游片段(TLC up)、RTX下游片段(RTX down),克隆入pU18中,再在两者间插入氯霉素抗性(Cm)基因,获得重组质粒pUC18-TLC up-Cm-RTX down。酶切回收TLC up-Cm-RTX down片段,克隆入自杀质粒pDS132,构建重组自杀质粒pDS132-TLC up-Cm-RTX down。通过接合将重组自杀质粒转入O139群霍乱弧菌ZJ199693,20%蔗糖选择培养基(Cm抗性)筛选TLC、CTX、RTX基因缺失株。结果PCR、酶切证明重组自杀质粒pDS132-TLC up-Cm-RTXdown构建正确。PCR证实O139群霍乱弧菌ZJ199693TLC、CTX、RTX毒力基因簇成功缺失。结论成功缺失O139群霍乱弧菌ZJ199693TLC、CTX、RTX基因簇,为进一步研究其功能和疫苗构建打下基础。
- 周妍妍王凤平于礼阚飙芮勇宇
- 关键词：霍乱弧菌毒力基因
- 霍乱弧菌JS9803株CTX^(EI Tor)φ和nct-CTX^(newO139)φ基因组克隆、测序及序列分析被引量：3
- 2006年
- 目的霍乱弧菌JS9803株CTXEITorφ和nct-CTXnewO139φ基因组克隆、测序及序列分析。方法基因亚克隆、测序及序列生物信息学分析。结果霍乱弧菌9803株CTXEITorφ基因组与EITor类型的高度同源,RS区为双拷贝,核心区为单拷贝,RS侧和核心区侧染色体部分序列分别为TLC和RTX基因簇。nct-CTXnewO139φ基因组与已报道的其它类型比较,rstR基因及推测的氨基酸序列同源性分别为27.6%～50.5%和14.1%～48.4%,间隔区ig-2基因同源性25.2%～29.6%,表明rstR-ig2为新类型,该基因组附近染色体部分序列也为新发现的基因。结论在霍乱弧菌中发现新类型rstR-ig2的nct-CTXnewO139φ基因组,并和CTXEITorφ基因组共存。
- 芮勇宇阚飙高守一刘延清祁国明
- 关键词：霍乱弧菌
- 霍乱弧菌O139群CTXφ和nct-CTXφ基因组共存新型结构
- 2009年
- 目的霍乱弧菌(VC)O139群CTXφ和nct-CTXφ基因组共存新类型的结构研究。方法分别扩增CTXφ或nct-CTXφ基因组串联体的第一个基因组末端和第二个起始端之间的基因,扩增片段再经RsaI和BglII酶切、型特异引物PCR方法,区分rstR-ig2类型;扩增TLC和RS区之间片段并区分rstR-ig2类型;扩增RTX与CTXφ或nct-CTXφ核心区之间片段。结果O139群VC代表菌株及CTXφ和/或nct-CTXφ的rstR-ig2类型(以上标表示)如下,FJ9510株CTX ETφ、FJ98352株CTXETφ+nct-CTX calcφ、FJ99364株CTXETφ+nct-CTX newO139φ+nct-CTX calcφ、JS9803株CTXETφ+nct-CTX newO139φ、JX94484株CTXETφ+nct-CTX newETφ;不同rstR-ig2类型CTXφ和nct-CTXφ基因组zot基因3′末端46bp序列中20个位点不同,推测的15个氨基酸序列中11个位点不同;O139群VC CTXφ基因组附近序列均为TLC和RTX基因簇,而nct-CTXφ基因组附近均为未知或新类型序列。结论阐明O139群VC CTXφ和nct-CTXφ基因组共存新类型主要变异区及染色体插入位点附近结构。
- 芮勇宇阚飙高守一王前裘宇容
- 关键词：霍乱弧菌噬菌体
- 霍乱弧菌新类型TCP氨基酸序列生物信息学分析
- 2009年
- 目的研究4种新类型霍乱弧菌(VC)毒力协同调节菌毛(TCP)氨基酸序列进行生物信息学特征。方法基因序列及氨基酸序列利用DNAStar和BLAST进行分析。结果对4种新类型tcpA推测的氨基酸序列的α螺旋、β折叠、疏水性、抗原表位等特征进行分析,并与国外发现的4种类型比较,N末端约100个氨基酸序列的抗原表位等特征高度一致,而C末端约60个氨基酸序列的抗原表位等特征差别较大。在对tcpA基因扩增及测序时,扩增片段包括tcpB基因5#端部分基因及其启动子区,序列分析表明,不同类型tcpB的启动子区差别较大,不同类型tcpB5#端部分基因存在多个位点突变,但均未导致氨基酸变异。结论4种新类型TCP和国外发现的4种类型的C末端抗原表位差别较大,保护性抗原表位主要位于C末端,提示不同类型TCP抗原交叉保护性较弱。
- 芮勇宇阚飙高守一王前裘宇容
- 关键词：霍乱弧菌
- 霍乱弧菌O139群新类型ig1-rstR-ig2结构和功能研究
- 2009年
- 目的研究霍乱弧菌(VC)O139群新类型ig1-rstR-ig2结构及功能。方法分别扩增CTXφ或nct-CTXφ基因组串联体的第一个基因组核心区末端和第二个基因组RS区起始端之间的基因,PCR产物测序及序列分析。扩增rstA的操纵区,克隆入pRS591质粒lacZ基因前,转化入JM109菌株,检测β-半乳糖苷酶活性,以反映rstA启动子强度。将不同类型rstR及启动子区分别克隆人pACYC184质粒,再将重组pACYC184质粒转化入携带不同重组pRS591质粒的JM109菌株中,检测β-半乳糖苷酶活性,以反映rstR表达产物RstR对rstA表达的影响。结果calc、ET和newO139类型ig1-rstR-ig2序列同源性分别为85.1%～91.6%、9.4%～17.7%和8.0%～26.2%。不同类型rstA的启动子强度不同,calc和ET类型的较高,newO139类型的较低。RstR对同类型rstA启动子活性表达均有明显的抑制作用,而对不同类型的则无明显抑制作用。结论阐明了霍乱弧菌(VC)O139群calc、ET和newO139类型ig1-rstR-ig2结构及功能。
- 芮勇宇阚飙高守一王前裘宇容
- 关键词：霍乱弧菌噬菌体基因表达调控
- 5株不同群型霍乱弧菌黏粒文库构建及JS9803株文库应用
- 2009年
- 目的研究5株不同群型霍乱弧菌(VC)黏粒文库的构建。方法染色体DNA提取、酶切,质粒DNA提取、酶切及去磷酸化,连接、包装、转染、铺板,克隆子鉴定和保存、菌落原位杂交,PCR和测序。结果成功构建吴江-2株(EVC流行株产毒株)、86015株(EVC流行株非产毒株)、JS32株(EVC非流行株非产毒株)、JS9803株(O139群VC产毒株)和GD98200株(O139群VC非产毒株)等5株霍乱弧菌的染色体基因组黏粒文库,文库克隆子中插入35～45kb的染色体DNA片段,库容量分别为3000～5000克隆子。从JS9803株文库中筛选出分别携带CTXφ或nct-CTXφ基因组的克隆子,后一克隆子携带的rstR-ig2基因为新类型。结论成功构建5株不同群型霍乱弧菌染色体基因组黏粒文库,并对JS9803株文库进行应用。
- 芮勇宇阚飙高守一王前裘宇容
- 关键词：霍乱弧菌杂交
- 霍乱弧菌抑制子基因及间隔区(rstR-ig2)多态性研究被引量：1
- 2007年
- 目的研究霍乱弧菌CTXφ基因组抑制子基因及间隔区(rstR-ig2)多态性。方法聚合酶链反应(PCR)及限制性片段长度多态性分析(PCR-RFLP)、型特异性引物PCR分型。结果霍乱弧菌(VC)O1群古典型(CVC)5株均为class类型。VCO1群埃尔托型(EVC)155株共分为4个类型:class、ET、class+ET、class+newET,后2个类型为首次发现。不同地区分离的EVC均以ET类型为主,以class和class+ET类型为辅。O139群VC82株共分为4个类型:ET、ET+newO139、ET+calc、ET+calc+newO139,后3个类型为首次发现;福建省分离的菌株以ET+newO139类型为主,其它地区分离的均以ET类型为主。结论EVC和O139群VC的rstR-ig2基因均以ET类型为主,首次发现5种不同类型rstR-ig2基因共存的新类型。
- 芮勇宇阚飙高守一王前裘宇容
- 关键词：霍乱弧菌抑制基因限制性片段长度多态性
