新疆生产建设兵团博士基金(2007JC15)
- 作品数：4 被引量：35H指数：2
- 相关作者：钟发刚薄新文韩猛立黄新王新华更多>>
- 相关机构：石河子大学新疆农垦科学院新疆兵团绵羊繁育生物技术重点实验室更多>>
- 发文基金：新疆生产建设兵团博士基金国家自然科学基金国家重点基础研究发展计划更多>>
- 相关领域：农业科学更多>>
- 牛病毒性腹泻病毒基因1型全基因组的测序分析被引量：8
- 2012年
- 以我国新疆地区分离的1株牛源牛病毒性腹泻病毒基因1型毒株为研究对象,参照GenBank中的牛病毒性腹泻病毒1型基因组全序列,根据保守序列设计6对重叠引物,通过RT-PCR扩增出该毒株不同的cDNA片段,分别克隆到pMD19-T载体,转化受体菌JM109,挑取阳性克隆进行PCR、酶切鉴定及测序分析,为了解该毒株的遗传变异及基因结构与生物功能的关系,为开发牛病毒性腹泻病毒新型疫苗奠定基础。测序结果表明,该病毒全基因序列核苷酸为12 302nt(GenBank登录号:JN704144),该病毒基因组具有一个11 694nt开放阅读框编码的多聚蛋白,5′-UTR长382nt,3′-UTR长224nt,BVDV1-3156的全基因组序列分析发现该毒株为BVDV1b亚型。Blast比对分析显示,该毒株与VEDEVAC株的相似性最高,为90.9%。该毒株与BVDV1型其他毒株的全基因组序列具有较大的差异。
- 何延华黄新钟发刚韩猛立康立超王新华薄新文
- 关键词：牛病毒性腹泻病毒基因组基因型
- 牛病毒性腹泻病毒结构蛋白基因的克隆及其B细胞抗原表位的预测被引量：1
- 2012年
- 【目的】以免疫信息学和反向疫苗学为理论根据,应用生物信息学相关软件和方法,对BVDV结构蛋白(Structural Protein,SP)的二级结构的不同方面及其B细胞表位进行了预测,综合评价了BVDV结构蛋白的抗原特异性细胞表位,并计算出一些潜在的抗原位点。【方法】利用RT-PCR扩增法获得牛病毒性腹泻病毒结构蛋白序列,通过克隆、测序分析结构蛋白基因的基因组序列和蛋白序列,采用DNAStar Protean软件对结构蛋白的二级结构、可塑性、亲水性、表面可及性及抗原指数等参数进行综合分析,并预测其B细胞的抗原表位分布。【结果】P14、gp48和gp53蛋白含有的细胞优势抗原表位较多,有的甚至有可能成为优势抗原表位或对优势抗原表位有协同作用。【结论】与已鉴定的B细胞抗原表位相比,试验所用方法预测的结果有较高的准确度,是一种较为先进的表位研究方法。
- 何延华黄新薄新文钟发刚韩猛立陈南颖王新华
- 关键词：牛病毒性腹泻病毒结构蛋白B细胞表位
- 牛共刺激分子CD80和CD86实时荧光定量RT-PCR检测方法的建立与应用被引量：2
- 2010年
- 根据GenBank中牛CD80和CD86基因的序列,在保守区设计并合成各自的特异引物,并以牛3-磷酸甘油脱氢酶(GAPDH)基因为内参,采用SYBR GreenⅠ染料以建立一种检测牛共刺激分子CD80和CD86的SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR方法。将CD80基因和CD86基因克隆至pMD18-T载体上,转化大肠杆菌DH5α,经PCR及测序鉴定后得到阳性重组质粒,作为标准品模板建立SYBR GreenⅠ荧光定量PCR标准曲线并进行熔解曲线分析以及灵敏性、特异性和重复性试验。结果表明,CD80基因、CD86基因和GAPDH基因的Ct值与标准品稀释度在1×102～1×108 copies/μL范围均呈良好的线性关系,相关系数均大于0.991。熔解曲线分析表明,产物为特异的单峰,特异性和重复性较好。证实,所建立的牛共刺激分子CD80和CD86荧光定量RT-PCR检测方法适用于临床样品的检测。
- 韩猛立何延华黄新宋天增薄新文钟发刚
- 关键词：SYBR实时荧光定量聚合酶链反应CD80CD86
- 新疆石河子地区牛病毒性腹泻病毒的分子流行病学调查被引量：25
- 2009年
- 根据GenBank中公布的牛病毒性腹泻病毒(BVDV)5'UTR保守区基因序列,设计3对引物,应用逆转录一聚合酶链反应(RT-PCR)检测方法对采自石河子地区3个场的64份牛全血样品进行核酸检测及测序。结果表明:BVDV阳性率为39.06%(25/64),其中有22对母子对应样品,母牛阳性率为40.91%,犊牛为45.45%,提示新疆石河子地区BVDV垂直感染较严重。9头牛表现临床症状,阳性率为22%,其余为临床健康牛,阳性率为41.81%,数据显示新疆石河子地区奶牛BVDV隐性感染严重。测序得到2条不同的序列,经5'UTR区域核酸序列同源性比较和系统发生分析表明2株病毒与VEDEVAC(匈牙利弱毒疫苗株)亲缘关系最近,同源性达96.2%～100%,用DNASTAR软件进行基因与系统发生进化关系分析属于BVDV-1b基因亚型,未检测到BVDV-2型病毒。提示新疆石河子地区BVDV流行株为BVDV-1b亚型,且经生物型鉴定,所测阳性样品为非致细胞病变型。本研究可为今后的流行病学研究和疫苗应用等防制措施提供依据。
- 李娜韩猛立黄新薄新文王新华赵玉龙钟发刚
- 关键词：牛病毒性腹泻病毒分子流行病学
