福建省高校产学合作科技重大项目(2010H6023)
- 作品数：13 被引量：13H指数：2
- 相关作者：方柏山余劲聪王世珍曾宏唐龙盘更多>>
- 相关机构：厦门大学华侨大学泉州师范学院更多>>
- 发文基金：福建省高校产学合作科技重大项目国家自然科学基金国家教育部博士点基金更多>>
- 相关领域：生物学自动化与计算机技术化学工程理学更多>>
- Codon Usage Database自动寻错平台CUDer的组建与应用
- 2011年
- 密码子用法数据库(CUD)是密码子用法与密码子优化研究领域的一个重要的在线服务,为了找出该数据库中潜在的两种不再适用的记录,即已过期的陈旧记录和在遗传密码类型上实际无法有效支持的记录(简称不支持记录),本文通过结合前期自主研发的两个软件BestCodon与CUDassist,组建了CUD自动寻错平台CUDer,并应用于上述问题的研究。结果发现,CUD中存在317条陈旧记录与4条不支持记录。对于陈旧记录,这些记录的物种分类号在NCBI中已发生变更,研究者应该避免使用这些记录的相关数据;对于不支持记录,本文借助CUDer计算得到这些记录正确的密码子用法表(CUT),弥补了当前CUD的不足。此外,该平台也为面向CUD的自动化数据处理,提供了一个新的软件框架,具有一定的借鉴意义。
- 余劲聪方柏山
- 关键词：密码子用法生物信息学
- 固定化丁酸梭菌转化甘油生产1,3-丙二醇的研究
- 2014年
- 通过比较棉纤维织物、聚乙烯醇缩甲醛柱体、活性炭颗粒在35℃、厌氧条件下吸附丁酸梭菌(Clostridium butyricum)将甘油转化为1,3-丙二醇的有效性,选择活性炭颗粒作为固定化丁酸梭菌的较佳载体.以活性炭颗粒作为吸附载体时,初始甘油质量浓度从20g/L提高至252g/L,最终1,3-丙二醇质量浓度从9.5g/L增加至38.3g/L,同时残余甘油质量浓度从0g/L提高至96.3g/L,1,3-丙二醇的时空产率从0.7g/(L·h)提高至2.2g/(L·h),摩尔得率从65%降低至58%.
- 张蓝蓝王世珍朱春杰方柏山
- 关键词：甘油1,3-丙二醇填充床固定化细胞
- 产二羟基丙酮的海洋菌筛选与发酵条件的优化被引量：2
- 2011年
- 对厦门海域红树林土壤进行菌种筛选,得到20株可将甘油转化为二羟基丙酮的菌株,其中ch20-1转化率较高,达到96.3%。对该菌株进行生理生化鉴定实验和16SrDNA基因分析表明,菌株为黄杆菌属(Flavobacterium)。采用Plackett-Burman(PB)法和中心复合设计(Central Composite Design,CCD)法对该菌株进行发酵条件优化。PB实验设计与统计学分析表明:碳酸钙、山梨醇和酵母膏的浓度是影响DHA产量的三个关键因素。以DHA产量为响应目标,对三因素进行中心复合设计,并经响应面法优化分析得到了影响DHA产量的非线性模型,确定了发酵的最优培养基组成为:初始甘油浓度54.0g/L,碳酸钙浓度16.4g/L,酵母膏浓度为12.7g/L,山梨醇浓度13.1g/L。在最优条件下发酵30h,DHA产量达到52.0g/L,生产强度为1.73g/L.h-1。
- 陈喆王兆守方柏山王世珍彭雅娟
- 关键词：二羟基丙酮发酵响应面优化
- 基于氧化还原酶活性时变研究巴利阿里假单胞菌中心碳代谢被引量：1
- 2013年
- 以分离自中国北部湾沉积物的海洋菌株巴利阿里假单胞菌(Pseudomonas balearica)为例,在考察其生长动力学的同时,监测了其中心碳代谢(CCM)中6种关键氧化还原酶,葡萄糖-6-磷酸脱氢酶、丙酮酸脱氢酶、2-酮戊二酸脱氢酶、苹果酸脱氢酶、苹果酸酶及异柠檬酸脱氢酶的酶活性时变,从酶蛋白表达水平揭示了海洋生长条件下巴利阿里假单胞菌CCM中关键氧化还原酶的酶活性变化的规律,为研究微生物CCM和发掘海洋微生物新型酶制剂提供一种新思路.
- 温卫卫周小芬王世珍方柏山
- 关键词：海洋微生物氧化还原酶动力学
- 密码子用法数据库辅助工具CUDassist的开发被引量：2
- 2010年
- 密码子用法的研究是遗传密码的进化、基因的水平转移、基因表达的调控和异源表达的优化等领域不可或缺的内容。2个重要的密码子用法在线服务密码子用法数据库(CUD)和图形化密码子用法分析器(GCUA)为研究者提供了有力的数据支持,但仍存在一些问题,如密码子用法数据库可接受的检索方式过于单一,在特定密码子用法表(CUT)中Fraction参数值显示有误,图形化密码子用法分析器仅提供2个密码子用法表的比对视图等。本文针对这些问题,研发了密码子用法数据库辅助工具"CUDassist",做出4个改进:(1)增加密码子用法数据库的可检索方式;(2)修正密码子用法数据库中Fraction值显示错误的问题;(3)在密码子用法表中直接给出相对适应度(RA)参数值;(4)提供多个密码子用法表的比对视图。从而为研究者提供更方便、准确和丰富的密码子用法的信息,并在一定程度上有效融合了密码子用法数据库和图形化密码子用法分析器的功能,实现一站式服务。
- 余劲聪方柏山
- 基于对应分析的密码子用法可视化研究
- 2011年
- 密码子用法可以简介为物种、基因组、基因或序列集中64种密码子的使用方式。密码子用法的可视化为研究样本的密码子用法特征、不同样本间的密码子偏好,提供了1种直观、有效的图形化手段。可基于多种参数的对应分析(CA)法是其中1种重要的可视化方法。在本文中,以果蝇、人类、拟南芥、酿酒酵母、线虫、大肠杆菌、枯草芽孢杆菌及除虫链霉菌8个物种的密码子用法数据为例,通过比较密码子实际出现次数(Number)、密码子用法频率(F1000)、密码子用法分值(Fraction)、相对适应度(RA)与相对同义密码子用法(RSCU)5种参数的可视化结果,得到如下初步结论:(1)不论采用5种参数中的哪1种,65维(一维物种+64维密码子)的数据都可通过CA降维为7维,而此时的累计惯量为100%,即完全还原原数据集中的所有信息;(2)采用密码子平均用法(F1000)是1个较好的选择,其前二维的累计惯量可以达到83.6%,但是基于Fraction可以获得更高的累计惯量,达到85.1%,Number、RSCU次之,在考虑计算量的情况下,选择Number也可以获得失真度较小的结果,RA参数的最低,仅有76.9%。
- 余劲聪方柏山
- 关键词：密码子优化
- 甘油脱氢酶基因在大肠杆菌中的密码子优化表达被引量：3
- 2011年
- 【目的】利用密码子优化技术,提高甘油脱氢酶基因gldA在大肠杆菌中的表达水平。【方法】针对gldA起始密码子下游区域,优先选择AT含量最高的同义密码子,从而在不改变氨基酸序列的前提下,提高该区域的AT含量。利用大引物PCR的方法对野生型gldA-WT进行定点突变,获得优化型基因gldA-4,与pET-32a(+)连接后,构建表达质粒pET-gldA-4,转入E.coli BL21(DE3),得到工程菌E.coli-4。同时,设定包含gldA-WT的工程菌E.coli-WT作为对照,摇瓶发酵后,以甘油为底物检测比较表达产物的酶活力。【结果】gldA-4相对gldA-WT而言,改变了第2、5、6位密码子中的4个碱基,AT含量从53.3%提高到80.0%。相应地,E.coli-4的粗酶液的酶活力为191.3 U/mL,比E.coli-WT的48.3 U/mL提高了3倍多。【结论】本优化方案简便、快捷,但可明显提高甘油脱氢酶的酶活力,有望成为改善目的基因异源表达水平的一种通用方法。
- 唐龙盘余劲聪戴丹凤方柏山
- 关键词：甘油脱氢酶异源表达密码子优化大肠杆菌
- 生物柴油酸催化甲醇法生产工艺全流程模拟与经济分析
- 2014年
- 应用SuperPro Designer流程模拟软件,对生物柴油酸催化甲醇法工艺进行全过程仿真模拟与计算,并技术经济分析.模拟结果表明:主要过程数据符合实验结果,生物柴油产品脂肪酸甲酯(FAME)质量分数大于97%,满足欧盟生物柴油标准,工艺流程设计合理.经济分析表明:年产8 000t生物柴油的酸催化甲醇法工艺,其直接固定成本约2 078万元,其中主要设备购置成本为363万元,原料成本占操作成本71%以上;项目总投资约2 572万元,税后净利润可达962万元·a-1,投资收益率为37.39%.
- 曾宏林少杰方柏山
- 关键词：生物柴油
- 金属离子对甘油脱氢酶的化学修饰被引量：1
- 2011年
- 甘油脱氢酶(GDH)可以催化甘油生成二羟基丙酮.为了进一步探索GDH的活性结构中心,提高GDH的活性,用Mg2+、Mn2+、Ba2+、Ca2+、Zn2+、Cu2+、Sr2+、Ni2+、Cd2+和Co2+等10种金属离子对GDH进行活性中心金属离子置换修饰,筛选出具有修饰效果的离子为Mg2+、Mn2+和Ba2+,修饰后其最大酶活力分别是初始酶活力的3.4,2.0和4.7倍.通过均匀设计对3种金属离子的修饰条件进行了优化,优化后测定的酶活力分别是未修饰GDH酶活力值3.17 U/mL的14.9,11.3和12.4倍,极大地提高了GDH的酶活力.
- 郭英霞王世珍王兆守陈荣方柏山
- 关键词：甘油脱氢酶化学修饰金属离子辅酶
- 密度泛函方法研究甘油和3-羟基丙醛的结构和性质
- 2011年
- 采用密度泛函理论(DFT)广义梯度近似(GGA)-VWNBP水平和DND基组研究了甘油和3-羟基丙醛的全优化几何构型、电子结构、福井前线轨道和热力学性质,为研究该类化合物的结构与性质关系提供理论依据,为甘油脱水酶结构改造和分子设计提供配体数据.
- 杜利敏曾宏卢思满方柏山
- 关键词：密度泛函理论甘油3-羟基丙醛几何构型热力学性质
