中国科学院知识创新工程重要方向项目(KSCX2-SW-223)
- 作品数：2 被引量：22H指数：2
- 相关作者：孙凝晖冯圣中张庆丹戴正华刘新春更多>>
- 相关机构：中国科学院更多>>
- 发文基金：中国科学院知识创新工程重要方向项目国家自然科学基金更多>>
- 相关领域：自动化与计算机技术更多>>
- 基于GPU的串匹配算法研究被引量：18
- 2006年
- BF算法是串匹配算法中最基础的算法,但它是串行算法,不适合图形处理器(GraphicProcessing Unit,GPU)的体系结构。结合GPU的特殊体系结构,通过数据存取方式和计算策略的改进,充分利用了GPU的并行处理能力,从而基于GPU实现了BF算法。实验结果表明基于GPU的并行算法能够取得较好的加速比,同时也给出了在现有GPU架构上有效实现通用计算的瓶颈。
- 张庆丹戴正华冯圣中孙凝晖
- 关键词：图形处理器串匹配
- 面向FPGA的RNA二级结构预测并行算法研究被引量：4
- 2006年
- 动态规划是RNA二级结构预测最主要的算法,文中提出一种对动态规划矩阵采用分块技术的细粒度并行算法,通过对数据依赖关系的分析,引入了流水的策略,提高了算法的效率.在时钟模拟器上验证了算法的正确性,获得了一系列关于并行加速比、空泡率、存储访问带宽等问题的模拟结果,确定了FPGA PE阵列设计中的基本参数,为FPGA成功实现奠定了基础.
- 徐琳李晓民谭光明刘新春卜东波冯圣中孙凝晖
- 关键词：RNA二级结构预测FPGA
