国家自然科学基金(30560039)
- 作品数：41 被引量：82H指数：6
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- 相关机构：内蒙古大学更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金内蒙古自治区自然科学基金国家教育部博士点基金更多>>
- 相关领域：生物学理学更多>>
- 具有不同重复结构单元数的AFPⅢ分子的热滞活性
- 2009年
- 鱼类抗冻蛋白中的AFPⅢ是一种没有规则结构的球状蛋白分子,氨基酸序列组成和顺序与其它的抗冻蛋白完全不同,没有占优势的非极性氨基酸。
- 刘俊杰谢文静李前忠
- 关键词：抗冻蛋白结合位点热滞活性
- 大肠杆菌sigma70启动子预测被引量：1
- 2007年
- 统计了大肠杆菌sigma70启动子在不同基因间的分布。计算了683条大肠杆菌sigma70启动子的每个位点六联体的保守性M6(l)值及涨落限,以大于涨落限7.2的21个保守位点的六联体频数作为参数,利用离散增量理论对大肠杆菌全序列进行启动子搜索。结果显示683条启动子序列被全部正确预测且得到126条预测序列,利用启动子在不同基因间的分布和TSS到TIS的距离分布进行二次筛选,推测其中的84条序列是实验未测定的启动子序列。
- 林昊李前忠
- 关键词：大肠杆菌
- 基于二次判别的果蝇启动子识别被引量：14
- 2006年
- 通过对果蝇polⅡ启动子和非启动子的序列特征分析,计算了序列每个位点单碱基保守性M1(l)值和六联体保守性M6(l)值。从而分别选取两个区域的六联体频数作为离散源参数,利用离散增量结合二次判别函数(IDQD)对启动子进行了预测。对于从编码区和内含子中选取的非启动子数据集,启动子的预测成功率分别达到93%和89%。比较结果显示IDQD模型能够有效地提高启动子预测成功率。
- 林昊李前忠
- 关键词：POL
- 用支持向量机识别β-发夹模体被引量：1
- 2007年
- 基于蛋白质序列,提出了一种新的超二级结构模体β-发夹的预测方法。利用离散增量构成的向量来表示序列信息,并将6个离散增量输入支持向量机,在六维向量空间中寻找最优超平面,将β-发夹和非β-发夹进行分类。计算结果表明,利用所设计的算法预测β-发夹,有较高的预测能力。对于训练集,5-交叉检验的预测总精度为81.24%,相关系数为0.57,β-发夹敏感性为83.06%;对于独立的检验集,预测总精度为78.34%,相关系数0.56,β-发夹敏感性为77.24%。将此预测模型应用于CASP6的63个蛋白质进行检验,得到较好结果。
- 胡秀珍李前忠
- 关键词：超二级结构Β-发夹模体支持向量机
- 用离散量的方法识别蛋白质的超二级结构被引量：18
- 2006年
- 用离散量的方法,对2208个分辨率在2.5I以上的高精度的蛋白质结构中四类超二级结构进行了识别。从蛋白质一级序列出发,以氨基酸(20种氨基酸加一个空位)和其紧邻关联共同为参数,当序列模式固定长取8个氨基酸残基时,对“822”序列模式3交叉检验的平均预测精度达到78.1%,jack-knife检验的平均预测精度达到76.7%;当序列模式固定长取10个氨基酸残基时,对“1041”序列模式3交叉检验的平均预测精度达到83.1%,jack-knife检验的平均预测精度达到79.8%。
- 胡秀珍李前忠
- 关键词：离散量
- 基于位置关联性打分方程的人类转录因子结合位点的预测(英文)
- 2009年
- 转录因子结合位点的识别是阐明基因转录调控机制的重要环节,准确的转录因子结合位点的预测算法将有助于人们识别转录因子的目标基因,进而研究转录因子结合位点在上游调控区中的位置对转录调控的影响.然而,目前存在的预测转录因子结合位点的算法所得结果的特异性普遍较低,因此有必要提出一种新的有效的预测转录因子结合位点的算法.本文利用JASPAR数据库上的数据,在深入分析转录因子结合位点生物学特征的基础上,构建了考虑位点保守性和伪计数的位置关联性打分方程.预测结果表明,在最佳阈值之下,该算法对转录因子结合位点的假阳率低于0.01%.
- 杨磊李前忠左永春
- 关键词：转录因子结合位点最佳阈值
- 用核糖体扫描模型预测翻译起始位点
- 2007年
- 真核生物翻译起始位点(TIS,translation initiation site)的正确预测对于基因的正确注释有着重大的意义.在真核生物中,翻译并不都是起始于第一个AUG密码子,还取决于AUG前后序列的信息.结合位置权重矩阵(PWM,position weight matrix)和开放阅读框架(ORF,open reading frame)的长度分布特征建立了简单的方法识别翻译起始位点,此方法能很好地区分上游AUG和TIS.对于脊椎动物以及人类的mRNA序列,运用核糖体扫描模型预测其翻译起始位点得到了很好的预测率.
- 刘利李前忠
- 关键词：位置权重矩阵开放阅读框架
- 基于位置关联权重矩阵的大肠杆菌启动子预测被引量：3
- 2007年
- 对实验证实的683条大肠杆菌sigma70启动子的序列进行保守性计算分析,获得四个保守的区域-10区域是启动子最保守的功能元件,-35区域、转录起始位点附近及启动子上游UP单元.从保守区中选取M6(l)值较大的10个保守位点的六联体频数作为参数、引入伪计数构建位置权重矩阵,利用位置关联打分函数对683条sigma70启动子进行预测.负集分别从编码区和非编码区选取700条序列进行算法检验,获得很好的结果,敏感性分别为91%和90%.进而利用位置关联打分函数对大肠杆菌整条序列进行搜索,获得1567条预测序列.这些序列可能是实验未测定的启动子序列.
- 林昊李前忠
- 关键词：大肠杆菌启动子保守性
- 第一类鱼抗冻蛋白分子对冰晶表面平衡结构的影响
- 2007年
- 根据冰晶生长理论,在一定的生长驱动力作用下,冰晶界面生长机制和动力学规律决定于冰晶界面的微观结构.从大分子溶液热力学性质出发,得到了结合抗冻蛋白后冰晶表面微观平衡结构的变化,并讨论了这种变化对冰晶生长形态的影响.结果显示抗冻蛋白造成冰晶表面微观平衡结构改变,是抗冻蛋白溶液中冰晶生长的形态与纯水中冰晶生长的形态有显著区别的原因之一.
- 刘俊杰李前忠
- 关键词：抗冻蛋白
- 拟南芥和线虫外显子/内含子剪切位点的研究被引量：3
- 2006年
- 将拟南芥(A.tha liana)和线虫(C.eleg ans)的基因序列中的外显子按第一外显子,中间外显子和最后外显子划分成三类.分别将外显子/内含子剪切位点、翻译起始和终止位点附近的三联体的3个位点作为3条子链,以各条子链的不同碱基个数作为离散源参数,共12个离散源参数,计算各类外显子离散量.用离散增量实现了对三种序列类型的预测,预测成功率都达到80%以上;并且统计了剪切位点附近的碱基相对频数,结果比较了由于三联体所取位置及个数不同而造成的对预测结果的差异,说明了剪切位点附近碱基的保守性.
- 林昊李前忠
- 关键词：外显子剪切位点保守性
