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排序方式：

Solexa测序法在肺炎克雷伯菌质粒基因组测序中的应用: 2010年; Solexa测序方法以单分子阵列技术为基础，具有所需样品量少、高通量、高精确性、拥有简单易操作的自动化平台和功能强大等特点。可以同时检测上亿个核苷酸片段，在同一个芯片或几个芯片上花费很少的成本（只需常规方法的1％）就可测试全基因组。与传统的Sanger测序技术相比，无需建库与克隆挑取的工作，且每次反应只要7．5h，即可得到1亿个核苷酸序列，测序速度是传统Sanger方式的100倍。Solexa测序技术为目前遗传分析和功能基因组等研究领域提供了全新的应用方案。; 李劲松钱菊娣周铁丽包其郁; 关键词：基因组测序肺炎克雷伯菌测序法质粒测序技术功能基因组

Solexa测序法研究肺炎克雷伯菌质粒基因组的耐药基因被引量：3: 2009年; 目的通过Solexa高通量测序法研究肺炎克雷伯菌的质粒与耐药性的关系。方法菌株为7年临床分离的206株肺炎克雷伯菌。提取所有菌的全部质粒DNA，Solexa高通量测序获得大规模的短序列。SOAP软件对质粒基因进行分析拼接，分析结果与相关数据库进行比对。MAQ软件分析质粒基因组包含的超广谱β-内酰胺酶（ESBL）多样性及单核苷酸多态性（SNP）情况。结果肺炎克雷伯菌质粒基因组中已知的直接与耐药相关的基因就有13种。质粒基因组中存在多个ABC主动外排转运系统。发现4种编码β-内酰胺酶的ORF，其中SHV型ESBLs分布最广。系统分析了206株肺炎克雷伯菌质粒基因组中SHV型ESBLs的SNPs位点，发现存在着大量的非同义替换SNPs位点。结论发现质粒中SHV型ESBLs基因可能受到选择压力，存在着大量的非同义替换SNPs位点。肺炎克雷伯菌质粒存在外排药物耐药方式，从而形成低水平的非特异多重耐药。; 李劲松高升杰周铁丽夏士林唐小丽包其郁; 关键词：肺炎克雷伯菌

住院患者肠道大肠埃希菌质粒介导喹诺酮类耐药基因研究被引量：8: 2010年; 大肠埃希菌是肠道内主要定植菌，是耐药基因的重要储存库，其耐药水平直接关系到临床感染株的耐药水平，另外，肠道正常定植的大肠埃希菌还可将所携带的耐药基因传递给致病性大肠埃希菌、沙门菌及志贺菌等不同菌属。因此，监测肠道大肠埃希茵的耐药性，研究其基因的携带情况，对控制耐药性的传播，指导抗菌药物的合理使用有重要意义。; 周铁丽周明明费静娴干锦益朱丽青史银丹李超徐祖元; 关键词：致病性大肠埃希菌肠道内质粒介导住院患者耐药水平

一株多重耐药肺炎克雷伯菌KF3的质粒研究被引量：1: 2010年; 目的通过对肺炎克雷伯菌KF3质粒DNA全序列测定,从基因组水平研究质粒DNA的结构、功能基因和与宿主菌耐药相关性.方法碱裂解法提取质粒DNA,构建质粒DNA文库并测序.采用Phred/Phrap/Consed软件包进行序列拼接,Glimmer软件预测开放阅读框架（ORF）及功能分析.结果构建包含3个质粒DNA的pUC18文库和Fosmid文库,测序获得3个质粒全序列.功能注释分析发现3个质粒均为可接合转移质粒,编码大量耐药相关基因.结论肺炎克雷伯菌KF3的3个质粒都是可接合转移质粒,将耐药基因在细菌间进行水平转移,造成了耐药菌的播散.; 陆红云张洪勤姚晓鼎王军荣席亚丽周明明周铁丽包其郁李劲松; 关键词：质粒耐药基因肺炎克雷伯菌

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浙江省自然科学基金(Y2081093)