国家重点基础研究发展计划(2004CB117405)
- 作品数：59 被引量：819H指数：22
- 相关作者：孙效文鲁翠云梁利群张研曹顶臣更多>>
- 相关机构：中国水产科学研究院黑龙江水产研究所大连水产学院上海海洋大学更多>>
- 发文基金：国家重点基础研究发展计划黑龙江水产研究所基本科研业务费专项国家科技基础条件平台建设计划更多>>
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- Microsatellite markers for main fresh water aquaculture species in China
- ＜正＞The microsatellite DNA from seven main fresh water aquatic species including common carp, silver crucian ca...
- 孙效文MARC Welt
- 文献传递
- 微卫星分子标记指导镜鲤群体选育被引量：13
- 2011年
- 本文用26个扩增效果好的微卫星分子标记分析了镜鲤（Cyprinus carpio L.）养殖亲本群体的遗传结构,指导其群体选育。本研究共检测到153个等位基因,片段大小为108~400 bp,平均等位基因数（A）5.8846个,平均有效等位基因数（Ne）2.8625个,平均观察杂合度（Ho）0.5063,平均期望杂合度（He）0.5602,平均多态信息含量（PIC）0.5292,表明该繁育群体处于较高的遗传多样性水平。用χ2检验和遗传偏离指数估计Hardy-Weinberg平衡,表明群体处于平衡状态,但在多个位点表现出杂合子缺失严重,显示出人工选择的痕迹。用PHYLIP3.6软件绘制基于Nei氏标准遗传距离的UPGMA聚类图,依据亲本个体间的遗传差异,以避免近亲交配为原则,建立最佳亲本配组体系,繁育获得2个选育群体,以常规群体繁育子代群体作为对照组,对子代群体的遗传结构及数量性状分析显示,选育群体保持了较高的遗传多样性水平,群体平均期望杂合度在0.5414~0.5449之间,其生长速度较对照群体快14.81%~63.71%。连续2年的生长实验证实,微卫星标记指导群体选育技术在保持群体的遗传多样性水平,避免近交衰退,快速建立优良种群方面具有一定的优势。
- 鲁翠云金万昆李超孙效文杨建新
- 关键词：微卫星镜鲤群体选育
- 柏氏鲤与荷包红鲤抗寒品系杂交子二代的RAPD分析被引量：2
- 2006年
- 采用随机扩增多态性DNA(RAPD)分子标记技术,对荷包红鲤抗寒品系与柏氏鲤进行杂交所获得的F2代个体进行亲子鉴定分析。从180个随机引物中筛选出5个多态性较丰富的引物,并对其产生的多态性DNA片段进行统计分析,结果显示:双亲的RAPD谱带全部在F2代中表现出来,而子代中产生的所有谱带在双亲中的表现率在AB02、AB05、AC20、AI10、AI13几个引物中分别为87.0%、100.0%、92.1%、82.8%、92.6%。这也表明RAPD技术在对鲤的亲子鉴定中具有很强的可行性。
- 高俊生孙效文梁利群
- 关键词：随机扩增多态性DNA亲子鉴定
- 皱纹盘鲍微卫星标记开发和4个群体的遗传多样性分析
- 采用磁珠吸附法构建了皱纹盘鲍的三碱基（CAG8）微卫星富集文库,挑取文库中的1440个克隆进行测序,从中选出57条序列进行后续分析,成功开发了17对具有多态性的引物。
- 张丽博李加琦匡友谊刘晓孙效文
- 关键词：皱纹盘鲍微卫星
- 文献传递
- 鲤鱼乳酸脱氢酶活性的QTL检测被引量：26
- 2009年
- 利用SSR分子标记结合"拟测交"策略,以荷包红鲤抗寒品系和柏氏鲤远缘杂交所产生F1代为亲本及其F2代为作图群体,应用Windows Map Manager2.0软件的标记回归法进行乳酸脱氢酶(Lactate dehydrogenase,LDH)活性数量性状基因座单标记定位分析。在乳酸脱氢酶性状的标记回归研究中,共发现12个标记与LDH性状关联,对性状的贡献率为4.00%～10.00%,其中HLJE222达到极显著水平(P<0.01)。为了进一步验证,利用已有的生物信息学工具,将与性状连锁的EST序列与公共数据库中的核酸序列进行同源搜索分析,发现标记HLJE222的EST序列与斑马鱼DAZ associated protein1的mRNA序列相匹配(相似性为94%),与公共数据库中的已知蛋白序列进行相似性比较,同样发现HLJE222的EST与斑马鱼DAZ associated protein1相匹配(相似性为97%)。结果表明HLJE222位点与影响乳酸脱氢酶活性相关的基因连锁。
- 毛瑞鑫刘福军张晓峰张研曹顶臣鲁翠云梁利群孙效文
- 关键词：鲤鱼乳酸脱氢酶
- 马氏珠母贝微卫星快速分离及遗传多样性分析被引量：28
- 2007年
- 佟广香闫学春匡友谊梁利群孙效文王爱民王嫣
- 关键词：马氏珠母贝微卫星
- 鲢三、四核苷酸重复微卫星标记的筛选及其特征分析被引量：11
- 2011年
- 通过磁珠富集法筛选鲢（Hypophthalmichtys molitrix）的三、四核苷酸重复微卫星分子标记。提取鲢血液大片段基因组DNA,用限制性内切酶Sau3AI进行酶切,蔗糖密度梯度离心收集400~900 bp长度的片段,构建鲢全基因组PCR文库,用生物素标记的微卫星探针（TGA）8、（CAG）8以及（AGAT）6进行筛选,磁珠富集含有微卫星序列的DNA片段,获得含有微卫星的单链序列;将这些序列通过PCR扩增,连接pMD 18-T载体,转入感受态大肠杆菌（Escherichia coli）DH5α,获得微卫星文库;再用γ-32P标记的放射性同位素探针进行二次杂交筛选,获得1 758个阳性克隆,选择测序348个克隆序列中,共含有280个微卫星座位,其中完美型167个（59.64%）,非完美型28个（10%）,混合型85个（30.36%）。Primer 3.0软件设计60对引物,并用珠江水系的野生鲢群体对引物进行多态性位点检测。统计软件分析显示其中22对具有较高的筛选效率和多态性,可作为鲢种质评价等遗传分析的工具。研究亮点：首次利用多碱基（三、四核苷酸重复）探针筛选出微卫星分子标记结合同位素探针进行两次筛选,是开发鲢微卫星分子标记过程中新的尝试与探索。在与其他利用二碱基核苷酸重复探针开发的鲢微卫星分子标记的对比中发现,四核苷酸重复的微卫星比二、三核苷酸重复微卫星具有更高的筛选效率和多态性。
- 谭照君张天奇鲁翠云李超孙效文
- 关键词：微卫星
- 借助斑马鱼EST数据库从鲤鱼微卫星序列中寻找蛋白编码基因(英文)被引量：4
- 2008年
- 应用in silico的方法,利用Blastn和Blastx搜索引擎,将鲤鱼微卫星序列与GenBank数据库进行同源序列比对。利用Blastn,将侧翼序列长度>50bp的875个鲤鱼微卫星序列与斑马鱼的EST数据库首先进行比对,结果找到了121个同源序列。随后采用Blastx搜索蛋白质数据库,有94个微卫星位点存在同源蛋白。除了33个假定和3个未知蛋白外,剩余的58个微卫星位点被成功地进行了功能注释,而且其中的7个位点已经定位在了鲤鱼连锁图谱上。另外,通过PCR-SSCP的方法,将两个与鲤鱼微卫星侧翼序列相匹配的斑马鱼EST序列开发成鲤鱼的STS标记,并将其中的一个标记HLJZe33定位到鲤鱼连锁图谱上。以上研究结果表明,通过比较基因组研究,模式生物斑马鱼的很多遗传和基因组资源都可以被利用到鲤鱼的基因组研究中。
- 常玉梅匡友谊梁利群鲁翠云何建国孙效文
- 关键词：鲤鱼微卫星标记BLAST
- 黑龙江流域哲罗鲑的遗传结构分析被引量：14
- 2010年
- 哲罗鲑(Hucho taimen)是中国土著濒危鱼类,仅黑龙江和新疆存在极小的繁殖群体,本研究利用17对微卫星分子标记对黑龙江流域哲罗鲑4个野生群体的遗传结构现状进行了分析。结果表明,黑龙江流域哲罗鲑野生群体具有中等水平的遗传多样性,其遗传多样性水平与种群数量具有相关性,呈逐年下降的趋势。遗传结构分析表明,群体间遗传分化显著,黑龙江流域哲罗鲑分化为2个遗传类型,HM遗传类型和WSL遗传类型,且WSL类型群体出现了进一步亚分化。黑龙江流域哲罗鲑各群体具有较小的有效群体,造成了各群体较大的近交压力。较小的有效群体主要是由于群体数量的变化及遗传瓶颈造成的。对黑龙江流域哲罗鲑野生群体近期和长期基因流检测发现,各群体间基因流不一致,迁入和迁出率不对称,表现为大群体向小群体流动。以上分析结果表明,环境的变迁、群体数量的下降等已造成黑龙江流域哲罗鲑遗传多样性的降低、遗传结构的分化,并导致了较小的有效群体数量,且对群体间基因流造成了障碍。本研究旨在为制定哲罗鲑的遗传保护措施提供基础科学依据。
- 匡友谊佟广香徐伟孙效文尹家胜
- 关键词：哲罗鲑基因流
- 鲤的微卫星标记与体质量、体长、体高和吻长的相关分析被引量：16
- 2010年
- 利用24个鲤(Cyprinus carpio L.)EST-SSRs标记和41个SSRs标记对柏氏鲤和荷包红鲤抗寒品系回交子代的84个个体基因组DNA进行检测,共得到182个等位基因,各座位等位基因数2～4个,片段长度142～329bp,有效等位基因数1.3913～3.9353,观察杂合度0.3214～1.0000,期望杂合度0.2829～0.7535,平均位点多态信息含量0.5120。利用统计软件SPSS的GLM程序对65个微卫星标记与鲤鱼体质量、体长、体高和吻长的相关性进行了分析,其中与体质量、体长显著相关的标记是HLJE365;与体质量、体高显著相关的标记是HLJ816;与体质量显著相关的标记是HLJ726,与体长显著相关的标记是HLJ107、HLJ1098;与体高显著相关的标记是HLJ111、HLJ817;与吻长显著相关的标记是HLJE331、HLJ906、HLJ1330。对同一标记不同基因型间进行多重比较,找到与4种性状相关的基因型,并运用数学建模的思想定位等位基因对性状的影响。
- 杨晶张晓峰储志远孙效文
- 关键词：微卫星标记体质量体长体高
