国家自然科学基金(20972010)
- 作品数：3 被引量：6H指数：2
- 相关作者：金宏威刘振明张亮仁曾凌晓乔康更多>>
- 相关机构：北京大学中国医学科学院北京协和医学院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金国家教育部博士点基金国家高技术研究发展计划更多>>
- 相关领域：医药卫生更多>>
- 药物发现中常用化合物库特征描述与对比分析被引量：2
- 2012年
- 随着计算技术的发展和分子模拟软件的日趋成熟,虚拟筛选已经在药物发现过程中发挥着越来越重要的作用.在虚拟筛选过程中,所使用化合物库的质量对先导化合物发现的成功率起着至关重要的作用.本文通过对已知药物库、天然产物库、中药原植物化学成分库、筛选常用商业化合物库以及研究者所在实验室建立的化合物库的分析比较,从化合物库的分子多样性、化学空间和分子骨架等多个方面提取并对比每一种化合物库的特征,发现了已知药物库与中药原植物化学成分库的特征相似性,揭示了中药原植物化学成分库作为筛选库的类药性优势,并且深化了对几种筛选用化合物库特征的认识和理解.
- 丁新强武治印金宏威刘振明
- 关键词：分子多样性
- 人类腺苷受体A_3亚型拮抗剂的构效关系分析被引量：3
- 2012年
- 构建人类腺苷受体A3亚型药效团模型和三维蛋白结构模型用于作用模式研究.以18个来源于文献具有腺苷受体A3亚型拮抗活性的化合物作为训练集,使用HypoGen方法构建药效团模型.通过同源模建和分子动力学模拟构建了人类腺苷受体A3亚型的三维蛋白模型,并利用PROCHECK方法评估该模型的合理性,对所得的结构使用分子对接程序进行作用模式分析,药效团模型和同源模建结果相互匹配较好.使用新药效团模型对MDL药物数据库(MDDR)中包含的约120000个化合物进行虚拟筛选,得到了8个候选化合物,用于进一步的生物学评价和活性测定.本工作对于人类腺苷受体A3亚型拮抗剂的设计和抗哮喘药物的研发具有一定的理论指导和应用价值.
- 乔康曾凌晓金宏威刘振明张亮仁
- 关键词：药效团模型同源模建分子对接拮抗剂
- 雌激素受体36亚型的同源模建以及配体设计
- 雌激素受体是一类重要的由配体激活的核受体,与肿瘤、乳腺癌、骨质疏松等多种女性更年期相关疾病的发生和治疗密切相关。目前已知的雌激素受体调节分子由于缺乏作用选择性,都不同程度地存在乳腺增生、子宫内膜增生等效应,增加细胞癌变的...
- 王东刘振明金宏威张亮仁
- 关键词：选择性雌激素受体调节剂
- 文献传递
- 雌激素受体α36亚型配体结合区的结构模建、优化及验证被引量：1
- 2013年
- 目的雌激素受体(estrogen receptor,ER)参与多种重要的体内生理过程,是一个重要的受体家族。新近发现的雌激素受体α36亚型(ER-α36)通过新的作用机制调节体内功能,对其进行开拓性的研究具有重要意义。方法利用已知的ER-α36序列以及两个典型的ER-α66配体结合区的晶体结构,通过同源模建的方法构建了ER-α36配体结合区的结构模型,并采用分子动力学模拟与分子对接等方法对其合理性进行了初步验证。结果与结论 ER-α36配体结合区与传统的ER-α66相比具有显著差异,蛋白整体结构缺失四段α螺旋,口袋开放性增加且柔性提高。这些特征导致配体结合特征发生变化。雌二醇、4-羟基-他莫昔芬、genistein和G-1等已知调控分子与ER-α36的对接分析,进一步验证和解释了已报道的生物实验数据。本研究所建立的ER-α36的同源模建模型具有较好的可靠性与准确性,为进一步发现和研究新的选择性ER-α36调控分子和药物奠定了基础。
- 王东金宏威刘振明张亮仁
- 关键词：同源模建分子动力学模拟分子对接
