国家科技重大专项(2002BA711A09)
- 作品数：3 被引量：47H指数：3
- 相关作者：赵辉曾长青李俊于军李启寨更多>>
- 相关机构：中国科学院更多>>
- 发文基金：国家科技重大专项中国科学院知识创新工程重要方向项目国家自然科学基金更多>>
- 相关领域：生物学农业科学更多>>
- 高通量飞行时间质谱基因分型方法的研究被引量：21
- 2005年
- 为了考察飞行时间质谱基因分型方法(MALDI-TOF)的位点分型成功率和分型结果质量的关系,分析了96个SNPs位点的近10000个基因分型数据(用MALDI-TOF“4重”实验方法检测).结果显示,位点分型成功率和分型结果的质量显著正相关.分型成功率低于82%的SNP位点,其高质量结果占的比例开始逐渐降低.提示82%的分型成功率可以作为衡量分型结果质量的数据点.为了进一步提高通量并降低成本,在MALDI-TOF“4重”实验方法的基础上,发展了两种“准8重”实验方法.用新的实验方法检测了95个样本的32个SNPs位点.结果显示“混合准8重”实验方法与“4重”实验方法相比无显著差异,而“复点准8重”的结果差于“4重”分型方法.
- 赵辉王威张清润高扬赵洪斌周珺林伟曾长青
- 关键词：飞行时间质谱基因分型
- 相邻碱基组分与产生SNP的转换或颠换在植物基因组中的研究被引量：22
- 2006年
- 碱基替换突变是形成物种多态性和造成生物进化的根本原因之一.近年的研究表明:基因组的碱基组分在不同程度上与碱基替换突变的发生相关.以水稻全基因组3611007个SNPs(包括45462个编码区SNPs和242811个内含子区SNPs)和拟南芥全基因组32019个SNPs为研究对象,研究突变位点周围的碱基A&T(A和T)的使用频率和点突变类型的相关性,结果表明:水稻和拟南芥全基因组上转换和颠换的比值(Ts/Tv)以及紧邻突变位点(上下游各1个碱基)上A&T碱基的个数负相关.统计了6种SNP的AT2(直接相邻的碱基是A或T的个数)和AT0(直接相邻碱基是C或G的个数),发现水稻和拟南芥都是C/G型SNP的AT2/AT0值最大,说明C/G型SNP可能受直接临近区域上A&T碱基的影响最大.在水稻全基因组SNPs中,A&T碱基影响突变的范围局限在突变位点上下游2个碱基内.拟南芥A&T碱基影响其全基因组SNPs的范围不超过上下游4个碱基.
- 赵辉李启寨李俊曾长青胡松年于军
- 关键词：点突变颠换
- 应用FP-TDI技术进行高通量单核苷酸多态分型被引量：4
- 2004年
- FP TDI (fluorescencepolarizationtemplate directeddye terminatorincorporation)是一种操作简单、实验投入少、适于高通量反应的单核苷酸多态等位基因分型技术 .使用两种评价分型图像质量的数值指标 ,可以有效地对分型结果进行评价 ,使该技术得到了改进 .在此基础上优化了实验条件 ,并应用该技术 ,对人类基因组 3号染色体上随机选取的 337个单核苷酸多态性位点进行了高通量分型 ,反应的一次成功率达到 5 9 94 % .
- 罗春清邓立彬周珺林伟曾长青
- 关键词：基因分型单核苷酸多态功能基因组学SNP
