国家重点基础研究发展计划(2009CB118703)
- 作品数：10 被引量：54H指数：5
- 相关作者：聂品李楠肖凡书张金姚卫建更多>>
- 相关机构：中国科学院中国科学院研究生院华中农业大学更多>>
- 发文基金：国家重点基础研究发展计划国家自然科学基金更多>>
- 相关领域：农业科学生物学更多>>
- 柱状黄杆菌乙酰辅酶A合成酶基因及其上游调控序列分析被引量：1
- 2011年
- 柱状黄杆菌(Flavobacterium columnare)是世界范围内危害淡水鱼类的柱形病的病原。目前对该病原菌遗传操作系统的研究进展较慢,而寻找高效稳定的启动子来调控外源基因在细菌体内的表达,有可能促进该细菌遗传操作系统的构建。本研究获得了柱状黄杆菌乙酰辅酶A合成酶基因(acetyl-coenzyme A synthetase gene,acs)的编码序列及其上游调控序列,该基因全长2 323 bp,编码635个氨基酸。通过序列分析,发现在该基因起始密码子ATG的上游存在核糖体结合位点(ribosome biding site,RBS)序列TAAAA,和启动子–7和–33的保守基序TATTTTCG和TTG。将acs的上游调控序列(promoter sequence,Pacs)置于氯霉素抗性基因(chloramphenicol acetyltransferase,cat)的上游并导入柱状黄杆菌G4株后,cat基因得以表达,并使宿主细胞产生稳定的氯霉素抗性。通过5′RACE技术,确定了外源的cat基因和内源的acs基因的转录起始位点都是位于起始密码子上游46 bp处的T。通过删减分析调控序列Pacs,发现起始密码子上游164 bp的序列是保持启动子活性所必需的。通过分析和比对32个基因的核糖体结合位点区域,在起始密码子上游10 bp处发现了RBS保守基序TAAAA。
- 张金邹红姚卫建聂品
- 关键词：柱状黄杆菌启动子
- 草鱼干扰素调节因子5的表达研究被引量：7
- 2010年
- 干扰素调节因子是在研究干扰素转录调控时发现的[1]。到目前为止,在哺乳动物和鸟类中共发现10种干扰素调节因子IRF-1—10。一般认为干扰素调节因子（IRF）通过调节干扰素的表达而行使其抗病毒、应激、免疫调节等功能[2,3]。近年来,研究人员发现IRF在细胞凋亡。
- 许巧情昌鸣先肖凡书李楠聂品
- 关键词：草鱼柱状黄杆菌
- 草鱼的两种新型免疫球蛋白基因IgZ-2和IgM-IgZ被引量：5
- 2010年
- 在草鱼中新发现的两种免疫球蛋白重链的cDNA和基因组序列,其中的一种IgZ命名为IgZ-2,以区别于已报道的IgZ,另一种只有两个恒定区,一个恒定区与IgM相似而另一个与IgZ相似,这一特征与已报道的鲤的IgM-IgZ相似,故同样称为IgM-IgZ。分泌型IgZ-2的cDNA序列包含1889bp,编码539个氨基酸,其3'编码区包含267bp,但缺乏5'非编码区及部分可变区序列。分泌型IgM-IgZ的cDNA全长为1316bp,编码361个氨基酸,其5'非编码区包含3bp,3'非编码区包含227bp。膜结合型IgM-IgZ由两个膜外显子与CH2中的一个剪切位点剪切而成。氨基酸序列比对结果显示IgZ-2和IgM-IgZ的恒定区存在保守的半胱氨酸。系统进化树分析显示,草鱼IgZ-2以较高的支持率与斑马鱼IgZ聚为一枝,再与草鱼IgZ、草鱼IgM-IgZ和鲤IgM-IgZ这一枝聚为一类。用半定量RT-PCR检测IgZ-2和IgM-IgZ在4条草鱼的器官/组织中的表达,发现分泌型IgZ-2、分泌型IgM-IgZ和膜结合型IgM-IgZ在4条鱼中的表达存在个体差异,但主要都在免疫器官中表达。
- 肖凡书许巧情王欣欣聂品
- 关键词：草鱼免疫球蛋白RT-PCR
- 草鱼IgM、IgD和IgZ的抗体制备与组织表达分析被引量：4
- 2012年
- 根据已报道的草鱼免疫球蛋白IgM、IgZ和IgD的序列设计表达引物进行PCR扩增,将扩增片段克隆至表达载体pET-32a,并在大肠杆菌Rosetta-gami(DE3)中进行诱导表达。利用亲和层析法纯化表达的重组蛋白,然后免疫日本大耳白兔,获得兔抗IgM、IgZ和IgD的抗血清。经免疫印迹检测,表明IgM、IgZ和IgD的表达产物能够被兔多克隆抗体特异性识别。应用兔抗草鱼IgM和IgZ的多克隆抗体,对草鱼多种器官、组织提取的总蛋白进行免疫印迹检测,在肠、头肾、中肾、皮肤、脾脏、脑、鳃和血液中都检测到IgM和IgZ的表达。
- 严伟肖凡书聂品
- 关键词：草鱼IGMIGD抗体
- 斜带石斑鱼IgM、IgZ和IgD重链基因的克隆被引量：5
- 2012年
- 应用RACE方法获得斜带石斑鱼膜结合型免疫球蛋白M（membrane-bound immu-noglobulin M,mIgM）,膜结合型免疫球蛋白D（mIgD）,分泌型免疫球蛋白Z（secretory immu-noglobulin Z,sIgZ）的重链基因。斜带石斑鱼膜结合型IgM重链恒定区包含3个恒定区结构域（μ1,μ2,μ3）以及两个跨膜外显子（TM1,TM2）,TM1外显子与μ3结构域末端相连接。氨基酸序列相似性分析结果显示,斜带石斑鱼mIgM各恒定区与牙鲆mIgM恒定区相似性最高,为53%-78%。mIgD的cDNA全长为3 375 bp,开放阅读框包含3 006 bp,其恒定区由1个μ1外显子,7个δ外显子以及跨膜区组成。斜带石斑鱼IgD恒定区与鳜IgD各恒定区氨基酸序列相似性最高,δ1-δ7的相似性分别为75.5%、75.8%、65.4%、76.6%、88.1%、90.6%、82.8%,TM结构域为82.7%。sIgZ的基因结构与其他硬骨鱼类sIgZ的结构相似,包括4个外显子和3个内含子,内含子长度分别为222、129和458 bp。利用半定量PCR分别检测了这3种基因在斜带石斑鱼各器官/组织中的表达,发现mIgM在头肾、肾脏、脑、脾脏、肠、鳃、心脏和胸腺中均有表达;mIgD的mRNA在头肾、肾脏以及胸腺中有较高的表达,在肠中表达量较低;sIgZ mRNA主要分布于淋巴组织如头肾、肾及脾脏中,而在鳃、心脏和胸腺中的丰度较低。
- 黄贝陈善楠徐镇聂品
- 关键词：斜带石斑鱼免疫球蛋白
- 我国淡水鱼类柱形病病原菌柱状黄杆菌的遗传多样性被引量：21
- 2010年
- 为认识我国淡水鱼类烂鳃病的病原以及柱形病在我国的发生情况,实验从发生烂鳃病的病鱼中分离细菌性病原,经过生理生化特性分析以及是否在含托普霉素的Shieh培养基中生长并形成黄色假根状菌落,是否产生降解明胶和硫酸软骨素的酶类等特性的鉴定,并结合16SrDNA序列分析,证实柱状黄杆菌(Flavobacterium columnare)是所分离的烂鳃病的病原。同时,研究也证实20世纪曾经命名为烂鳃(Gill-rot)病病原的鱼害黏球菌(Myxococcus piscicola Lu,Nie & Ko,1975)是柱状黄杆菌的同物异名。利用分离到的16株柱状黄杆菌的16SrDNA序列,以及已经发表的柱状黄杆菌的相关序列,构建了系统发育树,发现柱状黄杆菌的菌株聚成3枝,与柱状黄杆菌的三种基因组型(Genomovar)相对应。其中当时命名为鱼害黏球菌的强毒株G4与分别分离自日本和美国的两株聚为一枝。另外两枝包括的菌株较多,它们中的一些菌株来源于相同的鱼类宿主,如鲤形目的种类;但是,这两枝也包括一些特有的株,如从欧洲和美国的鲑形目鱼类上分离的柱状黄杆菌聚为一枝,这一枝还包括我国曾经命名为鱼害黏球菌的G18弱毒株。从我国隶属于鲈形目的鳜鱼和鲟形目的中华鲟上分离到的柱状黄杆菌则聚为另外一枝。作者认为对不同基因组型菌株的致病性和致病机理的研究将可能从根本上认识鱼类柱形病的流行规律。
- 王良发谢海侠张金李楠姚卫建张立强熊传喜聂品
- 关键词：柱状黄杆菌同物异名柱形病系统发育
- 鱼类免疫球蛋白重链基因与基因座的研究进展被引量：13
- 2010年
- 归纳了脊椎动物中报道的所有的免疫球蛋白(immunoglobulin,Ig)的种类,重点阐述了鱼类免疫球蛋白重链(heavy chain,H)基因及其基因座的研究进展。硬骨鱼类中目前已发现有IgM、IgD、IgZ/IgT以及一个嵌合体IgM-IgZ,软骨鱼类中目前只报道了3种免疫球蛋白基因,即IgM、IgNAR和IgW。已报道的硬骨鱼类IgH基因座并非都是以传统的"易位子"排列方式进行排列,一般以(VH)n-(D)n-(JH)n-(Cζ)-(D)n-(JH)n-(Cμ)-(Cδ)的形式排列,不同硬骨鱼类的IgH基因座的结构特点、基因座中重链基因的数目以及基因座的拷贝数都存在一定差异。软骨鱼类中IgH基因座则是以"多簇"形式排列,即VH-D-D-JH-CH区段或VH-D-D-D-JH-CH区段在基因组中作为统一体多次复制。在不同种类的硬骨鱼类中,Ig表达器官或组织方面的研究结果并不完全相同,但一般在免疫器官如胸腺、头肾和脾脏中均有表达。目前对鱼类免疫球蛋白的研究尚不全面,要全面阐明鱼类B细胞个体发生、鱼类免疫球蛋白的结构、抗体产生的规律以及这些不同抗体在免疫反应中的作用等,都需要更进一步的研究。
- 肖凡书聂品
- 关键词：鱼类基因免疫球蛋白
- 鱼类烂鳃病病原柱状黄杆菌溶血素基因的初步研究被引量：5
- 2015年
- 柱状黄杆菌（Flavobacterium columnare）隶属于拟杆菌门、黄杆菌纲、黄杆菌目、黄杆菌科,是重要的水生动物致病菌且呈世界性分布,鱼类感染柱状黄杆菌以后会引发柱形病（Columnaris disease）,在我国又称烂鳃病[1]。鲑科（Salmonidae）、鲤科（Cyprinidae）、鲶科（Siluridae）等多科鱼类（几乎所有的淡水鱼类）都会感染柱形病[2]。患病鱼体会出现烂鳃、体表溃疡、组织坏死及鳍条腐烂等症状,死亡率可高达100%,全球每年因柱形病感染引起鱼类发病死亡所造成的经济损失极其严重[3]。
- 李烨李楠张晓林秦婷聂品
- 关键词：柱状黄杆菌溶血素
- 柱状黄杆菌胶原蛋白酶的克隆与表达
- 2009年
- 利用PCR方法从柱状黄杆菌(Flavobacterium columnare)G4株中克隆了1个胶原蛋白酶基因(GenBank登录号EF501979)。同源性比对发现该基因与柱状黄杆菌的另外1种胶原酶基因(GenBank登录号EAZ95511.1)最为相近,有84%的一致性和93%的相似性。该属的另外2种细菌,约氏黄杆菌(Flavobacterium johnsoniae)和嗜冷黄杆菌(F.psychrophilum)都有与该胶原酶基因相似的基因,其相似性分别为92%和83%。该基因经KpnI和SalI酶切后连接到表达载体pET-32a上,转入大肠杆菌BL21(DE3)plysS内进行表达,经SDS-PAGE电泳后显示重组融合蛋白在44kD处有明显表达带,与预期分子量大小一致,且主要以不溶的包涵体形式存在,变性条件下利用His·Bind树脂成功纯化了融合蛋白,将其免疫家兔,获得兔抗柱状黄杆菌胶原蛋白酶抗体,Western blotting表明该胶原酶在柱状黄杆菌的胞内和胞外都存在。这些结果为进一步研究这种胶原蛋白酶的功能及柱状黄杆菌的致病机理奠定了基础。
- 张立强谢海侠李楠聂品
- 关键词：柱状黄杆菌胶原蛋白酶克隆
- 强壮粗体虫的线粒体基因组及棘头虫的系统发育研究
- 2014年
- 通过长距离PCR方法,克隆了鳜(Siniperca chuatsi Basilewsky)肠道内寄生虫——强壮粗体虫(Hebesoma violentum Van Cleave)线粒体基因组全长序列,共13393 bp(GenBank登录号:KC415004),有36个基因,其中蛋白编码基因12个,核糖体基因2个,tRNA22个。所有基因均由线粒体基因组同一条链按同一个方向转录。利用该线粒体基因组和已经报道的一些轮虫纲种类的线粒体基因组序列,构建了棘头虫和轮虫的系统发育树。系统发育研究表明:包括强壮粗体虫、隐藏新棘虫Pallisentis celatus(Van Cleave)和Paratenuisentis ambiguous(Van Cleave)在内的始新棘头虫纲(Eoacanthocephala)与古棘头虫纲(Palaeacanthocephala)亲缘关系较近,聚为一枝后再与原棘头虫纲(Archiacanthocephala)聚在一起;棘头虫与双巢类轮虫(Bdelloid)亲缘关系最近,聚为一枝,然后再与单巢类轮虫(Monogonont)聚在一起,表明棘头虫和轮虫具有较近的亲缘关系。
- 潘庭双聂品
- 关键词：棘头虫线粒体基因组系统发育轮虫
