深圳市科技计划项目(200802117)
- 作品数：10 被引量：49H指数：5
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- 相关机构：深圳市血液中心大连医科大学深圳市血液中心(深圳市输血医学研究所)更多>>
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- 中国北方汉族造血干细胞捐献者人类白细胞抗原-A、B、DRB1基因和单倍型高分辨水平的多态性研究被引量：4
- 2010年
- 目的从高分辨率水平研究中国北方汉族人群人类白细胞抗原（Human Leukocyte Antigens，HLA）-A、B、DRBI基因和单倍型的多态性。方法采用聚合酶链反应-测序分型方法（Polymerase Chain Reaction—Sequence Based Typing，PCR—SBT）对631名随机北方汉族个体的HLAA、B、DRB1基因进行序列分析，进而采用最大似然性方法计算等位基因和单倍型的分布频率。结果30个HLA—A等位基因中，频率高于0．05的5种常见等位基因A＊1101、A＊2402、A＊0207、A＊0201和A＊3303的频率总和为69．26％；64个HLA—B等位基因中，频率高于0．05的4种常见等位基因B＊4001、B＊4601、B＊5801和B＊1502的频率总和为38．11％；41个DRB1等位基因中，频率高于0．05的7种常见等位基因DRB1＊0901、DRB1＊1501、DRB1＊1202、DRB1＊0701、DRB1＊0803、DRB1＊1101和DRB1＊0405的频率总和为59．98％。499条AB、659条B—DRB1和2426条A—B-DRB1单倍型中，分别有38、39和31条单倍型频率高于0．005，其频率总和分别为59．82％、53．69％和32．38％，A＊0207-B＊4601、B＊4601-DRB1＊0901和A＊0207-B＊4601-DRB1＊0901分别为其最主要单倍型。结论中国北方汉族人群高分辨水平的HLA—A、B、DRBI等位基因和单倍型的多态性数据可作为人类学、法医学、移植配型和疾病相关性研究和应用的参考数据。
- 邹红岩金士正李桢蓝欲晓鲍自谦程曦王大明朱为刚程良红
- 关键词：人类白细胞抗原单倍型汉族
- 广东汉族HLA-A、C、B、DRB1和DQB1基因的高分辨多态性及连锁不平衡分析被引量：12
- 2009年
- 目的研究广东汉族人群的人类白细胞抗原(HLA)-A、C、B、DRB1和DQB1基因的高分辨多态性和等位基因间的连锁不平衡关系。方法PCR-测序分型方法(sequence-based typing,SBT)对144名随机广东汉族造血干细胞捐献者的HLA-A、C、B、DRB1和DQB1基因进行序列分析,并采用PyPop软件计算等位基因频率、单体型频率和连锁不平衡参数。结果发现1个新等位基因HLA-Cw*0340;HLA-Ⅰ类基因中,A、C、B基因座分别检出27、24和54个等位基因,其中频率>0.05常见等位基因包括A*1101、A*2402、A*0207、A*0201、A*3303、A*0203、Cw*0102、Cw*0702、Cw*0304、Cw*0801、Cw*0302、B*4601、B*4001、B*1301、B*5801和B*1502;HLA-Ⅱ类基因中,总共观察到30个DRB1和15个DQB1等位基因,频率>0.05的常见等位基因见于DRB1*0901、DRB1*0301、DRB1*1501、DRB1*1202、DRB1*0803、DRB1*1101、DRB1*1602,DQB1*0303、DQB1*0301、DQB1*0502、DQB1*0601、DQB1*0201、DQB1*0302和DQB1*0501;除A-DQB1最常见单体型为A*1101-DQB1*0301外,其它所有两座位单倍型以及A-C-B、A-B-DRB1和A-C-B-DRB1-DQB1扩展单体型的最常见型均由A*0207、Cw*0102、B*4601、DRB1*0901和DQB1*0303组合而成。任意2个HLA基因间均具有强的连锁不平衡,而21.99%—31.63%的有价值连锁不平衡单倍型具有统计学意义(χ2>3.84,P<0.05),其中频率≥0.01的有156条。结论获得了广东汉族人群HLA-A、B、C、DRB1和DQB1基因的等位基因和单体型多态性及连锁不平衡分析数据,为HLA基因的相关研究和应用提供了更加详细的参考资料。
- 朱为刚金士正邹红岩李桢蓝欲晓鲍自谦王大明程曦程良红
- 关键词：HLA等位基因汉族
- 杂合性歧义引物分离法在解决人类白细胞抗原基因歧义分型结果中的应用被引量：6
- 2009年
- 目的评估杂合性歧义引物分离法（HARPs）在解决中国汉族人群人类白细胞抗原（H／A）基因歧义分型结果中的应用价值，并筛选合适的HARPs引物。方法416名南方汉族个体的HLA—A、HLA—B、HLA—DRB1基因通过PCR-测序分型（PCR—SBT）方法进行基因分型，并采用美闰Atria公司的HARPs引物对其中的歧义分型标本进行附加测序分型。结果86．3％（132／153）的HLA—A、73．9％（130／176）的HLA-B和38．1％（85／223）的HIM—DRB1歧义分型标本可以通过HARPs方法有效解决；其中48．5％（64／132）的HLA-A、80．0％（104／130）的HLA—B和100．0％（85／85）的HIM—DRB1歧义分型标本只需要1种HAPRs引物，47．7％（63／132）的HLA—A、20．0％（26／130）的HLA-B需要同时使用2种HAPRs引物；3～6种HARPs引物可以解决90％以上的歧义分型标本。结论HARPs可作为解决中国汉族人群HLA—A、HLA—B、HL4-DRB1基因SBT歧义分型结果的常规方法。
- 程良红邹红岩金士正李桢王大明程曦蒋妍王巍
- 关键词：HLA抗原基因型碱基序列
- DRB1＊1454：中国汉族人群人类白细胞抗原-DRB1＊14的常见等位基因被引量：4
- 2009年
- 目的研究中国南方和北方汉族人群人类白细胞抗原（human leukocyte antigens，HLA）-DRB1＊14组等位基因的分布并比较其分布差异。方法采用聚合酶链反应（polymerase chain reaction，PCR）-测序分型（sequence-based—typing，SBT）技术对从436名南方和713名北方汉族造血干细胞志愿捐献者进行HLA—DRB1分型，并采用高分辨PCR序列特异性引物（sequence specific primer，SSP）技术对其中的DRB1＊1401／1439／1454不确定的等位基因进行精确分型，同时对54名原检测结果为“DRB1＊1401”的临床移植配型标本进行再次分型。进而采用卡方检验方法对南北方汉族群体的DRB1＊14等位基因分布进行比较。结果81个DRB1＊1401／1439／1454不确定等位基因和54例原结果为“DRB1＊1401”的临床标本全部证实为DRB1＊1454。436名南方汉族人群中，可见6种DRB1＊14等位基因，其分布比例分别为DRB11454（69．57％），DRB1＊1402（1．45％），DRB1＊1403（1．45％），DRB1＊1404（4．35％），DRB1＊1405（20．29％），DRB1＊1407（2．90％）；713名北方汉族中，7种DRB1＊14等位基因的分布比例分别为DRB1＊1454（35．48％），DRB1＊1403（12．90％），DRB1＊1404（6．45％），DRB1＊1405（37．63％），DRB1＊1407（4．30％），DRB1＊1411（1．08％），DRB1＊1412（2．15％）。结论中国汉族人群中的主要等位基因是DRB1＊1454和DRB1＊1405，南北汉族间DRB1＊14等位基因的分布格局明显不同，DRB1＊1405在两个群体中的分布比例比较接近，而DRB1＊1454在南方汉族中的分布比例明显高于北方汉族。
- 程良红金士正邹红岩高素青李桢王大明
- 关键词：人类白细胞抗原中国汉族
- 广东汉族人群HLA单倍型遗传中基因重组的研究被引量：2
- 2010年
- 目的 分析广东汉族人群人类白细胞抗原（HLA）Ⅰ、Ⅱ经典5位点A、Cw、B、DRB1及DQB1的连锁单倍型及单倍型遗传中基因重组事件.方法 采用聚合酶链反应-序列特异性寡核苷酸探针（PCR-SSO）法及聚合酶链反应-序列特异性引物（PCR-SSP）法,分别对2000年8月至2009年12月深圳市血液中心进行HLA配型的198个广东汉族家系共939名个体的外周血样本进行HLA-A、B、DRB1位点及HLA-Cw、DQB1位点的低分辨基因分型,再通过遗传家系分析确定HLA基因重组相关位点 对其中发生基因交换重组的52名家系成员的样本进一步采用基因测序分型（SBT）技术进行序列分析,以判断重组交换是否发生在某基因座位上.结果 198个广东汉族家系543名子一代个体中,发现有9名个体HLA单倍型基因座位发生了交换重组,频率为1.657%.3例为A/Cw座位间的交换,6例为B/DRB1座位间的交换.其中4例重组事件发生在广东汉族人群最常见的单倍型A＊3303-Cw＊0302-B＊5801-DRB1＊0301-DQB1＊0201上.在9例重组事件中有5例来自母系染色体交换,4例来自父系染色体交换 3例表现为A/Cw座位间交换的个体均为女性,6例表现为B/DRB1座位间交换的个体中5例为男性、1例为女性.结论 HLA连锁单倍型遗传过程中的基因重组主要见于A/Cw座位间及B/DRB1座位间,且基因重组的发生具有单倍型特异性及性别特异性.
- 邹红岩金士正李桢高素青王大明徐筠娉何柳媚魏天莉程良红邓志辉
- 关键词：HLA抗原单倍型
- 中国南方汉族人群HLA-A、B、DRB1基因的序列分析和单体型分布被引量：19
- 2009年
- 目的分析中国南方汉族人群HLA-A、-B、-DRB1基因的序列多态性和单体型的分布情况。方法PCR-测序分型方法(sequence-based typing,SBT)对421名随机南方汉族个体的HLA-A、-B、-DRB1基因进行序列分析,进而采用最大似然性方法计算等位基因和单体型的分布频率。结果26个HLA-A等位基因中,频率>0.05的6种常见等位基因A*1101、A*2402、A*0207、A*0201、A*3303和A*0203的频率总和为78.15%;53个HLA-B等位基因中,频率>0.05的5种常见等位基因B*4001、B*4601、B*5801、B*1502和B*1301的频率总和为50.59%;36个HLA-DRB1等位基因中,频率>0.05的7种常见等位基因DRB1*0901、DRB1*1501、DRB1*1202、DRB1*0803、DRB1*1101、DRB1*0405和DRB1*0301的频率总和为60.21%。372条A-B、494条B-DRB1和1658条A-B-DRB1单体型中,分别有39、43和26条单体型,频率>0.005,其频率总和分别为66.07%、58.91%和34.30%,A*0207-B*4601、B*4601-DRB1*0901和A*0207-B*4601-DRB1*0901分别为其最主要单体型。结论获得了中国南方汉族人群HLA-A、-B、-DRB1基因的高分辨等位基因频率和单体型分布数据,进一步为人类学、法医学、移植配型和疾病相关研究提供了信息。
- 朱为刚鲍自谦蓝欲晓金士正李桢程曦王大明程良红邹红岩
- 关键词：等位基因人类白细胞抗原单体型PCR-SBT汉族
- 基因组序列分析HLA新等位基因B＊3818内含子和外显子同时突变
- 2010年
- 目的分析HLA新等位基因B＊3818的基因组序列。方法克隆测序方法对PCR-SBT中发现的1个未知HLA-B等位基因的基因组序列进行双向全长测序，并采用微量淋巴细胞毒方法鉴定该等位基因编码分子的抗原特异性，通过群体调查和家系分析了解该等位基因的群体分布频率和单倍型组成情况。结果新等位基因HLA—B＋3818（序列注册号为FJ561482）与B＊380201在第4外显子和第5内含子同时存在1个核苷酸的差异。第4外显子的第660位碱基由C变为A，导致第196个密码子由GAC变为GAA，相应氨基酸由天门冬氨酸变为谷氨酸，与IMGT／HLA中的HLA-B等位基因的序列进行对比，该突变为新的单核苷酸多态性位点。第5内含子的第2133位碱基由A变为C，除此之外，B＊3818的内含子序列与B＊380101、B＊380201和B＊3814相同。该新HLA等位基因的血清学特异性为B38，其在中国汉族人群中的分布频率小于0．0005，家系调查结果表明携带该新等位基因的单倍型为A＊030101-Cw＊010201-B＊3818-DRB1＊1312-DQB1＊060101。结论新等位基因HLA-B＊3818的内含子和外显子同时存在变异，研究新等位基因的基因组序列可为HLA基因相关研究和应用提供更多的序列信息。
- 蓝欲晓鲍自谦邹红岩金士正李桢朱为刚程良红
- 关键词：等位基因基因组内含子外显子突变
- 等位基因频率在鉴别模棱两可HLA基因型中的应用价值分析被引量：7
- 2009年
- 本研究探讨采用等位基因频率直接鉴别模棱两可HLA基因型的应用价值。应用聚合酶链式反应(PCR)-测序分型方法(SBT)对658名汉族供者HLA-A、B、DRB1基因进行测序分型,并分别采用PCR-序列特异性引物法(SSP)和杂合性歧义引物分离法(HAPRs)对其中的模棱两可标本进行精确分型,进而利用等位基因频率计算真基因型的相对概率并与真实结果进行比对。结果表明:222个HLA-A,238个HLA-B和107个HLA-DRB1基因的模棱两可标本中,真基因型的相对概率高于95%的比例分别为99.5%(221/222)、95.8%(228/238)和97.7%(104/107);与PCR-SSP和HAPRs分型结果相比,3个基因座的吻合率分别为100%(222/222)、99.6%(237/238)和99.1%(106/107),仅有B*3501/5501和DRB1*1201/1504不同,其相对概率值分别为40.3%和2.1%。结论:在大规模供者HLA基因的PCR-SBT分型中,应用等位基因频率直接鉴别模棱两可基因型的方法不仅具有较高的准确率和可信度,而且更加经济、简便、快捷,但在移植前供、患者HLA基因的确认试验中必须慎重应用。
- 程良红邹红岩李桢金士正王大明高素青
- 关键词：等位基因频率PCR-SBT
- 中国南方汉族人群HLA-A，B，DRB1基因测序分型模棱两可结果的分布及其解决方案被引量：1
- 2008年
- 背景:聚合酶链式反应-直接测序分型技术被誉为HLA分型的金标准,在临床移植配型和骨髓库供者的大规模HLA分型中逐渐被广泛采用,但该方法的最大缺点是存在较高比例的模棱两可分型结果,故亟待寻找并建立适合中华骨髓库大规模供者HLA-测序模棱两可分型结果的解决方案。目的:调查中国南方汉族人群HLA-A,B,DRB1基因测序分型中模棱两可结果的分布状况,评估其可能的解决方案。设计、时间及地点:观察测量实验,2007-08/2008-08在深圳市血液中心输血医学研究所免疫遗传重点实验室完成。对象:选择深圳骨髓库的汉族骨髓供者416名,供者民族和籍贯按照自述原则确定。方法:采用聚合酶链反应-直接测序分型方法对416名汉族供者的HLA-A,B,DRB1基因进行测序分型,分析3个基因座模棱两可分型结果的分布情况,并分别采用高分辨聚合酶链反应-序列特异性引物法和杂合性模棱两可引物分离法进行解决;采用直接计数法统计基因频率,计算真实等位基因的相对概率。主要观察指标:416名供者HLA-A,B,DRB1基因直接测序分型结果的分布。HLA-A,B,DRB1基因测序模棱两可分型结果的分类及分布。序列特异性引物法及杂合性模棱两可引物分离法对模棱两可分型结果的解决能力。结果:80.29%的标本其HLA-A,B,DRB1基因出现模棱两可结果。80%左右的HLA-A,B基因和不足40%的HLA-DRB1基因模棱两可分型结果可以采用杂合性模棱两可引物分离法解决,其他则需要高分辨聚合酶链反应-序列特异性引物法解决。根据等位基因频率计算553个模棱两可等位基因组合中,75%的真实等位基因组合的相对概率大于98%。结论:杂合性模棱两可引物分离法和高分辨聚合酶链反应-序列特异性引物法分别对位于HLA-A,B和HLA-DRB1基因检测区内、外的模棱两可分型结果具有较高的解决能力,二者互为补充;在大规模供者HLA分型中应用
- 邹红岩程良红金士正李桢王巍蒋妍
- 关键词：人类白细胞抗原
- 中国人群人类白细胞抗原A、B和DRB1基因测序分型中模棱两可等位基因的鉴别被引量：5
- 2009年
- 背景:人类白细胞抗原基因测序分型中,当某些等位基因间的差异碱基位于测序范围外时,无法得到清晰的等位基因结果。目的:分析中国人群人类白细胞抗原A、B、DRB1基因测序分型中模棱两可等位基因的分布规律,探讨其在中华骨髓库大样本人类白细胞抗原A、B、DRB1基因的测序分型中的解决方案。设计、时间及地点:采用随机抽样方法对研究样本进行人类白细胞抗原A、B、DRB1基因的测序分型,并对其中的模棱两可等位基因进行验证性实验,于2006-01/2008-06在深圳市血液中心完成。材料:658名深圳骨髓库汉族供者乙二胺四乙酸盐抗凝血5mL。方法:采用聚合酶链式反应--测序分型方法对658名深圳骨髓库供者的人类白细胞抗原A、B和DRB1基因进行高分辨分型,并采用针对相应位点的高分辨聚合酶链式反应-序列特异性引物方法对其中由于碱基差异位于检测区外而产生的模棱两可等位基因进行鉴别。主要观察指标:模棱两可等位基因的分布及确认。结果:658份标本中,人类白细胞抗原A、B和DRB1三个基因座的模棱两可等位基因分别为9个(2种)、140个(5种)、406个(8种),占等位基因总数的14.06%(555/3948)。高分辨聚合酶链式反应-序列特异性引物鉴定结果显示,中国报道的DRB1*1401被全部确认为DRB1*1454;12例B*0705/B*0706中,有1例被确认为B*0706,其他13种等位基因的鉴定结果分别为A*6801、A*7402、B*2705、B*3501、B*4402、B*5801、DRB1*0101、DRB1*0406、DRB1*0803、DRB1*1101、DRB1*1201、DRB1*1302和DRB1*1502。结论:在中华骨髓库大样本人类白细胞抗原基因的测序分型中可以应用直接鉴别的方法区分模棱两可等位基因,但在临床移植前的高分辨确认试验中则需要采用实验方法进行精确分型。
- 程良红邹红岩金士正李桢王大明钱长江陈甜甜
- 关键词：人类白细胞抗原等位基因
