国家高技术研究发展计划(2006AA06Z353)
- 作品数：11 被引量：58H指数：4
- 相关作者：茆灿泉江年郭泰林李学如冯侠更多>>
- 相关机构：西南交通大学南京大学更多>>
- 发文基金：国家高技术研究发展计划中央高校基本科研业务费专项资金国家自然科学基金更多>>
- 相关领域：生物学环境科学与工程医药卫生农业科学更多>>
- 耐Cd细菌的筛选及富集作用研究被引量：2
- 2011年
- 筛选和分离获得了1株耐受Cd2+400 mg/L的细菌。经形态学观察、生理生化鉴定1、6S rDNA序列同源性比对,初步鉴定该菌株为阴沟肠杆菌(Enterobacter cloacae)。质粒消除实验结果初步判定该菌株的耐Cd特性与质粒编码无关。透射电镜观察结果显示:经Cd处理后菌体呈现形态学变化和胞外Cd沉淀反应。该菌株对Cd的富集量达到(54.01±3.21)mg/g。
- 吴海江冯侠郭红光管棣茆灿泉
- 关键词：阴沟肠杆菌
- 重金属结合肽(蛋白)的结构分析被引量：2
- 2009年
- 金属离子与金属结合肽(蛋白)的相互作用与应用研究,一直是生物无机化学的重点和热点,也是分子间相互作用研究领域的难点。本研究利用ClustalX、BLAST等生物信息技术与方法对大量已知的重金属结合肽进行分析与数据挖掘。确定筛选获得的重金属结合肽常富含His,无Cys,无金属结合肽模式序列,进化不保守;部分氨基酸序列结构(如六肽)可在蛋白数据库中找到相似序列。序列特征主要为Zn2+相关的转录因子。本研究为重金属结合蛋白-重金属离子的相互作用分析简化为重金属结合肽-重金属离子的结构模拟与分析提供了重要的理论基础和研究手段。
- 江年茆灿泉
- 关键词：重金属生物信息分子间相互作用
- 靶向基质金属蛋白酶14类血红素结构域特异活性位点的确定及反义肽虚拟筛选被引量：1
- 2014年
- 目的:确定基质金属蛋白酶14(MMP-14)类血红素结构域(HPX14)特异活性位点,虚拟筛选获得能与HPX14特异结合的短肽。方法:用metaPocket预测HPX14的活性口袋,多序列比对分析活性口袋的氨基酸残基特异性;基于M-I和R-B理论设计以特异活性位点为正义肽的反义肽库,并进行虚拟筛研究及结合特异性确定。结果:生物信息学分析确定了KGRGLTD为HPX14的特异活性位点,并构建了其1036条反义肽;通过2轮虚拟筛选,获得10条得分居前的与HPX14结合较好的反义肽,它们与HPX14具有较高的亲和力,并可能影响MMP-14同源二聚体的形成和MMP-14活性的抑制;VSETAPF、IGEPPPF是对接打分最好的2条短肽,与HPX14的结合具有特异性。结论:KGRGLTD是HPX14的特异活性位点,虚拟筛选得到的VSETAPF、IGEPPPF等反义肽与HPX14具有较高的亲和力,这为基于MMP-14的HPX结构域的靶向小分子多肽先导药物的发现提供了重要的前期工作基础与新思路。
- 谭博文周毅洁黄婷婷茆灿泉
- 关键词：对接
- 靶向膜型1基质金属蛋白酶反义肽的虚拟筛选与分子模拟被引量：3
- 2015年
- 膜型1基质金属蛋白酶(Membrane type-1 matrix metalloproteinase,MT1-MMP,MMP14)在肿瘤的发生发展及转移中起着重要作用,是肿瘤潜在理想的药物靶标。为了获得MT1-MMP结合肽,我们首先采用生物信息学方法分析MMPs序列,获得MT1-MMP差异大且特异的序列。以此为正义肽靶标,设计反义肽库,然后通过分子对接、分子动力学模拟以及体外细胞实验等多种方法,进行靶向MT1-MMP反义肽的筛选与活性研究。多序列比对确定了位于MT1-MMP环区的特异序列AYIREGHE(简称MT1-loop),并构建1 536条反义肽。经两轮虚拟筛选,选取打分位于前五的反义肽用于后续研究。该五条反义肽与MT1-MMP存在较强的相互作用且能很好地对接于正义肽区域。进一步分析其与MMPs其他家族成员(MMP1-3,MMP7-13,MMP14HPX,MMP16)的亲和力,发现反义肽FVTFPYIR对MT1-MMP具有更强的特异性。分子动力学模拟表明,反义肽FVTFPYIR可能是通过影响受体MT1-MMP的构象稳定性,进而影响其功能活性。体外细胞实验初步确定反义肽FVTFPYIR可选择性地抑制表达MT1-MMP的人成骨肉瘤细胞MG63和乳腺癌MDA-MB-231细胞的增殖。本研究为抗肿瘤反义肽先导药物的研发提供了一种新的思路与途径。
- 曾丽谭博文杨亚蓝邱槿怡熊莉丽茆灿泉
- 关键词：分子对接分子动力学模拟
- 耐镉马克思克鲁维酵母重金属镉吸附特性的研究被引量：11
- 2013年
- 菌株YS-K1是从镉污染土壤中筛选获得的一株耐镉马克思克鲁维酵母Kluyveromyces marxianus YS-K1,对其镉吸附特性研究结果表明,该菌对镉具有良好的耐受性和吸附性,即使在镉浓度高达140mg/L的培养基中也能生长,当镉浓度在30mg/L以下时,24h后能吸附溶液中90%以上的镉,且最佳吸附条件为pH6.0,温度30℃。该菌所吸附的镉大部分集中在细胞壁上,占总吸附镉的76%,细胞膜上的占9%,细胞质中的占15%;能量抑制剂2,4-二硝基苯酚(DNP)和二环己基碳二亚胺(DCC),分别能降低菌株15%和22%的镉吸附量。在Kluyveromyces marxianus YS-K1细胞中,锌离子与镉离子有共用的结合位点,锌离子不仅会与镉离子竞争细胞表面的结合位点,减少其对镉的吸附量,而且也会与镉离子竞争进入细胞的通道位点,减少其对镉的积累量,同时能部分恢复镉离子对菌株生长的抑制作用。
- 王小波李学如茆灿泉江南屏郭泰林
- 关键词：镉锌
- 植物金属硫蛋白MT2的生物信息分析被引量：7
- 2009年
- 用生物信息分析方法对已在GenBank上注册的拟南芥等13种植物金属硫蛋白MT2的氨基酸序列与组成、亚细胞定位、跨膜区与信号肽、疏水性/亲水性、蛋白质二、三级结构以及功能等进行分析与预测。结果表明,植物MT2主要位于叶绿体中,无信号肽,是非跨膜的亲水性蛋白,不规则卷曲是其蛋白质二级结构的主要结构元件,无功能结构域。这一结果可为植物MT2深入的结构与功能分析及利用提供进一步的信息与参考。
- 江年茆灿泉
- 关键词：植物金属硫蛋白生物信息重金属
- 细菌外膜蛋白A(OmpA)的序列与结构分析
- 外膜蛋白 A(OmpA)是革兰氏阴性菌的主要外膜蛋白之一,其主要作用是维持外膜的完整。目前研究最多的是大肠杆菌 OmpA。本文利用生物信息学方法和软件对来自大肠杆菌、肠杆菌、假单胞菌和蜡状芽孢杆菌的 OmpA N 端氨基...
- 江年茆灿泉
- 关键词：OMPA生物信息
- 文献传递
- 蛋白骨架在随机肽库构建及靶分子筛选中的应用被引量：1
- 2009年
- 自然界有着丰富的蛋白骨架来源。选择适宜的蛋白骨架和展示、筛选方法,可构建基于合理蛋白骨架结构的优化限制性随机肽库。与非限制性随机肽库相比,可望获得针对靶分子具有新功能的蛋白结构或更高亲和力的配体分子。目前,骨架蛋白限制的随机肽库已在高效靶分子筛选、基础研究、临床诊断和医学治疗等方面显示出巨大的潜在应用价值。以S-S限制性骨架、抗体分子、锌指蛋白、Z结构域、FN3结构域等为主要代表,综合介绍了蛋白骨架的结构基础、分类、基于蛋白骨架的限制性随机肽库构建及近年来在靶分子筛选等方面的应用最新进展。
- 郭红光吴海江茆灿泉
- 关键词：结构域随机肽库
- 基于展示技术的Cd^(2+)结合肽筛选与酵母重金属吸附研究被引量：3
- 2013年
- 利用Cd2+螯合树脂,对噬菌体随机十二肽库进行Cd2+结合肽筛选,并将亲和力较强的结合肽展示在酵母EBY100表面,以期得到耐受和吸附能力具佳的工程菌,为重金属的生物修复提供新的思路。通过筛选共得到6条不同的Cd2+结合肽,其中有2条对Cd2+亲和力较强,将其串联展示于酵母细胞表面。与对照菌相比,酵母工程菌对Cd2+、Ni 2+的吸附率显著提高。酵母工程菌对Cd2+的吸附率随诱导时间的增加而增加,诱导24h时最高,达30.4%,此时酵母工程菌对Ni 2+的吸附率达到32.9%。
- 冯侠江年陈颖张薇薇李学如茆灿泉
- 关键词：噬菌体随机肽库酵母
- 微生物絮凝剂产生菌的筛选及其絮凝特性被引量：20
- 2009年
- 采用常规的微生物学方法,从垃圾渗滤液中筛选到一株高效微生物絮凝剂产生菌LB1,根据其形态学和生理生化特征初步鉴定该菌株属于假单胞菌属,命名为Pseudonomassp.LB1。LB1所产微生物絮凝剂的絮凝特性的研究结果表明,LB1的最佳产絮凝时间为96 h,所产絮凝活性物质主要是其生长过程中的胞外分泌物和细胞生长后期的次级代谢产物,菌体细胞本身具有一定的助凝作用。LB1所产絮凝剂最佳加样量为3%（体积分数V/V）;对pH的适应范围较宽,在4-10之间具有较高的絮凝活性,均大于75%;温度为25℃时絮凝率为86.3%,在25-60℃之间,絮凝率基本保持稳定;LB1所产絮凝剂对几种废水具有较好的絮凝效果。
- 邱忠平茆灿泉刘源月杨立中王艳捷肖开勇
- 关键词：微生物絮凝剂絮凝活性假单胞菌废水处理
