中国科学院重点部署项目(KSZD-EW-Z-006)
- 作品数：2 被引量：3H指数：1
- 相关作者：汪世华林楠周盈周涛王洪海更多>>
- 相关机构：福建农林大学中国科学院复旦大学更多>>
- 发文基金：中国科学院重点部署项目国家重点基础研究发展计划上海市科委科技支撑计划更多>>
- 相关领域：医药卫生更多>>
- 两株超级广泛耐药结核分枝杆菌全基因组比较分析被引量：3
- 2014年
- 【目的】结合现有数据,通过对两株临床超级广泛耐药的结核分枝杆菌全基因组的测序和分析,发现其型别相关的突变位点,解释发生广泛耐药的基因组突变机制。【方法】利用Solexa第二代测序技术对两株广泛耐药结核分枝杆菌(FJ05194和GuangZ0019)进行全基因组测序分析。以H37Rv为参考序列得到两株广泛耐药菌株的单核苷酸多态性(SNPs),构建系统发育树鉴定菌株型别,判断突变位点中型别相关和非型别相关的SNPs。定位SNPs所在的基因组区域,对型别相关的突变基因进行KEGG通路的富集分析,对非型别相关的突变基因和间隔区判断是否与耐药相关。【结果】两株广泛耐药菌株分别属于Lineage2和Lineage4型别,两菌株在碱基替换方面存在差异性,Lineage2型别相关的基因功能富集于ABC转运蛋白和核苷酸切除修复的通路。耐药方面,发现了已知的耐药相关基因的突变(rpoB、katG、rpsl、gyrA、gyrB、embB和ethA等),但卷曲霉素和卡那霉素相关的rrs、tlyA和eis启动子区域未发生突变,不足以解释其耐药性的产生。与最新报道的候选耐药基因比较,发现了卷曲霉素和卡那霉素相关的突变(Rv1393c、Rv0265c和narX等)和外排泵相关的pstB、Rv2333c和Rv2687c突变。【结论】结核分枝杆菌Lineage2型别相关的SNPs中含有影响结核分枝杆菌突变率和耐药性的突变。对于两株超级广泛耐药的结核菌,已知的激活药物或药靶相关的单耐药基因突变集合不能完全解释其广泛耐药性,还涉及新候选结核耐药基因、外排泵和补偿等其他潜在机制的相关基因突变。
- 林楠周杰周盈汪世华
- 关键词：单核苷酸多态性结核分枝杆菌耐药性比较基因组
- 基于吲哚-3-甘油磷酸合成酶结构的新型抗结核药物的筛选
- 2015年
- 本研究通过同源建模方法,模拟结核分枝杆菌H37Rv来源的吲哚-3-甘油磷酸合成酶(IGPS)的结构,采用分子对接法,以IGPS结构为基础,从包含60 000种化合物的Maybridge化合物库中筛选出能与IGPS活性中心良好结合的化合物,并用抑菌实验等生物学方法进行验证。结果表明,化合物ATB26能与IGPS很好结合,且能体外有效抑制H37Rv和临床分离的敏感和耐药菌株的生长,其对结核分枝杆菌的体外最低抑菌浓度约为0.1μg/ml。细胞毒性实验表明,ATB26与临床常用抗结核药物异烟肼、乙胺丁醇类似,对THP-1细胞系毒性较小。结果提示,化合物ATB26是一个新型IGPS抑制剂,有望开发成为新型的抗结核药,也可作为新型抗结核药物开发的一个潜在靶点。
- 周涛王菲菲黄强王洪海沈洪波
- 关键词：结核分枝杆菌抑制剂
