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含酰胺和尿嘧啶的氢键复合物的三体效应被引量：3: 2014年; 采用包含BSSE校正的MP2／aug—cc—pVTZ方法对酰胺、二肽、尿嘧啶和水分子形成的氢键复合物的三体效应进行了研究，分析了三体作用能对体系总作用能的贡献．结果表明，在这些氢键复合物中，三体作用能占体系总作用能的10％～20％，三体作用属于近程作用，因此在分子模拟中至少应考虑近处的三体效应．; 李书实姜笑楠王长生; 关键词：氢键复合物酰胺尿嘧啶

水团簇(H_2O)_n中多体作用强度与水分子间距的关系被引量：3: 2015年; 使用高精度从头算方法(含基组重叠误差校正)计算了水团簇(H_2O)_n(n=8,10,16,20,22,24)中的所有二体、三体和四体作用能,分析了水团簇中的多体效应.研究表明,二体作用对体系总作用能的贡献高达70%以上,三体作用对总作用能的贡献可高达25%,四体作用在总作用能中所占比例不超过3%,五体及以上多体作用能在总作用能中所占比例更小,不超过0.5%.本文研究还表明,两个水分子间距小于0.68 nm的二体作用、三个和四个水分子中最近的两个水分子间距小于0.31 nm的三体和四体作用对体系总作用能的贡献高达99.4%.因此,以生物体系为对象的分子模拟方法应该具备准确地模拟两个水分子间距小于0.68 nm的二体作用、三个和四个水分子中最近的两个分子间距小于0.31 nm的三体和四体作用的能力.; 杨微李晓蕾王长生

一种可用于快速计算离子氢键型复合物相互作用能的模型: 离子型氢键在氨基酸、多肽、核酸以及蛋白质中扮演着重要的角色,所以快速准确地计算离子型氢键复合物的作用能十分重要。我们提出了一种可以快速预测离子型氢键复合物的氢键键长和氢键强度的模型。此模型包含电荷-固有偶极作用、固有偶极...; 李蕾王长生; 关键词：相互作用能极化; 文献传递

碱基腺嘌呤与多肽酰胺间氢键作用的最佳位点被引量：4: 2013年; 正确理解核酸碱基和蛋白质多肽间的作用机制有助于人们利用这些生物分子有效地进行分子设计,进而制备具有特殊纳米结构和功能的生物分子材料.本文优化得到了碱基腺嘌呤与N-甲基乙酰胺、甘氨酸二肽、丙氨酸二肽形成的20个氢键复合物的结构并计算了结合能,探讨了腺嘌呤与多肽酰胺间氢键作用的最佳位点.研究发现:腺嘌呤可以使用两个不同位点(A1位点和A2位点)与N-甲基乙酰胺形成N―H…N型或者N―H…O=C型氢键复合物,腺嘌呤使用A1位点与N-甲基乙酰胺形成的N―H…N型氢键复合物更稳定;二肽分子可以使用主链上两个不同位点(丙氨酸的Ala7位点和Ala5位点或者甘氨酸的Gly7位点和Gly5位点)与腺嘌呤形成含有N―H…N和N―H…O=C两条氢键的复合物,二肽分子使用Ala7或Gly7位点与腺嘌呤形成的氢键复合物更稳定;腺嘌呤与多肽间的氢键作用强于其与N-甲基乙酰胺的作用.基于分子中的原子理论与自然键轨道计算结果分析了氢键作用的本质.; 刘帅李书实刘冬佳王长生; 关键词：氢键结合能

可极化偶极-偶极作用模型和氢键作用能的快速预测: 氢键广泛存在于生物体系中,对蛋白质和核酸的结构和功能有重要影响。高精度从头算方法能较好地描述氢键作用,但无法应用到蛋白质核酸等复杂体系中。基于人们对氢键本质的理解,我们建立了一种可快速预测氢键复合物结构和作用能的模型--...; 王长生; 关键词：氢键复合物极化; 文献传递

核酸碱基与甘氨酸二肽间氢键作用的最佳位点被引量：5: 2015年; 优化得到了碱基腺嘌呤、胸腺嘧啶、尿嘧啶、鸟嘌呤及胞嘧啶与甘氨酸二肽分子形成的28个氢键复合物的稳定结构并计算了结合能,探讨了五种碱基与甘氨酸二肽分子间氢键作用的最佳位点.本文研究发现:每种碱基均可以通过不同位点与二肽分子形成氢键复合物,腺嘌呤、胸腺嘧啶、尿嘧啶、鸟嘌呤及胞嘧啶分别最倾向使用A3、T1、U1、G3及C1位点与甘氨酸二肽分子形成氢键复合物;碱基分子某位点的质子化反应焓变越负所形成的氢键复合物越稳定,去质子化反应焓变越小所形成的氢键复合物越稳定;由氢键复合物的结合能计算得到的稳定性次序与由碱基分子质子化和去质子化反应焓变推得的稳定性次序一致.; 刘畅于歌黄翠英王长生; 关键词：核酸碱基氢键复合物结合能质子化反应

快速预测O-H···O型氢键复合物的作用能: O-H···O氢键广泛存在于生物体系中,快速准确计算O-H···O型氢键复合物的作用能十分重要。我们提出了一种可以快速预测O-H···O型氢键复合物的结构和作用能的模型—可极化偶极-偶极作用模型[1]。我们模型包含固有偶...; 郝娇娇王长生; 关键词：极化; 文献传递

快速预测核酸碱基间的氢键作用强度: 快速准确模拟确定核酸碱基间的各类氢键作用强度,对正确理解DNA双螺旋结构的形成机制、正确模拟描述遗传信息的复制、转录和翻译,有着重要的科学意义。我们使用可极化偶极-偶极作用模型对一系列由碱基A、T、G、C、U构成的氢键复...; 黄翠英王长生; 关键词：氢键极化; 文献传递

快速预测碱基间的堆积作用能: 碱基间堆积作用是一种非常重要的弱相互作用,广泛存在于化学及生物学体系中,对核酸的结构以及稳定性起到了重要作用。因此快速准确预测碱基间的堆积作用显得尤为重要。我们使用可极化的偶极—偶极作用模型来计算碱基间堆积作用的势能曲线...; 高希婵王长生; 关键词：碱基势能曲线; 文献传递

快速预测N-H···O=C和C-H···O=C型氢键复合物的作用能: 氢键在蛋白质折叠和碱基配对等生物过程发挥至关重要的作用,然而准确和有效地描述氢键作用却十分困难。高精度的从头算方法可以准确地描述氢键作用,但受到计算硬件的限制不可能应用到复杂体系中。基于人们对氢键本质的理解,我们建立了一...; 李书实王长生; 关键词：氢键极化; 文献传递

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