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国家重点基础研究发展计划(2011CB910700)

作品数:11 被引量:31H指数:4
相关作者:贾小芳张丽军冯艳玲尹林张姣丽更多>>
相关机构:复旦大学中南大学上海市公共卫生临床中心更多>>
发文基金:国家重点基础研究发展计划国家自然科学基金“重大新药创制”科技重大专项更多>>
相关领域:医药卫生生物学农业科学天文地球更多>>

文献类型

  • 11篇中文期刊文章

领域

  • 8篇医药卫生
  • 3篇生物学
  • 2篇农业科学
  • 1篇天文地球

主题

  • 9篇蛋白
  • 8篇蛋白质
  • 7篇白质
  • 6篇蛋白质组
  • 5篇蛋白质组学
  • 4篇纤维化
  • 3篇结肠
  • 3篇结肠癌
  • 3篇肝纤维化
  • 3篇肠癌
  • 2篇蛋白质组分
  • 2篇蛋白质组学研...
  • 2篇定量蛋白质组...
  • 2篇实质细胞
  • 2篇免疫性
  • 2篇非实质细胞
  • 2篇分泌
  • 2篇肝非实质细胞
  • 2篇LIVER_...
  • 1篇蛋白分泌

机构

  • 3篇复旦大学
  • 3篇中南大学
  • 2篇上海市公共卫...
  • 1篇北京大学
  • 1篇暨南大学
  • 1篇军事医学科学...
  • 1篇中南大学湘雅...
  • 1篇解放军第30...
  • 1篇北京协和医学...
  • 1篇温州医科大学
  • 1篇北京蛋白质组...

作者

  • 3篇张丽军
  • 3篇贾小芳
  • 2篇尹林
  • 2篇冯艳玲
  • 2篇张姣丽
  • 1篇郑燕
  • 1篇李茂玉
  • 1篇贺福初
  • 1篇李树龙
  • 1篇黄英
  • 1篇刘新
  • 1篇李园园
  • 1篇赵新华
  • 1篇钱小红
  • 1篇李凌
  • 1篇刘晓茜
  • 1篇周宏灏
  • 1篇程能能
  • 1篇杨福兰
  • 1篇赵倩倩

传媒

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  • 1篇中国医师杂志
  • 1篇生命的化学
  • 1篇中国病理生理...
  • 1篇现代生物医学...
  • 1篇Fronti...

年份

  • 1篇2016
  • 2篇2015
  • 5篇2014
  • 1篇2013
  • 2篇2011
11 条 记 录,以下是 1-10
排序方式:
磷酸化蛋白质组学鉴定PTPLAD1调控的结肠癌细胞酪氨酸磷酸化蛋白质被引量:3
2015年
目的:用磷酸化蛋白质组学的方法鉴定并分析结肠癌细胞中含蛋白酪氨酸磷酸酶样A结构域蛋白1(PTPLAD1)调控的酪氨酸磷酸化蛋白。方法:运用siRNA技术沉默PTPLAD1的表达,于细胞培养条件下运用氨基酸稳定同位素标记技术(stable lsotope labeling with amino acids in cell culture,SILAC)标记细胞,用酪氨酸磷酸化抗体免疫沉淀富集酪氨酸磷酸化蛋白,用LTQ-Orbitrap XL质谱鉴定因敲低PTPLAD1所出现的差异表达的酪氨酸磷酸化蛋白,进一步利用Ingenuity Pathway Analysis(IPA)软件对这些差异蛋白进行生物信息学分析。结果:用real-time PCR筛选得到有效的siRNA干扰片段,Western blot验证其干扰效果及有效干扰时间。质谱鉴定PTPLAD1调控的差异酪氨酸磷酸化蛋白共20个,其中显著上调的8个,显著下调的10个,主要为转录因子及肿瘤标志物相关蛋白。IPA软件的结果表明PTPLAD1调控的差异酪氨酸磷酸化蛋白的功能主要与器官发育分化、维持组织分化类型及细胞凋亡、增殖相关。结论:成功鉴定出PTPLAD1调控的差异酪氨酸磷酸化蛋白,可以为后续研究PTPLAD1在结肠癌的发生发展中的作用及机理提供基础。
胡阳杨杰余汝媛汪洋
关键词:小干扰RNA磷酸化蛋白质组学
非编码RNA与基因表达调控被引量:4
2014年
近年来,随着对基因组的深入研究,发现真核生物中存在许多形态和功能各异的非编码RNA分子,这类RNA分子并不表达蛋白质,但它们在基因转录水平、转录后水平及翻译水平起了重要的调控作用。具有调控作用的RNA分子种类非常丰富,如长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)、miRNA、PIWI相互作用RNA(PIWI-interacting RNA,piRNA)、内源性小干扰RNA(endogenous small interfering RNA,endo-siRNA)、竞争性内源RNA(competitive endogenous RNA,ceRNA)等,它们使基因表达过程更为丰富、严谨和有序。本文综述几类典型的非编码RNA对基因表达的调节作用,以助于理解细胞中RNA分子调节网络的功能和机制。
杨福兰饶周舟陈汉春
关键词:非编码RNA基因表达组蛋白修饰
大鼠酒精性肝纤维化肝非实质细胞蛋白质组学研究被引量:1
2014年
目的本文研究酒精对肝非实质细胞蛋白质表达的影响,以探讨酒精性肝纤维化的发病机制。方法大鼠酒精灌胃导致其发生肝纤维化。采用James染色法检测大鼠肝脏的病理学变化,通过Percoll密度梯度离心富集肝非实质细胞,再通过二维凝胶电泳(2DE)分离非实质细胞的蛋白质,经考马斯亮蓝(G250)染色,采用液相色谱串联质谱鉴定差异表达的蛋白质,并对部分差异蛋白质采用实时定量RT-PCR和免疫印迹的方法进行验证。对于2DE胶上的蛋白质点,采用两样本t检验的方法,对于RT-PCR分析,采用Mann-Whitney U检验进行统计分析。结果建立了酒精性肝纤维化大鼠模型,通过Percoll密度梯度离心纯化的非实质细胞中淋巴细胞、Kupffer细胞和内皮细胞分别富集了1.5、3.2和3.7倍。采用二维凝胶电泳法检测到了800多个蛋白质点,检测到具有2倍以上的差异蛋白质有26个,采用LC-MS法鉴定了21个非冗余蛋白质,对其中7个蛋白质的RT-PCR分析发现:ANXA3、CES3、ATPA和NDUFV2的mRNA水平和蛋白质组研究结果一致。结论本研究鉴定了一批与酒精性肝纤维化相关的蛋白质,可能为了解酒精性肝纤维化发病机制提供一些新线索。
张丽军贾小芳吴达革刘晓茜黄燕张姣丽程能能
关键词:蛋白质组
Proteome analysis of hepatic non-parenchymal cells of immune liver fibrosis rats被引量:5
2014年
Elucidation of the mechanisms of liver fibrogenesis is important to treat liver fibrosis.In this study,we established rat models of liver fibrosis with stages from 0–1,2,and 3–4 to 4 at 2,4,6,and 8 weeks,respectively,by injection of pig serum.Liver fibrogenesis was detected by Masson’s trichrome staining.Rat non-parenchymal cells(NPCs)were enriched 4-fold by Percoll density gradient centrifugation.Protein extracts from NPCs were prepared at 4 and 8 weeks,separated by two-dimensional electrophoresis,and then stained with Coomassie Blue G-250.At 4 weeks,we identified 18 non-redundant differentially expressed proteins of which protein disulfide-isomerase associated protein 3(PDIA3)and NDUV showed consistent expression at protein and mRNA levels from 4 to 8 weeks.PDIA3 was found to be down-regulated by Western blotting in the rat model and immunohistochemically in human liver.Our results revealed important aspects of the pathogenesis/progression of liver fibrosis and demonstrated important changes in protein expression levels of NPCs at various stages of liver fibrosis.
ZHAO QianQianFENG YanLingJIA XiaoFangYIN LinZHENG YeOUYANG DongShengZHOU HongHaoZHANG LiJun
关键词:蛋白质组分PERCOLL密度梯度离心二硫键异构酶
乙肝纤维化分级相关血浆蛋白标志物的定量蛋白质组筛选被引量:5
2011年
非创伤性肝纤维化检测对于评价肝炎进程、临床治疗以及药效评价等方面,都具有非常重要的作用.通过N末端标签的蛋白质组定量手段,从血浆中筛选肝纤维化分级相关的蛋白候选标志物.首先利用目前纤维化诊断黄金标准——肝穿病理检测,获得纤维化不同分级的合格样本血浆,并对肝纤维化各级间的血浆混合样本进行了蛋白质组定量比较分析,发现了72个与乙肝纤维化分级呈明显相关性的血浆蛋白,构成了一个有重要参考价值的、纤维化分级诊断的候选蛋白标志物库.用WB法进一步验证了定量结果的准确性.利用IPA在线分析后获得了4个生理代谢网络图,提示这些差异蛋白在肝纤维化进程中代表的不同功能影响.总之,利用N末端标签定量蛋白质组技术,全面定量挖掘了血浆中与乙肝纤维化分级相关的差异蛋白及变化规律,对于加深肝纤维化发病机制的认识和理解具有很大帮助,同时也为肝脏纤维化临床诊断和治疗提供有益信息和参照.
李树龙刘新魏来王慧芬张继阳魏汉东钱小红姜颖贺福初
关键词:定量蛋白质组学肝脏纤维化标志物血浆乙型肝炎
人结肠癌与结肠腺瘤的定量蛋白质组学研究被引量:1
2014年
目的 研究结肠癌(CC)与结肠腺瘤性息肉(CAP)组织差异定量表达蛋白质谱.方法 激光捕获显微切割(LCM)技术分别获取结肠癌及结肠腺瘤性息肉组织上皮细胞,应用同位素标记相对和绝对定量(iTRAQ)及纳米液相色谱-串联质谱(NanoLC-MS/MS)技术分离鉴定CC和CAP的差异表达蛋白质,并用生物信息学方法对差异蛋白质在结肠癌变过程中的生物学意义进行分析.结果 共鉴定266个差异蛋白质,其中103个蛋白质在CC上调,163个蛋白质下调,这些差异蛋白质涉及细胞代谢,免疫,运输,发育,细胞黏附,细胞周期,凋亡等过程.结论 上述差异蛋白质的鉴定为结肠癌癌变机制的研究及分子标志物确定提供了有益的科学依据.
黄英李茂玉彭芳肖哲锋李园园李国庆李凌邵美英陈主初
关键词:结肠肿瘤腺瘤蛋白质组学
iTRAQ-based quantitative analysis of cancer-derived secretory proteome reveals TPM2 as a potential diagnostic biomarker of colorectal cancer被引量:1
2016年
Colorectal 癌症(CRC ) 是世界范围的癌症相关的死亡的一个领先的原因。我们试图为 CRC 的早诊断作为潜在的 biomarkers 发现新奇分子。没有浆液的调节媒介成功地从三 CRC 纸巾和邻近的正常织物被收集。基于 iTRAQ 的量的 proteomic 分析被使用在在主要 CRC mucosa 和邻近的正常 mucosa 之间的 secretome 比较差别。145 种蛋白质的一个总数被识别。这些蛋白质, 29 在 CRC 和正常织物之间是显著地不同的。Tropomyosin 2 (TPM2 ) 展出了最重要的差别;因此,这蛋白质为进一步的确认被选择。量的即时 PCR 显示 TPM2 的 mRNA 表示显著地与配对的邻近的正常织物相比在 CRC 织物减少了。Immunohistochemical 分析也证实 TPM2 恰好在 CRC 织物在蛋白质层次被检测。在摘要,这研究为未来 biomarker 应用揭示了潜在的分子并且为联系癌症的 secretome 的微分分析提供了一条有效途径。TPM2 可能为 CRC 的早诊断是珍贵的。
Yiming MaTing XiaoQuan XuXinxin ShaoHongying Wang
关键词:蛋白分泌
免疫性肝纤维化大鼠肝非实质细胞蛋白质组分析被引量:3
2013年
研究肝纤维化发生机制对治疗肝纤维化有重要意义.通过注射猪血清2,4,6和8周后构建纤维化程度S0-1,S2,S3-4及S4期的大鼠肝纤维化模型,采用Masson染色法检测大鼠肝脏的病理学变化.Percoll梯度密度离心富集肝非实质细胞.提取处理4和8周的大鼠肝非实质细胞蛋白,二维凝胶电泳分离,考马斯亮蓝(G250)染色.在第4周样本中鉴定到18个非冗余差异蛋白,通过进一步验证,PDIA3和NDUV蛋白质在蛋白表达水平及mRNA水平具有一致性.大鼠模型Western blot检测及人肝脏免疫组化检测验证PDIA3表达下调.本研究阐明不同时期大鼠肝纤维化模型和正常对照肝非实质细胞蛋白表达变化,揭示了有关肝纤维化进程的重要信息.
赵倩倩冯艳玲贾小芳尹林郑燕欧阳冬生周宏灏张丽军
关键词:肝纤维化蛋白质组非实质细胞
免疫性肝纤维化大鼠血浆氨基酸浓度与肝纤维化程度的相关性研究被引量:2
2015年
目的探讨血浆氨基酸浓度与肝纤维化程度的相关性。方法通过注射猪血清构建不同分期大鼠肝纤维化模型。采用Agilent 1100,通过高效液相色谱法(high performance liquid chromatograph,HPLC)测定大鼠血浆中的氨基酸浓度。利用统计学方法分析血浆氨基酸浓度与肝纤维化程度之间的相关性。结果根据柱前衍生高效液相色谱法测定的大鼠血浆中16种游离氨基酸含量及Spearman等级相关分析和方差分析发现:血浆组氨酸(histidine,His)、苯丙氨酸(phenylalanine,Phe)、苏氨酸(threonine,Thr)、酪氨酸(tyrosine,Tyr)、缬氨酸(valine,Val)等与肝纤维化程度具有相关性(His:rs=0.512,P=0.015;Phe:rs=0.713,P<0.01;Thr:rs=0.567,P=0.006;Tyr:rs=0.753,P<0.01;Val:rs=0.508,P=0.016);His、Phe和Tyr在不同肝纤维化病理分期中的浓度均与正常组有统计学差异,但在不同病理分期间无统计学差异。结论血浆中His、Phe和Tyr浓度与肝纤维化程度正相关,但对肝纤维化病理分期无判别意义。
张姣丽贾小芳尹林冯艳玲吕建新张丽军
关键词:肝纤维化氨基酸HPLC
Plasma biomarker screening for liver fibrosis with the N-terminal isotope tagging strategy被引量:6
2011年
A non-invasive diagnostic approach is crucial for the evaluation of severity of liver disease,treatment decisions,and assessing drug efficacy.This study evaluated plasma proteomic profiling via an N-terminal isotope tagging strategy coupled with liquid chromatography/Fourier transform ion cyclotron resonance mass spectrometry measurement to detect liver fibrosis staging.Pooled plasma from different liver fibrosis stages,which were assessed in advance by the current gold-standard of liver biopsy,was quantitatively analyzed.A total of 72 plasma proteins were found to be dysregulated during the fibrogenesis process,and this finding constituted a valuable candidate plasma biomarker bank for follow-up analysis.Validation results of fibronectin by Western blotting reconfirmed the mass-based data.Ingenuity Pathways Analysis showed four types of metabolic networks for the functional effect of liver fibrosis disease in chronic hepatitis B patients.Consequently,quantitative proteomics via the N-terminal acetyl isotope labeling technique provides an effective and useful tool for screening plasma candidate biomarkers for liver fibrosis.We quantitatively monitored the fibrogenesis process in CHB patients.We discovered many new valuable candidate biomarkers for the diagnosis of liver fibrosis and also partly identified the mechanism involved in liver fibrosis disease.These results provide a clearer understanding of liver fibrosis pathophysiology and will also hopefully lead to improvement of clinical diagnosis and treatment.
LI ShuLongLIU XinWEI LaiWANG HuiFenZHANG JiYangWEI HanDongQIAN XiaoHongJIANG YingHE FuChu
关键词:同位素标记血浆蛋白定量蛋白质组学
共2页<12>
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