国家教育部博士点基金(20110061110081) 作品数:6 被引量:14 H指数:3 相关作者: 郝林琳 刘松财 贾泓瑶 于浩 石惠 更多>> 相关机构: 吉林大学 吉林省五星动物保健药厂 长春市农业科学院 更多>> 发文基金: 国家教育部博士点基金 国家自然科学基金 更多>> 相关领域: 农业科学 生物学 更多>>
猪IGF-1R基因启动子区单核苷酸多态性检测分析 被引量:2 2014年 本试验对猪混合基因池中胰岛素样生长因子-1受体基因(IGF-1R)启动子区进行克隆并测序,筛查不同猪种间的突变位点并对其转录因子结合位点进行预测。采用AS-PCR方法,对巴马香猪、西藏小型猪、军牧1号白猪、东北野猪和大白猪5个品种猪的IGF-1R启动子区进行了单核苷酸多态性分析。结果表明该基因启动子区上存在2个SNPs位点(G-1 440C,C-1 165T),但均未引起转录因子结合位点的变化。在G-1 440C位点,5个猪种出现3种基因型,分别为GG,GC,CC,其中巴马香猪的等位基因频率G%=C%,其余4个猪种优势等位基因为G;在C-1 165T处,存在CC,CT,TT 3种基因型,西藏小型猪的优势等位基因为T,其余4个猪种优势等位基因为C。2个突变位点的基因型分布差异极显著(P<0.01)。 张昕 贾泓瑶 程云云 陆超 苏丹 郝林琳 于浩 刘松财关键词:SNP 不同品种猪IGFBP-3启动子区突变位点筛查及分析 被引量:1 2014年 以军牧1号白猪、大白猪、东北野猪、巴马香猪和西藏小型猪为研究对象,通过PCR扩增5个品种猪IGFBP-3基因5′调控区序列(约2 000bp)并进行测序分析,来研究不同品种猪IGFBP-3基因启动子区序列的差异。同源性比对分析发现5个品种猪IGFBP-3基因5′调控区存在约50处突变;启动子预测发现在-185bp附近为核心启动子区的几率最大;突变共导致9处转录因子结合位点发生改变,其或可造成不同品种猪IGFBP-3表达量的差异,进而影响不同品种猪的体型大小。 吴庆燕 贾泓瑶 程云云 张昊龙 郭炜彤 石惠 李思明 郝林琳 刘松财 卢可关键词:IGFBP-3 转录因子结合位点 核心启动子 IGFBP-5基因在不同猪种间的表达差异及5′端序列特征分析 被引量:3 2015年 通过实时荧光定量PCR比较了IGFBP-5基因在西藏小型猪、巴马香猪和军牧1号白猪出生、断奶、成年各不同生长发育时期的肝脏、肾脏、脾脏和肌肉组织之间的表达差异,并比较分析了3个猪种IGFBP-5基因5′调控区的突变位点及所引起的转录因子结合位点的改变。从出生到成年阶段,3个猪种中IGFBP-5基因的表达量没有明显的变化规律;在不同生长发育时期3个猪种IGFBP-5均在肾脏和肝脏中高表达;序列同源性比对分析发现,3个猪种中存在多处突变,转录因子结合位点分析发现军牧1号白猪在序列-1 505和-1 497bp的2处突变分别增加了1个GATA-x转录因子结合位点和1个E2F转录因子结合位点。IGFBP-5基因5′调控区在不同猪种间存在的差异可能对IGFBP-5基因在大、小型猪种间的表达差异有影响。 吴庆燕 贾泓瑶 石惠 陆超 郝林琳 于浩 张昊龙 刘松财 卢可关键词:转录因子结合位点 4个猪种IGF-1基因核心启动子区的克隆及生物信息学分析 被引量:5 2013年 为了探索IGF-1基因的启动子结构特征对猪体长性状的影响,应用PCR方法从藏猪、巴马小型猪、野猪、军牧一号猪的基因组DNA中分别克隆测序了IGF-1基因启动子区序列,并结合生物信息学手段分析了不同品种猪之间启动子区转录因子结合位点数目和序列特征的差异,发现在IGF-1基因启动子区,巴马小型猪与藏猪、东北野猪、军牧一号猪相比,缺失CdxA、Nkx-2 2个转录因子结合位点,但比藏猪、东北野猪多了1个MZF1转录因子结合位点;藏猪、东北野猪与军牧一号猪相比,缺失1个MZF1转录因子结合位点,邻接法构建的分子进化树发现,藏猪与巴马小型猪亲缘关系最近,与东北野猪亲缘关系相对较近,但与军牧一号猪亲缘关系最远。结果表明:猪的IGF-1基因启动子结构在不同体长猪种上存在一定差异。 马强 秦洋 夏青娟 郝林琳 刘松财 于浩关键词:IGF-1基因 生物信息学 猪生长激素不同类型信号肽的分析 2013年 为了探索生长激素(GH)对猪体长性状的影响,试验采用生物信息学方法对不同品系猪种GH信号肽序列的变异进行初步分析。结果表明:猪生长激素(pGH)的信号肽有5种类型,在所选的大型猪种中9A出现的频率为100%,而在小型猪种中50%被V替代;在大型猪种中22R出现的频率为62.5%,在小型猪种中85.7%被Q替代。其中小型猪种中9V可能不利于α螺旋结构的形成,不易被识别,22Q使得电负性降低,即等电点由AR型的8.2变为VQ型的6.2,不便于被切割。说明GH的信号肽在大小猪种中存在偏好分布,其序列变异可能对GH的分泌和定位有重要影响。 田来明 贾泓瑶 赵寒冬 郝林琳 曹靖华 张大伟 吴艳云 刘松财 于浩关键词:信号肽 西藏小型猪与军牧一号白猪IGFBP-6基因表达差异分析 被引量:5 2013年 采用实时荧光定量PCR(Real Time PCR)方法,对不同生长阶段的西藏小型猪和军牧一号白猪的肝脏、脾脏、肾脏及肌肉组织中胰岛素样生长因子结合蛋白6(IGFBP-6)基因mRNA表达水平进行检测,并利用t检验,对相同生长阶段的各组织2个品种猪之间的表达水平进行比较分析。结果表明:西藏小型猪与军牧一号白猪IGFBP-6基因均在肌肉组织中表达量最高,而在肝组织中表达量最低。IGFBP-6基因在1日龄肾脏中,西藏小型猪表达水平高于军牧一号白猪,差异显著(P<0.05);在脾脏组织中,西藏小型猪表达水平低于军牧一号白猪,表达水平差异极显著(P<0.01)。其他生长阶段和组织中,2个品种猪IGFBP-6基因表达水平差异均不显著(P>0.05)。 房希碧 贾泓瑶 张昕 石惠 郝林琳 刘松财 田来明关键词:西藏小型猪 实时荧光定量PCR MRNA表达水平