国家自然科学基金(81071789) 作品数:4 被引量:31 H指数:3 相关作者: 孙玉琳 赵晓航 穆洪 徐平 林凯璇 更多>> 相关机构: 北京协和医学院 中国人民解放军海军总医院 北京蛋白质组研究中心 更多>> 发文基金: 国家自然科学基金 国家科技重大专项 国家高技术研究发展计划 更多>> 相关领域: 医药卫生 生物学 更多>>
利用公共数据深入挖掘食管鳞状细胞癌候选肿瘤抑制基因 被引量:1 2013年 [目的]自20世纪90年代开始,人们利用杂合性缺失(loss of heterozygosity,LOH)技术寻找引起食管鳞状细胞癌(esophageal squamous cell carcinoma,ESCC)癌变的肿瘤抑制基因。但除了TP53、CDKN2A等以外,目前很多高频LOH区域的抑癌基因仍未发现。随着近年来生物学信息公共数据库的建设发展,有必要重新筛选分析ESCC中的潜在抑癌基因。[方法]利用Pubmed检索1991~2012年间的食管癌LOH文章,整理信息,综合考虑LOH频率和文献重复鉴定次数后,利用Circos软件绘制并确认了ESCC中高度可信LOH热点区域。对每一区域,利用人类基因组数据库、肿瘤抑制基因数据库和人类蛋白质图集数据库分析其中的候选抑癌基因。[结果]基于85篇针对ESCC的LOH相关文献,共确定10个ESCC高度可信LOH热点区域,主要累及3p、5q、9p、13q、17p、17q等染色体臂。基于3个公共数据库的分析,在每个区域中均确定了一个以上的候选抑癌基因,其中很多基因从未在ESCC中受到关注。[结论]综合考虑文献中对LOH区域的可重复鉴定性可避免原始文献质量和样本选择偏倚等的干扰。利用公共数据库深入挖掘ESCC中的候选抑癌基因,为后续选择合适的靶基因开展深入的表达和功能分析提供了理论依据。 孙玉琳 陈万青 赵晓航关键词:食管癌 肿瘤抑制基因 公共数据库 肝细胞肝癌外周血循环肿瘤细胞的检测 被引量:8 2014年 目的初步探讨肝细胞肝癌外周血循环肿瘤细胞的检测效果。方法收集50例经单纯手术切除治疗的肝细胞肝癌患者术前外周血,分别采用纳米磁珠负性富集和Captor^TM无标记捕获系统分离与富集外周血循环肿瘤细胞,采用上皮细胞和肝细胞肝癌组合标记的免疫荧光染色鉴定循环肿瘤细胞,探讨循环肿瘤细胞分离、富集和鉴定的效果,观察患者手术前后循环肿瘤细胞的数量变化。结果纳米磁珠负性富集和Captor^TM无标记捕获系统均可有效分离和富集肝癌患者外周血循环肿瘤细胞。单纯手术治疗的肝细胞肝癌患者术前外周血经纳米磁珠负性富集后循环肿瘤细胞检出率为96.0%(48/50),7.5ml外周血循环肿瘤细胞中位数为16个。术后7.5ml外周血循环肿瘤细胞中位数为17个,术前为23个,差异有统计学意义(P=0.041)。结论采用纳米磁珠负性富集和Captor^TM无标记捕获系统均能有效分离和富集肝细胞肝癌外周血循环肿瘤细胞,手术前后循环肿瘤细胞数目存在差异,动态检测肝癌患者外周血循环肿瘤细胞可辅助了解肿瘤进展。 穆洪 林凯璇 赵宏 李聪 孙玉琳 蔡建强 赵晓航关键词:肝肿瘤 肿瘤循环细胞 高精度相对和绝对定量的等量异位标签在定量蛋白质组学研究中的新进展 被引量:11 2014年 蛋白质组学逐渐从定性研究转向定量研究。在定量蛋白质组学技术中,相对和绝对定量的等量异位标签(Isobaric tags for relative and absolute quantitation,iTRAQ)是应用最广泛的技术之一,具有通量高、稳定性强及不受样品来源制约等优点,几乎可以对任意样品进行标记,而且可以同时对多达8个样品进行定量分析,有效地提高了通量。iTRAQ技术不断改进,其定量准确性显著提高,适用的平台越来越多,为微生物、动物、植物、生物医学领域蛋白质及其翻译后修饰组研究创造了条件。文中综述了高精度iTRAQ技术在定量蛋白质组学研究中的最新发展及其应用。 马首智 孙玉琳 赵晓航 徐平关键词:定量蛋白质组学 肝细胞肝癌重要表面标志的表达和定位 被引量:11 2013年 目的肝细胞肝癌(hepatocellular carcinoma,HCC)是我国常见恶性肿瘤。作为其主要标志分子的甲胎蛋白(α-fetoprotein,AFP)表达具有一定局限性,临床需要联合其他标志分子以提高诊断准确性。文中旨在探讨若干候选生物标志物在中国人源HCC细胞和正常肝细胞中的表达和定位。方法采用直接或间接免疫荧光染色方法,探讨角蛋白(cytokeratin,CK)、去唾液酸糖蛋白受体1(asialoglycoprotein receptor1,ASGR1)和ASGR2、细胞表面分子(GPC3、CD90、CD133和EpCAM)等7种主要HCC表面标志分子在Bel-7402、Bel-7404和SMMC-7721等人HCC及正常肝细胞HL-7702的表达与定位情况。结果 CK、ASGR1和ASGR2在所有的肝来源细胞均表达;GPC3仅在HCC细胞表达。CD90、CD133和EpCAM仅在少量肝肿瘤干细胞(liver cancer stem cells,LCSCs)表达。结论 CK、ASGR1和ASGR2为肝细胞标志,GPC3是HCC相关标志;CD90、CD133和EpCAM仅在极少数肝肿瘤干细胞表达。 林凯璇 穆洪 孙玉琳 赵晓航关键词:肝细胞肝癌 生物标志 免疫荧光 肿瘤干细胞