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A TaqMan real-time PCR assay for detection and quantification of Sporisorium scitamineum in sugarcane: Sporisorium scitamineum is a fungal smut pathogen epidemic in sugarcane producing areas.Early detection and pr...; Yachun SuShanshan WangJinlong GuoBantong XueLiping XuYouxiong Que; 关键词：SACCHARUM TAQMAN CURVE DETECTION

甘蔗β-1,3-葡聚糖酶基因的电子克隆与分析被引量：13: 2012年; 以高粱β-1,3-葡聚糖酶基因(β-1,3-glucanase gene)cDNA序列为探针,搜索甘蔗EST数据库,而后通过电子克隆技术,拼接获得甘蔗β-1,3-葡聚糖酶基因ScBG。采用生物信息学方法,对该基因编码蛋白从氨基酸组成、理化性质、跨膜结构域、卷曲螺旋、亚细胞定位、信号肽、功能域及高级结构等方面进行了预测和分析。结果表明:ScBG基因全长1270bp,包含一个长达1011bp的完整开放读码框(open reading frame,ORF),编码336个氨基酸,分子量为34.8KD,理论等电点为4.98。该蛋白质很可能是胞外定位的诱导物释放型酸性葡聚糖酶,是一种稳定的分泌蛋白,且可信度达最高等级1。该蛋白属于糖苷水解酶第17家族,含有N端信号肽,在第7～29位氨基酸处含有跨膜信号区,在第31～321位氨基酸处含有糖苷水解酶17家族结构域,含2个主要的功能结构域。10个物种ScBG蛋白氨基酸序列的同源性分析表明,甘蔗ScBG基因编码蛋白与高粱β-1,3-葡聚糖酶基因的编码蛋白的同源性最高,达79.82%。以上研究结果为ScBG基因下一步的分子克隆、功能鉴定和应用提供基础。; 方静平苏亚春游倩阙友雄许莉萍陈如凯; 关键词：甘蔗 3-葡聚糖酶电子克隆生物信息学

Transcriptome profile analysis of sugarcane responses to Sporisorium scitaminea infection using Solexa sequencing technology: To understand the molecular basis of sugarcane-smut interaction, it is important to identify sugarcane genes r...; Qibin WuLiping XuJinlong GuoYachun SuYouxiong Que; 关键词：SUGARCANE SMUT SEQUENCING TRANSCRIPTOME QUANTITATIVE

甘蔗葡聚糖酶ScBG1基因的电子克隆及序列分析被引量：4: 2013年; 为了揭示甘蔗β-1,3-葡聚糖酶基因的结构特点和功能特性,从而为该基因的研究和应用提供基础。以水稻β-1,3-葡聚糖酶基因（U72255.1）为搜寻探针,运用电子克隆技术,获得一条甘蔗β-1,3-葡聚糖酶基因全长cDNA,命名为ScBG1,并对其进行生物信息学分析。结果表明：该基因的cDNA序列全长为1842bp,包含一个1488bp完整的开放读码框,编码495个氨基酸残基,属于糖基水解酶第十七家族,为疏水性蛋白,含有信号肽。将ScBG1与其他植物种的β-1,3-葡聚糖酶基因进行序列比对,发现该基因具有保守和典型的葡聚糖酶结构域,碱基序列的保守性为45%~73%。研究结果为该基因的实验克隆奠定基础,也为甘蔗β-1,3-葡聚糖酶基因的分子功能研究提供参考。; 薛扳佟郭晋隆苏亚春罗俊游倩阙友雄; 关键词：甘蔗 Β-1,3-葡聚糖酶基因电子克隆生物信息学

黑穗病菌胁迫下甘蔗SSH文库构建及差异表达基因分析: 甘蔗黑穗病是一种由黑穗病菌引起的气传真菌病害,然而目前甘蔗与黑穗病菌互作的分子机制仍有待进一步厘清。本研究以接种黑穗病菌和接种无菌水的甘蔗感黑穗病品种ROC22为材料,利用SSH（Suppression Subtract...; 黄宁凌辉张玉叶苏亚春肖新换黄珑吴期滨苏炜华许莉萍阙友雄; 关键词：甘蔗黑穗病抑制消减杂交 NORTHERN杂交; 文献传递

甘蔗过氧化氢酶基因的电子克隆及生物信息学分析被引量：21: 2012年; 应用电子克隆技术,获得甘蔗中一个过氧化氢酶基因的cDNA序列全长,命名为S-CAT。该基因全长2160bp,包含一个1479bp的开放阅读框,编码492个氨基酸。通过PSORT工具,预测甘蔗S-CAT蛋白存在于过氧化物酶体中。同源比对分析显示,S-CAT基因编码的氨基酸序列与水稻、玉米、高粱、朝鲜碱茅、葡萄等植物中过氧化氢酶基因所编码的氨基酸序列高度同源,同源性分别为97%,97%,95%,91%和92%。研究结果为该基因的实验克隆奠定基础。; 陈珊珊郭晋隆李国印阙友雄许莉萍; 关键词：甘蔗 CAT基因电子克隆生物信息学

甘蔗响应黑粉菌(Ustilago scitaminean Syd.)侵染的表达谱分析与差异表达基因鉴定: 由黑粉菌(Ustilago scitaminean Syd.)引起的甘蔗黑穗病是一种重要的世界性病害,也是我国最重要的甘蔗真菌病害之一,感病品种蔗茎产量和蔗糖分损失严重,培育抗黑穗病品种是控制该病害最有效的措施.本研究以...; 吴期滨许莉萍阙友雄郭晋隆; 关键词：表达谱

甘蔗几丁质酶基因的电子克隆与生物信息学分析被引量：19: 2011年; 用电子克隆方法获得甘蔗几丁质酶基因SCCHI1,采用生物信息学方法,对该基因编码蛋白从氨基酸组成、理化性质、跨膜结构域、疏水性/亲水性、亚细胞定位、高级结构及功能域等方面进行了预测和分析。结果表明:SCCHI1基因全长1236bp,包含一个完整的990bp的ORF,编码329个氨基酸。SCCHI1基因属于糖苷水解酶19家族,含有N-端信号肽、交连区、催化区,与高粱等其它植物的几丁质酶基因具有高度的相似性。为SCCHI1基因的分子克隆、功能鉴定和应用提供参考。; 苏亚春李国印阙友雄郭晋隆徐景升许莉萍; 关键词：甘蔗几丁质酶基因电子克隆生物信息学

甘蔗茎全长cDNA文库构建及EST序列分析被引量：2: 2013年; 在利用改进的Oligo-capping法构建1个高质量的甘蔗茎全长cDNA文库基础上,对该文库进行大规模测序,获得了283条5′端有效EST序列,平均长度为459 bp,经聚类和拼接获得204个假定独立转录本(TUTs),冗余序列所占比例27.9%。NCBI同源比对分析结果表明,其中132条EST拼接的103个TUTs与已知功能基因具有较高的同源性,结合拟南芥功能基因分类标准对这些TUTs进行分类,可分为12类,以参与蛋白质合成的基因最多,其次为细胞结构、蛋白质降解和贮藏、转录等类型的基因。; 刘金仙阙友雄郭晋隆许莉萍陈如凯; 关键词：全长CDNA文库

甘蔗活性氧代谢途径关键酶基因的克隆与表达特性研究: 在病原菌一寄主植物生物系统中,植物在不亲和互作过程中形成了一个可有效清除活性氧代谢(reactive oxygen species,ROS)的酶促系统,包括超氧化物歧化酶(super oxide dismutase,SO...; 陈珊珊苏亚春吴期滨阙友雄郭晋隆许莉萍; 关键词：活性氧代谢 QRT-PCR

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