国家自然科学基金(30725009)
- 作品数：6 被引量：10H指数：2
- 相关作者：高友鹤邵晨马素参牟一郭正光更多>>
- 相关机构：中国医学科学院北京协和医学院北京协和医学院中国医学科学院基础医学研究所更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金北京市自然科学基金国家教育部博士点基金更多>>
- 相关领域：医药卫生生物学理学更多>>
- 通过筛选随机多肽文库研究Veli3 PDZ结构域配体结合特性被引量：1
- 2009年
- 目的研究Veli3 PDZ结构域配体的结合特性。方法用Veil3 PDZ为诱饵蛋白,用酵母双杂交方法筛选随机多肽文库。结合生物信息学方法在各种数据库中检索与Veli3 PDZ识别规律相符合的天然人类蛋白质。然后根据蛋白质的功能和细胞定位等性质选择14个潜在新配体用酵母双杂交验证相互作用。文献检索与Veli3 PDZ配体结合的其他PDZ蛋白。结果Veli3 PDZ结构域配体C-末端保守的氨基酸序列通式可以表示为:[E/X][S/T]X[V/I/L]-COOH(X表示任意氨基酸)。这是ClassⅠPDZ结构域配体的特点。用酵母双杂交实验证实14个生物信息方法预测的潜在配体中有6个配体与Veli3相互作用。另一个PDZ蛋白PSD-95与已报道的Veli3 PDZ配体和本研究新发现的潜在配体有多个相互作用。结论新发现的6个Veli3PDZ潜在配体为进一步研究Veli3的生物学功能提供新的线索。另外Veli3与PSD-95可能易于同时竞争结合同一配体,其生物学意义还有待进一步研究。
- 田瑞马素参杨涛高友鹤
- 关键词：蛋白质相互作用PDZ结构域酵母双杂交生物信息学
- 泛素连接酶LNX1的表达、活性测定和功能初探被引量：2
- 2012年
- 目的:在大肠杆菌中表达重组人泛素连接酶LNX1,并研究其对钾离子通道蛋白Kv1.4的泛素化作用。方法:构建人LNX1重组蛋白原核表达载体pGEX-LNX1,在大肠杆菌中通过IPTG诱导表达重组蛋白,表达产物经GSTrap FF纯化,并通过体外泛素化(in vitroubiquitination)方法测定其泛素连接酶活性,同样用体外泛素化方法研究其对含有Kv1.4的C端的人工底物的泛素化。结果:获得了纯化的有泛素连接酶活性的重组人LNX1蛋白,重组LNX1可以在体外泛素化体系中泛素化含有Kv1.4的C端的人工底物。结论:重组人LNX1原核表达成功,具有泛素连接酶活性,并催化Kv1.4的泛素化。
- 郭正光高友鹤
- 关键词：泛素连接酶酶活性测定
- PDZ结构域中间序列结合特性及其临床应用
- 2012年
- PDZ结构域在生物体中广泛存在,介导着大量的蛋白质相互作用,参与和执行多种生物过程和生理功能。PDZ结构域常规地结合配体蛋白C末端4～5个氨基酸残基。然而,蛋白质的相互作用可能比想象中复杂得多。研究发现PDZ结构域还存在着非常规的结合特性,PDZ结构域非常规结合的特性研究有助于丰富蛋白质相互作用网络,发现蛋白质新功能,并能以结合特性为基础研发安全有效的药物应用于相关疾病的治疗。
- 牟一蔡鹏飞高友鹤
- 关键词：PDZ结构域
- PDZK1和PDZK2结合特性的比较
- 2010年
- 目的比较同一种属同一家族两种相近的简单接头蛋白PDZ结构域结合配体的特性。方法采用酵母双杂交筛选新型随机多肽文库联合高效验证筛选特定PDZ配体库,分别鉴定PDZK1-PDZ1和PDZK2-PDZ1结合线性多肽序列,分析发现两种PDZ结构域结合共有序列特性。通过生物信息学方法比对PDZ结构域,确定结构域中与配体相互接触面位点,进而详细比较这两个相似结构域结合特性的区别及其产生原因。结果分别获得PDZK1-PDZ1和PDZK2-PDZ1的结合特性,发现两者的共有序列分别可以归纳为-[S/T]-x-Φ和-[S/T]-[K/R/H]-[F/L],两个PDZ结构域间相互作用接触面位点大部分相似,主要差异表现在接触面位点比对中的37～45氨基酸序列,特别是42位氨基酸(F和H)差异较大。结论成功鉴定PDZK1-PDZ1和PDZK2-PDZ1结构域的结合特性,发现了这两个PDZ结构域及其结合配体特性的差异。
- 李嫄胡斯奇马素参邵晨牟一高友鹤
- 关键词：蛋白质相互作用PDZ结构域酵母双杂交生物信息学
- 色谱保留时间在蛋白质组研究中的应用被引量：6
- 2010年
- 液相色谱与串联质谱联用(LC-MS/MS)技术是蛋白质组学研究中的常见方法。保留时间作为独立于质谱信息的参数已经被用于蛋白质的鉴定和定量工作中。在多肽鉴定领域,多肽的色谱保留时间预测与常规的二级串联质谱数据库搜索算法结合可以提高鉴定的可信度。鉴定的灵敏度也可以通过匹配多次LC-MS实验中具有相同精确质量数和保留时间的峰而提高。另一方面,由于色谱条件的微小改变即会引起保留时间的变化,因此对多次实验结果进行保留时间比对是进行非标记定量的不可或缺的步骤。另外,联合保留时间偏移和质量数信息还可以进行蛋白质翻译后修饰(post-translational modification,PTM)的鉴定。
- 邵晨高友鹤
- 关键词：液相色谱-串联质谱翻译后修饰蛋白质组学
- 微小病变性肾病早期差异尿蛋白质组分析被引量：1
- 2010年
- 目的筛选微小病变性肾病早期尿蛋白标志物。方法以阿霉素肾病大鼠作为该病动物模型,采用LC-MS/MS蛋白质组学技术,非标记法蛋白质相对定量方法,分别分析尿全蛋白质组及ConA偶联琼脂糖珠富集的尿糖蛋白组的变化。结果尿全蛋白质组分析得到25个差异蛋白,分别来源于血浆蛋白、免疫炎性细胞分泌蛋白及泌尿道特异分泌蛋白等,参与不同的致病过程,如血流动力学改变、足细胞损伤及免疫功能紊乱等;尿糖蛋白质组分析得到21个差异蛋白,其中12个蛋白(57%)与未进行富集实验得到的差异蛋白不同,说明两种方法具有互补性,可以从不同角度对肾脏病变进行刻画。结论这些差异蛋白可作为微小病变性肾病早期诊断的候选标志物,对其功能的进一步验证将有助于其发病机制的解析。
- 王燕高友鹤
- 关键词：微小病变阿霉素肾病尿蛋白蛋白质组质谱技术
