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bHLH转录因子调控植物活性成分生物合成的研究进展被引量：21: 2014年; 转录因子是在转录水平上调控基因表达的关键因素之一,在植物生长发育、活性成分合成和环境变化响应中起着重要作用。本文对植物中bHLH转录因子的结构和分类进行了概述,并详细阐述了bHLH转录因子调控植物中类黄酮、生物碱、萜类等活性成分生物合成的研究进展,探索利用bHLH转录因子提高药用植物有效物质的生物学基础。文章强调模式植物的参考作用,突出现代基因组学、转录组学、代谢组学和生物信息学等多学科理论的交叉与融合对bHLH转录因子发掘和准确功能鉴定的促进作用。加速研究bHLH转录因子调控活性成分生物合成机制,对促进中药材育种和品种改良技术的发展,缓解国内外中草药资源枯竭的境况具有重要意义。; 张鑫宋经元胡鸢雷徐江徐志超季爱加罗红梅陈士林; 关键词：BHLH 转录因子活性成分药用植物

基于流式细胞技术的灵芝基因组大小估测被引量：17: 2013年; 以药典规定的灵芝正品来源灵芝Ganoderma lucidum作为研究对象,利用已完成全基因组测序的黑曲霉Aspergillus niger作为内标,通过机械破碎菌丝体的方法获得合适浓度的细胞核悬液,碘化丙啶荧光染色后成功应用流式细胞术进行基因组大小估测。经过优化材料培养、样品制备、上机分析等实验条件,估测得出灵芝基因组大小(48.98±0.60)Mb,为灵芝基因组学研究提供重要数据。该方法简捷稳定,在蕈菌范围内,首次得到了全基因组测序数据与光学图谱结果验证,为蕈菌基因组学研究提供重要技术平台。; 李秋实徐江朱英杰孙超宋经元陈士林; 关键词：DNA含量荧光染色蕈菌

甘草酸合成生物学元件初探：甘草法呢基焦磷酸合酶基因的克隆及序列分析: 2013年; 甘草酸是中药甘草的主要有效成分,法呢基焦磷酸合酶(FPS)是甘草酸合成途径中关键酶之一。根据甘草转录组数据设计引物,对FPS基因进行克隆,获得甘草FPS基因的全长编码序列。甘草FPS基因编码区全长1 029 bp,编码342个氨基酸残基。将甘草FPS基因与GenBank中其他植物FPS基因序列进行比对分析,发现其核酸序列与鹰嘴豆、苜蓿、蒺藜苜蓿、大豆、百脉根的序列相似度最高,分别达到94%、94%、93%、93%、92%。进一步的系统进化分析表明FPS基因具有较高的保守性,其序列进化树与植物分类一致。; 李滢牛云云宋经元罗红梅李秋实孙超; 关键词：甘草甘草酸基因克隆

丹参基因组SSR位点的特征分析及引物开发被引量：11: 2013年; 丹参为唇形科鼠尾草属多年生落叶开花植物,以根与根茎部位入药,广泛用于多种疾病的治疗。本研究采用生物信息学方法,从丹参基因组框架图序列中发掘出4 832个长度超过40 bp的基因组SSR位点。结果表明,二核苷酸重复基元和三核苷酸重复基元是构成丹参基因组SSR位点的主要类型,分别占全部SSR位点总数的37.3%和61.3%。此外,富含A/T碱基的SSR位点,包括AT/TA、AAT/ATT、ATA/TAT、TAA/TTA,分别占全部SSR位点总数的30.5%,21.6%,17.1%,20.4%,在数量上明显高于其他类型。以基因组SSR位点为基础,共设计基因组SSR引物序列1 079对。这些引物可用于基因组多样性分析、遗传图谱构建、分子标记筛选等工作,为后期丹参群体遗传学与基因组学研究奠定基础。; 徐海滨钱俊汪波孙超谢丽芳宋经元; 关键词：丹参简单重复序列引物设计

从药用亲缘学到药用基因组亲缘学：分子系统发育、进化与药物发现被引量：8: 2014年; 近年随着高通量测序技术的迅猛发展,生物系统发育研究中开始采用基因组数据,因此出现一些新术语,如系统发育基因组学(phylogenomics,基因组系统学/基因组亲缘学)、药用基因组亲缘学(pharmacophylogenomics)、转录组亲缘学(phylotranscriptomics)等。系统发育基因组学是进化和基因组学的交叉学科,是将基因组数据用于进化关系重建的综合分析;药用亲缘学研究药用生物(特别是药用植物)的生物亲缘关系、化学成分和疗效(传统疗效和药理活性)间的相关性;系统发育基因组学方法可用于药物发现和开发的相关问题研究,在组学水平拓展了药用亲缘学的领域,由此衍生出药用基因组亲缘学。系统学(亲缘学)是生命科学各分支和交叉学科的根基所在,在生药学和药用生物学等药学相关领域起到提纲挈领的作用。在此对与药用亲缘学(pharmaphylogeny)密切相关的若干术语做一简要辨析。; 郝大程肖培根刘明彭勇何春年; 关键词：分子系统发育进化药物发现

灵芝三萜合成关键元件GLCYP450及其还原酶GLNADPH的基因克隆及共表达载体构建被引量：3: 2013年; 细胞色素P450是灵芝三萜生物合成途径中的关键元件,其催化反应过程中需要有NADPH/NADH为其传递电子。本课题组根据已获得的赤芝(Ganoderma lucidum(Leyss.Ex Fr.)Karst.)基因组数据中的CYP450和NADPH转录本序列,利用RT-PCR方法获得灵芝CYP450(GLCYP450)和NADPH(GLNADPH)基因的全长cDNA序列,并在序列两端引入相应的限制性内切酶位点,通过酶切及连接反应,将GLCYP450和GLNADPH重组到酵母表达载体pESC-URA中,成功构建了酵母表达载体质粒pESC-GLNADPH-GLCYP450,为通过合成生物学手段研究灵芝三萜生物合成奠定基础。; 郭溆孙超宋经元罗红梅陈士林; 关键词：灵芝 CYP450 NADPH

药用动物乌梢蛇线粒体基因组全序列分析被引量：4: 2016年; [目的]获取药用动物乌梢蛇线粒体基因组全序列。[方法]采用Ion Torrent PGM技术,对乌梢蛇全基因组DNA进行提取测序,采用MIRA方法从头组装方法和近缘种mapping方法进行组装拼接,应用MITOS等方法进行注释。[结果]获得17 162 bp乌梢蛇线粒体基因组全序列。其共编码22个tRNA,13个蛋白编码基因,2个rRNA(16S rRNA、12S rRNA)并有1个轻链(L链)复制起始区。[结论]获取乌梢蛇线粒体基因组全序列,并可用于该药用动物的资源调查与保护研究。; 刘杰田晓轩崔英朱彦; 关键词：乌梢蛇线粒体基因组线粒体DNA

Genome-wide analysis of simple sequence repeats in the model medicinal mushroom Ganoderma lucidum: Simple sequence repeats （SSRs） or microsatellites are one of the most popular sources of genetic markers and p...; Jun Qian,Haibin Xu,Jingyuan Song,Jiang Xu,Yingjie Zhu,Shilin Chen The National Engineering Laboratory for Breeding of Endangered Medicinal Materials,Institute of Medicinal Plant Development,Chinese Academy of Medical Sciences & Peking Union Medical College,Beijing 100193,P. R. China; 关键词：SSRS AGARICOMYCETES POLYPORALES; 文献传递

一测多评技术在3种丹参制剂质量控制中的可行性分析被引量：10: 2016年; 目的建立一测多评法(QAMS)同时测定3种丹参制剂(丹参片、复方丹参片和冠心丹参胶囊)中丹参酮类成分[丹参酮IIA(TIIA)、二氢丹参酮I(DTI)、隐丹参酮(CT)、丹参酮I(TI)]量,探讨QAMS技术在中药制剂质量评价中的准确性和可行性。方法采用HPLC法测定TIIA、DTI、CT和TI;以丹参片、复方丹参片和冠心丹参胶囊为研究对象,采用QAMS技术,以TIIA为内参物,建立DTI、CT、TI与TIIA之间的相对校正因子(fi/s),比较保留时间差、相对保留值和线性回归定位法对待测成分的定位效果;并用外标法对样品进行定量计算,比较实测值与QAMS计算值之间的差异,以验证其准确性。结果所建立的HPLC法测定TIIA、DTI、CT和TI准确可行;在线性范围内,DTI、CT、TI与TIIA之间的fi/s分别为0.734、0.916、0.774,在不同测试条件下待测成分的fi/s准确可靠;相对保留值法能够对待测成分进行准确定位,DTI、CT、TI与TIIA之间的相对保留值分别是0.314、0.518、0.561,外标法和QAMS测定结果无显著性差异。3种丹参制剂定量测定结果显示不同厂家即使是同一厂家不同批次,产品的内在质量存在一定差异。结论所建立的丹参酮类成分QAMS适用于多种丹参制剂的质量控制,可为其他丹参制剂的质量评价提供参考;同时,应进一步加强对以上3种中药制剂的控制与监管。; 梁文仪袁永兵陈文静吴玲芳李师亓旗崔雅萍张兰珍; 关键词：丹参制剂一测多评丹参片冠心丹参胶囊二氢丹参酮I 丹参酮I

bZIP转录因子调控植物次生代谢产物生物合成的研究进展被引量：17: 2017年; 植物次生代谢产物是通过次生代谢产生的一类小分子有机化合物,是植物适应环境的表现,次生代谢产物也是重要药物和化工原料的来源。bZIP转录因子是普遍存在于真核生物中的一类多基因家族,可有效调控植物次生代谢产物的生物合成。本文概述了植物bZIP转录因子的结构和类型,重点阐述了bZIP转录因子调控萜类、黄酮类和生物碱等植物次生代谢产物生物合成的研究进展,并对研究前景进行了展望。深入探讨bZIP转录因子的调控机制,有助于利用基因工程技术优化植物次生代谢途径,提高次生代谢产物的含量,在新药创制、工农业生产等方面具有广泛的应用前景。; 张瑜徐志超季爱加宋经元; 关键词：BZIP 植物次生代谢产物转录因子

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