国家自然科学基金(21001053)
- 作品数：10 被引量：10H指数：1
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- 相关领域：生物学自动化与计算机技术农业科学文化科学更多>>
- 计算机专业生物信息学课程教学的实践探讨被引量：5
- 2012年
- 介绍了生物信息学课程教学的特点,分析了计算机专业生物学课程教学中存在的问题,提出了计算机专业生物信息学课程教学方法。
- 丁彦蕊蔡宇杰
- 关键词：生物信息学计算机专业教学方法
- 基于支持向量机的太湖入湖河流水质影响因素的研究
- 2011年
- 以影响太湖入湖河流水质的23个因素值为研究对象,通过分析这些因素值随时间的变化趋势,发现随时间变化较大的因素为TN,CODMn,TP,石油类,Cd和Pb;以这些因素值为特征向量,利用支持向量机对轻度污染水质和重度污染水质进行了分类。当支持向量机的参数c为18.95、g为2.09时,局部预测率和全局预测率较高,分别为82.22%和85.71%,重度污染水质和轻度污染水质的预测率分别为70%和94.44%,这不仅表明TN,CODMn,TP,石油类,Cd和Pb是影响水体水质的主要因素,而且表明构建的支持向量机分类器适合于水质预测。
- 丁彦蕊孙小妹王文超孙培冬陈蓓
- 关键词：支持向量机影响因素水体水质
- BP和概率神经网络预测微生物热稳定性的比较被引量：1
- 2012年
- 微生物的热稳定性与代谢网络的拓扑特征之间存在着密切的关系。分析了460个微生物的22个代谢网络拓扑特征,分别利用BP神经网络和概率神经网络建立分类模型,以比较两种算法预测微生物热稳定性的效果。通过分析隐层数目和扩展常数对分类效果的影响发现,相对于BP神经网络,简单易用、稳定性好的概率神经网络更适合于从代谢网络特征角度预测微生物的热稳定性。当耐热菌与常温菌数比例为1∶1、扩展常数为0.09时,概率神经网络对常温菌、耐热菌的预测率分别为72.83%和82.61%。预测率也表明,聚集系数、介数等代谢网络拓扑特征影响着微生物的热稳定性。
- 丁彦蕊徐星宇须文波
- 关键词：BP神经网络概率神经网络
- 基于ACO优化SVM参数的蛋白质耐热性预测被引量：1
- 2014年
- 氨基酸含量是影响蛋白质耐热性的主要因素,为了提高以氨基酸含量为特征向量的蛋白质耐热性预测的精度和预测模型的性能,提出了一种基于机器学习蚁群算法(ACO)优化支持向量机(SVM)参数的蛋白质耐热性预测方法。建立了SVM参数优化模型,探讨了基于网格划分策略的连续蚁群算法,通过对SVM的惩罚因子和径向基核函数的全局搜索,筛选出最优参数,使SVM的蛋白质耐热性预测率最优。结果表明:采用未优化的SVM建立的预测模型的蛋白质耐热性总预测率相对较低,约为76.5%,采用遗传算法优化预测模型参数后的预测率约为86.6%,采用ACO优化预测模型参数后预测率达到87.8%。采用ACO优化的SVM模型参数的寻优速度快,预测结果准确。
- 卞娜云丁彦蕊
- 关键词：蚁群算法支持向量机耐热性
- 产甲烷常温菌和嗜热菌代谢网络特征的比较研究被引量：1
- 2011年
- 以产甲烷的常温古细菌Methanosarcina acetivorans(MAC)和嗜热古细菌Methanopyrus kandleri(MKA)的代谢网络为研究对象,分析了网络的拓扑结构与功能之间的关联性。本文利用Networkx计算了代谢网络的度、度的中心性、紧密度中心性以及介数中心性等参数值,通过比较分析发现常温古细菌MAC和嗜热古细菌MKA存在氨基酸代谢以及碳水化合物代谢保守途径,且都具有明显更高的度。结果同时表明子途径00010(糖酵解/糖异生)、00020(柠檬酸循环)、00250(丙氨酸、天冬氨酸和谷氨酸代谢)是常温古细菌MAC与嗜热古细菌MKA2个生物体的重要途径。
- 陈璟丁彦蕊须文波
- 关键词：代谢网络古细菌产甲烷菌
- 基于PCA-SVM混合算法的嗜热菌和常温菌网络特征的研究
- 2012年
- 通过比较嗜热菌和常温菌代谢网络的特征参数,可以从系统角度确定微生物嗜热性的主要因素。本文首先利用主成分分析法对22个网络特征进行相关性分析,根据特征值、载荷值的大小最终选择了11个主要网络特征:用选出的这11个网络特征组成特征向量,利用支持向量机构建分类器,对嗜热菌和常温菌进行分类,其全局平均预测率为82.93%,对常温菌和嗜热菌的平均预测率分别为87.86%和72.40%。结果表明利用主成分分析法选择的网络特征可以很好的表征嗜热菌和常温菌的耐热性,因此簇大小分布的平均信息等11个网络特征是影响微生物耐热性的关键的代谢网络特征因素。
- 王文超丁彦蕊陈璟
- 关键词：SVM算法网格搜索网络特征
- 产甲烷常温古细菌和嗜热古细菌代谢网络拓扑结构与功能间的关联性研究
- 2011年
- 根据从KEGG数据库获得的产甲烷的常温古细菌Methanosarcina acetivorans（MAC）和嗜热古细菌Methanopyrus kandleri（MKA）的代谢网络,通过不同的网络属性特征的比较,发现常温古细菌MAC的代谢网络比嗜热古细菌MKA有更长的平均路径长度,更大的直径,这表明常温古细菌MAC的总体结构是相对低密度、松散的网络结构.同时为了从系统水平上分析这些特征蕴含的功能意义,采用了Grivan和Newman提出的模块算法（简称GN算法）分析这两个生物体的功能模块,并将所得的结果与KEGG数据库中的途径信息进行比较研究,发现大部分模块对应2~4个KEGG途径,表明这些网络模块均具有一定功能意义.
- 陈璟丁彦蕊须文波
- 关键词：代谢网络古细菌产甲烷菌社团结构模块性
- 超氧化物歧化酶氨基酸网络的鲁棒性研究被引量：1
- 2014年
- 蛋白质结构的鲁棒性能够提高蛋白质在不稳定环境中保持生物功能的能力。用氨基酸网络表示超氧化物歧化酶(Fe-SOD)的结构,从研究氨基酸网络鲁棒性的角度研究Fe-SOD结构的鲁棒性。实验结果显示,氨基酸网络的鲁棒性比同等规模大小的随机网络的鲁棒性差。尤其以介数方式攻击,Fe-SOD氨基酸网络表现出明显的脆弱性。嗜热的Fe-SOD氨基酸网络的鲁棒性比常温的氨基酸网络的鲁棒性高。通过鲁棒性分析,识别氨基酸网络中关键残基,发现关键残基主要包括进化保守残基、疏水性残基、规则二级结构内部的残基以及Fe-SOD活性位点残基。与热稳定性低的Fe-SOD氨基酸网络相比,热稳定性高的Fe-SOD氨基酸网络中的关键残基较均匀地分布在Fe-SOD内部。关键残基在Fe-SOD结构中均匀分布,有利于提高嗜热Fe-SOD整体的稳定性。
- 丁彦蕊王雪芹牟兆琳
- 关键词：鲁棒性热稳定性
- 基于复杂网络理论的产甲烷常温菌和嗜热菌的代谢网络的拓扑与模块化的研究被引量：1
- 2012年
- 近几年,复杂网络的研究正成为广泛关注的热点,代谢网络是复杂网络的一个例子。本文以产甲烷的常温古细菌Methanosarcina acetivorans(M.acetivorans)和嗜热古细菌Methanopyrus kandleri(M.kandleri)的代谢网络为对象,从拓扑参数以及模块化两方面进行比较研究。结果表明:M.acetivorans与M.kandleri的代谢网络均具有较高的模块化结构。同时发现它们模块化后的代谢网络中的Hub模块均属于氨基酸代谢和碳水化合物代谢,表明这些网络模块均具有一定的功能意义。最后将Hub模块与最紧密的k-核心网络相比较,发现它们节点完全相同,此结果表明代谢网络的最紧密k-核心网络部分也是不同网络比较的重要因素。
- 陈璟丁彦蕊须文波
- 关键词：代谢网络网络功能模块性
- 基于PCA-SVM混合算法的嗜热菌和常温菌网络特征的研究
- 2012年
- 通过比较嗜热菌和常温菌代谢网络的特征参数,可以从系统角度确定微生物嗜热性的主要因素。本文首先利用主成分分析法对22个网络特征进行相关性分析,根据特征值、载荷值的大小最终选择了11个主要网络特征;用选出的这11个网络特征组成特征向量,利用支持向量机构建分类器,对嗜热菌和常温菌进行分类,其全局平均预测率为82.93%,对常温菌和嗜热菌的平均预测率分别为87.86%和72.40%。结果表明利用主成分分析法选择的网络特征可以很好的表征嗜热菌和常温菌的耐热性,因此簇大小分布的平均信息等11个网络特征是影响微生物耐热性的关键的代谢网络特征因素。
- 王文超丁彦蕊陈璟
- 关键词：SVM算法网格搜索网络特征
