通过线粒体DNA控制区的结构和多态性来研究中国家鸡和红色原鸡的遗传多态性与系统进化。测定14个中国地方鸡种和红色原鸡2个亚种的256个个体线粒体DNA控制区部分序列约560bp，结果表明，A、C、G、T这4种核苷酸的平均比例分别为25．∞％、37．40％、4．40％和33．20％。共发现44个变异位点，约占分析位点总数的7．86％，没有观测到插入／缺失，颠换和转换之比为0．13；共具有32种单倍型，9种为共享单倍型；16个群体内单倍型多样度从0到0．964，单倍型变异度总体为0．909±0．014，整体的平均核苷酸差异数为7．276，核苷酸多样度为1．851％。群体间核苷酸分歧度（Dxy）在0．747％～3．125％之间变化，核苷酸净遗传距离（Da）为0．015％～2．633％。16个群体表现出较高水平的遗传多态性，群体间表现出显著的遗传分化。群体遗传多态性和亲缘关系分析表明，一些中国家鸡的群体（如固始鸡和仙居鸡）起源于泰国红色原鸡Gallus gallu sgallus亚种，一些中国家鸡的群体（如茶花鸡和藏鸡等）起源于中国红色原鸡Gallus gallus spadiceus亚种，在一些中国地方鸡种还同时具有这2种红色原鸡的遗传贡献；认为中国家鸡起源于泰国或单纯起源于中国的观点都是不全面的。
利用生物信息学分析方法对鸡Lpin1基因编码区进行扫描,选取该基因3个引起错义突变的变异位点进行分析,其中c.391G>A位点引起编码氨基酸Asp131→Asn131突变,c.1727C>T位点引起编码氨基酸Ala576→Val576突变,c.2287A>C位点引起编码氨基酸Met763→Leu763突变。应用引入限制性酶切位点PCR(Amplifi-cation-Created Restriction Site PCR,ACRS-PCR)的方法进行引物设计扩增3个突变位点,并通过限制性片段长度多态性(Restriction Fragment Length Polymorphism,RFLP)检测PCR产物,以藏鸡、隐性白羽鸡、藏隐(藏鸡♂×隐性白羽♀)和藏藏隐[藏鸡♂×(藏鸡♂×隐性白羽♀)♀]群体为材料对3个变异位点进行基因型检测,并与胴体性状进行关联分析;同时在5个中国地方鸡种(固始鸡、萧山鸡、北京油鸡、泰和丝羽乌骨鸡和茶花鸡)中进行变异位点的遗传多样性分析。结果表明:(1)鸡Lpin1基因c.1727C>T在不同品种中具丰富的多态性;而另2个位点在所检测的群体中无多态性存在,c.391G>A位点以GG基因型为主,c.2287A>C位点全部为AA基因型;(2)对c.1727C>T位点的遗传多样性分析表明该位点C等位基因占优势地位,且固始鸡和北京油鸡群体基因型分布显著偏离哈代-温伯格平衡定律(P<0.01),在萧山鸡、泰和丝羽乌骨鸡和茶花鸡三品种中基因型分布均符合哈代-温伯格平衡定律。(3)性状关联分析显示c.1727C>T位点与皮下脂肪厚呈显著关联(P<0.05),与腹脂质量呈极显著关联(P<0.01);其中CC基因型个体的皮下脂肪厚显著高于TT基因型个体(P<0.05),极显著高于TC基因型个体(P<0.01)。TT基因型个体的腹脂质量显著高于其他两种基因型个体(P<0.05)。
