国家自然科学基金(30930067C120110)
- 作品数：4 被引量：10H指数：3
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- 不同肥料对池塘细菌种群的影响被引量：3
- 2012年
- 运用PCR-DGGE技术分析有机肥(干鸡粪)和化肥(碳酸氢铵和磷酸一铵)对鱼苗池塘中的理化因子和细菌数量及其种群结构的影响,以探讨细菌种群结构对不同肥料的响应。结果显示:施肥后池塘中NH4+-N、PO43--P、NO 3--N和NO 2--N等浓度增加,透明度降低,细菌数量、种群多样性和丰富度指数均增加;化肥增加溶氧和升高pH,有机肥却降低溶氧和pH。施肥后蓝细菌门(Cyanobacteria)和拟杆菌门(Bacteroidetes)种群成为优势种群,有机肥能增加厚壁菌门(Firmicutes)种群的相对丰度,而化肥却降低其相对丰度;β-和γ-变形杆菌纲种群的相对丰度在施入化肥后增加,有机肥却限制γ-和δ-变形杆菌纲种群,化肥明显降低放线菌门种群的相对丰度。池塘中理化因子、细菌种群数量及其结构因施入不同肥料发生相应的变化。
- 陈章宝彭霞张晓林周泽扬
- 关键词：细菌种群PCR-DGGE有机肥化肥池塘
- 4种微孢子虫的分泌蛋白的比较基因组学分析被引量：4
- 2013年
- 微孢子虫营专性细胞内寄生,其分泌蛋白是一类重要的侵染互作因子。利用分泌蛋白预测程序EuSecPred 2.0对家蚕微孢子虫、中蜂微孢子虫、兔脑炎微孢子虫和毕氏肠道微孢子虫的分泌蛋白进行全基因组预测,分别获得了315、90、30和45个分泌蛋白。不同微孢子虫分泌蛋白的序列平均长度和氨基酸组成特征相似,信号肽和非信号肽区均以疏水性氨基酸为主;但统计所获蛋白质功能注释的分布却是大部分分泌蛋白为各种微孢子虫的特异蛋白,仅有少部分分泌蛋白为3种以上微孢子虫所共有,如几丁质脱乙酰基酶(CDA)、热激蛋白70(HSP70)、孢壁蛋白(SWP)和Ricin B-凝集素等。4种微孢子虫分泌蛋白信号肽区的基序分别为[LI]xx[IV]xAS、L[FY]x、[LI]LL[LI][GSA]L[VI][IS][CAG]和L[LF]LFLAISAGA[SA],非信号肽区域的基序分别为[LM][RK]N、L[RK][ND]、[KR][KR][KR]LP和[PG]D[LM]。研究结果有助于揭示微孢子虫的适应性进化机制,同时也为微孢子虫的侵染和与宿主互作机制的研究提供了靶标。
- 李田齐晓冉陶美林刘显林康定荣秦国伟潘国庆周泽扬
- 关键词：微孢子虫分泌蛋白比较基因组学信号肽基序
- 家蚕微孢子虫全基因组分泌蛋白的预测分析被引量：5
- 2013年
- 分泌蛋白是一类重要的介导病原与宿主相互作用的因子。微孢子虫专性细胞内寄生的生活方式决定了分泌蛋白在其侵染、增殖、防御和调控宿主生理活动中具有重要的作用。利用真核生物分泌蛋白预测流程EuSecPred 1.0对家蚕微孢子虫全基因组的分泌蛋白基因进行预测和严格条件筛选,鉴定获得97个分泌蛋白基因,占基因组全部编码基因的1.87%。对分泌蛋白的功能和结构域进行注释分析,发现了孢壁蛋白、丝氨酸蛋白酶抑制剂(Serpin)和Ricin B-凝集素等重要侵染相关因子。氨基酸组成分析表明,家蚕微孢子虫分泌蛋白及其信号肽主要由疏水性氨基酸组成,而信号肽剪切位点主要由亲水性氨基酸组成。基序分析发现,分泌蛋白信号肽中存在保守基序T[ILV][IVL][LI][VIL][LI]LS[IV]I[AK][SA],分泌蛋白内部存在[ES]W[VLM]K和YF[FY][DG]L 2种基序。在全基因组范围对家蚕微孢子虫的分泌蛋白进行预测分析,有助于进一步研究家蚕微孢子虫致病相关的候选因子。
- 李田刘显林韩冰齐晓冉康定荣秦国伟党晓群潘国庆周泽扬
- 关键词：家蚕微孢子虫基因组分泌蛋白信号肽基序
- 一种适用于家蚕微孢子虫膜蛋白提取的方法
- 2013年
- 细胞膜蛋白在家蚕微孢子虫对宿主细胞的抵抗性、物质能量转运和信息传递过程中发挥着重要作用,也是家蚕微粒子病诊断防控的重要候选靶标。依次采用试剂盒直接抽提法、破碎抽提同步法、破碎抽提异步法,对家蚕微孢子虫膜蛋白提取过程中的抽提时间和孢壁处理方式进行优化,通过对提取蛋白质样品的质量检测,明确最佳提取方法。SDS-PAGE检测结果表明,采用破碎抽提异步法在Buffer 2B抽提40 min时能获得较高丰度的膜蛋白,与孢子总蛋白质相比,所得膜蛋白样品中含有丰富的大小为30～170 kD的差异蛋白,进一步利用已知家蚕微孢子虫膜蛋白——类枯草杆菌蛋白酶2的抗体(anti-Nb-SLP2)进行Western blotting分析发现,膜蛋白样品中含有丰富的NbSLP2,表明破碎抽提异步法适用于孢子膜蛋白的提取。此方法的建立将有助于对家蚕微孢子虫膜蛋白的鉴定和功能研究及检测防控候选膜蛋白靶标的筛选。
- 马强李田党晓群潘国庆许金山周泽扬
- 关键词：家蚕微孢子虫膜蛋白WESTERN
