江苏省自然科学基金(BK2010500)
- 作品数：8 被引量：77H指数：2
- 相关作者：宋晓峰喻海燕荆艳贾浩张小白更多>>
- 相关机构：南京航空航天大学江苏省人民医院更多>>
- 发文基金：江苏省自然科学基金国家自然科学基金江苏高校优势学科建设工程资助项目更多>>
- 相关领域：生物学自动化与计算机技术更多>>
- 柔性支持向量回归及其在故障检测中的应用被引量：8
- 2013年
- 支持向量回归(Support vector regression,SVR)的学习性能及泛化性能取决于参数设置.在常规方法中,这些参数以固定值形式参与运算,而当面对复杂分布的数据集时,可能无法挑选出一组能够胜任各种分布情况的参数,参数设置需要在过拟合和欠拟合之间进行取舍.因此,本文提出一种能够根据样本分布进行参数自我调整的柔性支持向量回归算法(Flexiblesupport vector regression,F-SVR).该算法根据样本分布的复杂度,将训练样本划分为多个区域,在训练过程中,F-SVR为不同区域设置不同的训练参数,有效避免了过拟合与欠拟合.本文首先采用一组人工数据对所提算法有效性进行验证,在实验中,F-SVR在保持学习能力的同时,具备较传统方法更优秀的泛化性能.最后,本文将该算法运用至高频电源故障的实际检测,效果良好.
- 易辉宋晓峰姜斌刘宇芳周智华
- 关键词：支持向量回归故障检测电源
- 与疾病相关的非同义单核苷酸多态性预测的研究进展被引量：1
- 2014年
- 单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNPs),即在基因组水平上由单个核苷酸的变异而引起的DNA序列多态性变化,具体是指在DNA序列中的单个碱基的变异,其是人类基因组变异种最常见的一种。SNP研究最主要的目的就是对人类表型变异遗传学的理解,尤其是关于人类遗传疾病的研究。而非同义单核苷酸多态性(nsSNPs)是SNPs中的一种,主要是指处于编码区会引起翻译后对应氨基酸序列变化的单核苷酸突变。因为nsSNPs可能会对蛋白质的功能造成影响,被认为是造成人类遗传病的主要原因。因此将与疾病相关的nsSNPs从中性的nsSNPs中区分出来是很重要的。本文根据国内外与疾病相关nsSNPs预测的研究,分析了预测中所涉及到的特征属性,总结了对这些特征进行优化的特征选择方法,并概述了在预测过程中使用的各种分类器。
- 喻海燕赵健张珊珊韩平宋晓峰
- 关键词：分类器
- 蛋白质表面氨基酸特性研究进展
- 2011年
- 分布在蛋白质分子表面的暴露于溶剂的氨基酸所具有的一些特性对蛋白质的折叠和聚合过程、蛋白质-蛋白质相互作用以及蛋白质的功能具有重要影响。本文分析了蛋白质表面氨基酸在疏水性、保守性、静电势及结构方面的一些特性,阐述了近年来国际上利用这些特性对蛋白质-蛋白质相互作用界面进行预测的方法,最后介绍了几款预测蛋白质表面氨基酸的软件。
- 荆艳宋晓峰
- 基于蛋白质序列的泛素化位点预测研究进展
- 2012年
- 泛素化是目前广受关注的一种翻译后修饰过程,对蛋白质降解、DNA修复等多种细胞过程都具有重要的调控作用。本文根据国内外蛋白质泛素化位点预测的研究,分析了预测泛素化位点的特征属性,总结了对这些特征进行优化的特征选择方法,并对预测过程中所使用的各种机器学习分类器进行了概述。
- 何冰宋晓峰
- 蛋白质分子表面高质量网格构建技术的研究进展被引量：1
- 2012年
- 分子表面即分子边界,在一定程度上蕴含了分子的生物化学属性信息,对分子表面进行分析将有助于理解分子对接、识别和相互作用等问题。由于蛋白质分子表面的构造相对复杂,尤其是分子表面的网格化,因此寻求高效的算法构建高质量的蛋白质分子表面网格对生成光滑的分子表面、分子可视化及分子模拟都有着重要的意义。本文主要根据现有定义的蛋白质分子表面,针对近年来几种高质量分子表面网格构建的新技术进行了阐述,同时介绍了几款蛋白质分子表面可视化软件,并对它们的性能进行了简单的分析。
- 闫玉娇荆艳宋晓峰
- 蛋白质泛素化位点单核苷酸多态性的研究进展
- 2014年
- 在机体内,有一系列的酶对蛋白质进行翻译后修饰,从而影响蛋白质的功能,其中泛素化修饰就是一种很重要的修饰,其贯穿着几乎所有的细胞活动,包括蛋白质降解、DNA修复、细胞增殖、分化、凋亡、免疫防御、转录。本文综述了当前国内外的蛋白质泛素化位点的研究,并基于单核苷酸多态性概述可以从哪些方面来分析泛素化位点与疾病之间的联系。
- 喻海燕宋晓峰
- 关键词：翻译后修饰泛素化修饰单核苷酸多态性
- 人类胞内蛋白半衰期与其亚细胞定位的相关性研究被引量：66
- 2011年
- 胞内蛋白的稳定性直接影响着生命活动与细胞周期。蛋白的选择性降解是通过泛素-蛋白酶体途径实现的,它是蛋白消亡的主要方式之一,同时也是细胞主动调节自身状态的体现。蛋白的稳定性除了与自身序列和结构相关外,还和成熟蛋白所处的细胞内环境,即蛋白的亚细胞定位有关。本文主要从蛋白质在细胞中的区域化分布角度研究其与蛋白寿命的关系。结合大量的蛋白半衰期实验数据以及生物信息数据库,文章统计并分析了每个蛋白的定位信息,并进一步研究了与定位有关的信号肽情况,以及应用F检验筛选出了部分能够显著区分长短寿命蛋白的N端序列特征。结果表明胞内蛋白半衰期与其亚细胞定位之间存在一定的关联性。短寿命蛋白往往定位于细胞膜或者膜性囊泡结构上,大多由信号肽引导定位,作为细胞的分泌蛋白、信号转导蛋白或者功能性蛋白发挥作用并迅速降解;而长寿命蛋白多数属于持家蛋白,定位于细胞胞浆中或直接在胞浆中合成,作为细胞骨架或者发挥着支撑细胞的作用。另外,蛋白的区域化分布影响着蛋白质的折叠、聚合以及翻译后修饰,这些过程与蛋白的稳定性有着密切的联系。本研究为将来蛋白稳定性的深入研究提供了新的思路,同时也为生物信息学中开发蛋白质稳定性相关的预测工具提供了参考。
- 贾浩张小白宋晓峰
- 关键词：亚细胞定位信号肽
- HECT E3泛素连接酶的分类、功能和进化分析被引量：1
- 2011年
- 泛素连接酶(E3s)在真核生物生命活动重要的调控过程,即泛素化降解过程中起着关键作用,具有HECT结构域的E3酶(HECT E3 ubiquitin ligase)根据其N端结构域的不同可分为三类:HERC E3酶,Nedd4/Nedd4-like E3酶和SI(ngle)-HECT E3酶。本文总结了至今有关这三类E3酶的结构域、生物学功能以及与人类疾病关系的研究进展,其中一些E3酶的生物学功能还不是很清楚,特别是HERC E3s和SI-HECT E3s。还阐述了近年来国际上对HECT E3酶进化分析的研究结果,进化分析有助于进一步研究HECT泛素连接酶的生物学功能。最后对作用于泛素-蛋白酶体通路的疾病治疗策略和HECT E3酶底物的识别研究做了展望,底物数据的缺乏限制了HECT E3的研究,因此高通量识别底物将是今后研究的主要方向。
- 胡丽珍宋晓峰
- 关键词：E3泛素连接酶进化
