国际科技合作与交流专项项目(2008DFA30550)
- 作品数：2 被引量：28H指数：2
- 相关作者：李英慧邱丽娟常汝镇南海洋张乐更多>>
- 相关机构：中国农业科学院作物科学研究所更多>>
- 发文基金：国际科技合作与交流专项项目国家自然科学基金国家科技支撑计划更多>>
- 相关领域：农业科学更多>>
- 基于大豆胞囊线虫病抗性候选基因rhg1的InDel标记开发与鉴定被引量：24
- 2009年
- 大豆胞囊线虫病是严重危害大豆生产的重要病害之一,根据抗病候选基因开发标记可为分子标记辅助选择抗病材料提供标记资源。本研究通过对大豆胞囊线虫抗性候选基因rhg1的序列比对分析,发现4个插入/删除位点,针对其中3个多碱基插入/缺失位点开发了InDel标记。应用开发的3个InDel标记对33份栽培大豆进行基因型鉴定,共检测到等位变异11个,平均每个位点3.67个。其中rhg1-I1位点有等位变异5个,rhg1-I2位点有等位变异2个;rhg1-I4位点有等位变异4个。各等位变异发生频率范围为0.8%~77.3%。InDel标记与大豆胞囊线虫抗性间的关联分析表明,rhg1-I4为抗性相关标记,对抗病资源的检出效率为88.2%,对感病资源的检出效率为100%。该标记的288bp等位变异和294bp等位变异为抗病相关等位变异,269bp等位变异和272bp等位变异为感病相关等位变异。此标记与常用于标记辅助选择的Satt309配合鉴定可以提高SCN抗病资源的检测效率。
- 南海洋李英慧常汝镇邱丽娟
- 关键词：大豆胞囊线虫病INDEL标记
- 栽培大豆(G.max)和野生大豆(G.soja)的Glyma13g21630基因多样性被引量：4
- 2011年
- 利用Sanger方法对49份野生大豆,46份地方品种和38份选育品种的Glyma13g21630进行基因测序,采用DNAStar、Mega、DNAsp和Tassel软件分析Glyma13g21630的单核苷酸多态性(SNP)位点在3种类型大豆群体的分布规律。结果表明,在133份供试种质中检测到29个多态性位点,包括22个SNP和7个InDel,多态性频率分别为1SNP/138bp和1InDel/434bp。Glyma13g21630基因序列中多态性位点的分布不均匀,其中内含子3和5为变异富集区,其他区域变异较小。单倍型分析表明,Glyma13g21630在野生大豆和栽培大豆中的多态性位点数目逐渐减少,分布范围也越来越窄;连锁不平衡分析表明,野生大豆的7个高频SNP位点中有42.86%处于极显著的连锁不平衡状态;Ka/Ks>1,说明野生大豆在向栽培大豆的进化中,某些位点受到正向选择,多态性显著降低。Glyma13g21630基因在大豆由野生向栽培驯化的过程中因正向选择作用而固定了有益变异,表现出瓶颈效应。
- 张乐李英慧刘章雄邱丽娟
- 关键词：大豆单倍型
