山东省自然科学基金(Q2006A06)
- 作品数：7 被引量：22H指数：3
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- Cl+CH_4反应的含时量子动力学研究
- 2009年
- 基于新的势能面,运用半刚性振动转子靶(SVRT)模型和含时波包法对Cl+CH_4→HCl+CH_3反应体系进行了计算,给出了反应过程中体系的振动、转动及空间立体效应对该反应的反应几率和反应阈能的影响,并计算了基态的总散射截面和热速率常数.
- 孙善书刘新国徐博许文武扈国栋张庆刚
- 关键词：SVRT模型
- 半刚性振转靶模型在Cl+CH_4反应中的应用被引量：1
- 2008年
- 基于新的势能面,运用半刚性振动转子靶(SVRT)模型和含时波包法对Cl+CH4→HCl+CH3反应体系进行了计算,给出了反应过程中体系的振动对该反应的反应几率和反应阈能的影响,并计算了基态的总散射截面和热速率常数.
- 孙善书刘新国张庆刚
- 关键词：SVRT模型
- 反应物振动激发对反应He+H_2^+→HeH^++H影响的准经典轨线研究被引量：6
- 2009年
- 基于PPA势能面(Palmieri,P.;Puzzarini,C.;Aquilanti,V.Mol.Phys.,2000,98:1835),运用准经典轨线(quasi-classical trajectory)方法,对反应He+H2+(v=0-2,j=0)→HeH++H的立体动力学性质进行了理论研究.结果表明,反应物振动激发对反应的k-j′两矢量相关和k-k′-j′三矢量相关分布都产生了较大影响.除此之外,极化微分反应截面对振动量子数v也非常敏感.
- 孔浩刘新国许文武张庆刚
- 关键词：矢量相关准经典轨线方法
- FKBP12蛋白与其抑制剂结合的分子动力学模拟和结合自由能计算被引量：10
- 2009年
- FKBP12(FK506-bindingprotein-12)是一种具有神经保护和促神经再生作用的蛋白.采用分子动力学模拟取样,运用MM-GBSA方法计算了FKBP12和3个抑制剂(GPI-1046,308和107)的绝对结合自由能,GPI-1046的结合能最小,308小于107的结合能.通过能量分解的方法考察了FKBP12蛋白的主要残基与抑制剂之间的相互作用和识别,计算结果表明:3个抑制剂具有相似的结合模式,Ile56和Tyr82主要表现为氢键作用,Tyr26,Phe46,Val55,Ile56,Trp59,Tyr82,Tyr87和Phe99形成疏水作用区.计算结果和实验结果吻合.
- 扈国栋张少龙张庆刚
- 关键词：分子动力学抑制剂
- W301水分子在HIV-1蛋白酶和配体ABT-538结合中作用的QM/MM研究被引量：4
- 2008年
- 结晶水分子W301在几乎所有的HIV-1蛋白酶(HIV-1PR)和配体的晶体结构中出现.在HIV-1PR中A链天门冬氨酸残基Asp25质子化状态或B链Asp25质子化状态下,QM/MM模拟后MM-GBSA方法计算得到W301水分子在HIV-1PR/ABT-538结合中的自由能贡献分别为-16.88kJ/mol、-17.63kJ/mol,W301水分子在HIV-1PR/ABT-538的结合中起到了关键的作用.进一步分析发现W301水分子与HIV-1PR和ABT-538分别形成了两个、四个氢键.
- 刘宝山张少龙张庆刚
- 甲烷燃烧反应的含时量子动力学研究
- 2007年
- 基于新的势能面,运用半刚性振动转子靶(semirigidvibrating rotor target)模型和含时波包法对O(3P)+CH4→OH+CH3反应体系进行含时量子动力学计算,给出反应过程中体系的振动、转动及空间立体效应对该反应的反应几率和反应阈能的影响,并计算了基态的总散射截面和热速率常数。
- 徐博刘新国孟凡胜段莉莉张少龙张庆刚
- 关键词：SVRT模型
- FKBP12与其抑制剂作用的结合自由能计算被引量：2
- 2008年
- FKBP12(FK506-binding proteins-12)是一种具有神经保护和促神经再生作用的蛋白.文中采用分子动力学模拟取样,运用MM-PBSA方法计算了FKBP12-TST复合物的绝对结合自由能.通过能量分解的方法考察了FKBP12分子主要残基与配体TST之间的相互作用.
- 扈国栋张少龙张庆刚刘新国刘宝山孙善书
- 关键词：分子动力学MM-PBSA抑制剂
