国家自然科学基金(30528029)
- 作品数：5 被引量：15H指数：3
- 相关作者：王米渠杨丽萍丁维俊黄睿张洛欣更多>>
- 相关机构：成都中医药大学河南中医药大学新加坡国立大学更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金博士科研启动基金河南省医学科技创新人才工程项目更多>>
- 相关领域：医药卫生生物学农业科学更多>>
- 虚寒证的微观化诊断方法初探
- 2010年
- 目的:以基因表达谱数据为基础探寻证候-诊断新模式。方法:利用基因表达谱数据和分析工具——基因芯片预测分析(PAM)和支持向量机(SVM),以已知类别的10个样本建立判别模型,再对新的样本进行预测。结果:两个预测工具PAM、SVM对建模的10例已知类别的判断准确率均为100%,对4例新样本的预测结果一致:3例为虚寒证患者,1例为正常人,其结果和量表的主症总分具有较好的一致性。讨论:两种分类预测器对所有样本的判别和预测具有完全的一致性,利用基因表达谱数据结果和分析工具对临床证候的微观化、定量化诊断具有一定的可行性。
- 杨丽萍刘旺根王米渠
- 关键词：基因表达谱SVMPAM
- 证候-基因组研究六难及对策被引量：5
- 2009年
- "证候-基因组"研究实施8年来,在取得一系列成绩的同时,也出现许多亟待解决的问题。笔者根据研究心得归纳出样本细化难、采样难、海量数据分析难、中医证与西医病结合难、中医证候理论与基因功能对接难及证候-基因组学应用难6大难题,并提出建立中医证的特征基因数据库、结合已知基因功能阐释证的可能机制,实现中医证候理论现代化;加快未知基因的研究,占领基因功能注释新领地等可能应对的策略。
- 杨丽萍闫秀娟王洪展王米渠
- 关键词：对接
- 家族性肾阳虚的基因功能富集分析被引量：1
- 2009年
- 在临床调查中筛选出一个典型肾阳虚证家系,选取典型肾阳虚证患者3例及家系内正常人3例进行表达谱芯片试验.芯片分析结果显示,肾阳虚证者表达上调基因106条,下调基因16条.通过基因功能分类及深入的基因功能富集分析发现,肾阳虚证与GnRH信号通路及氧化磷酸化密切相关(P≤0.05),从而为肾阳虚证本质的研究提供了新的思路,但具体的机制有待深入研究.
- 刘明丁维俊蔡欣张天娥李炜弘王米渠
- 关键词：肾阳虚证家系氧化磷酸化
- 家系虚寒证与非家系虚寒证基因表达谱比较研究被引量：4
- 2011年
- 目的:探讨家系虚寒证与非家系虚寒证在宏观证候及微观基因表达的异同。方法:利用Array Tools和FatiGO等生物信息学软件挖掘基因表达谱数据,获得差异基因、差异功能类及差异分子通路。结果:家系虚寒证和非家系虚寒证在宏观证候和临床表现上没有显著差别,但基因表达水平上显著不同,家系虚寒证和非家系虚寒证差异表达的基因分别有136条和138条,其中只有2条相同,分别为NM003370、NM005252;家系虚寒证组差异功能分布相对集中,主要和能量代谢密切相关,而非家系虚寒证组差异功能分布比较广泛;家系虚寒证的差异通路有3条,而非家系虚寒证组差异通路有8条,二者没有相同的差异通路。结论:家系虚寒证和非家系虚寒证差异表达的基因种类、在染色体上的分布、影响的功能及通路都不相同。对家系虚寒证的基因表达谱分析只能适用于该家系病因分析,对非家系虚寒证的发生机制还需相关的实验研究。但可借鉴研究家系虚寒证基因表达谱的方法。
- 杨丽萍陈四清丁维俊王米渠
- 关键词：基因表达谱家系差异基因功能模块
- 用特征功能模块法挖掘一个虚寒证家系的基因表达谱被引量：7
- 2010年
- 目的:利用基因表达谱与基因功能知识识别虚寒证相关的差异基因与功能模块,从功能模块水平研究虚寒证发生的分子机制。方法:用Array Tools筛选差异表达基因,并检验分类效果,再利用Gene Ontology(基因本体,GO)工具,将特征基因进行功能注释,选择显著聚集差异表达基因的功能模块;识别其中能够有效分类疾病样本的特征功能模块,并分析它们与虚寒证的关联。结果:用25个差异基因分类样本准确率在93%,用11个功能模块分类样本准确率在87%-100%之间。结论:这些特征功能模块与虚寒证的发生有一定的关联性。基于特征功能模块法研究基因表达谱更有利于对疾病的阐释。
- 杨丽萍黄睿张洛欣王米渠吴伟
- 关键词：基因表达谱基因本体功能模块特征基因
