博士科研启动基金(30400247)
- 作品数：14 被引量：162H指数：8
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- 黄瓜叶绿体基因组全序列微卫星分布特征与标记开发被引量：11
- 2009年
- 对黄瓜叶绿体基因组(chloroplast genomic DNA,cpDNA)全序列中微卫星(chloroplast simple sequence repeat,cpSSR)的分布特征进行了全面分析。结果发现,cpSSR主要分布在25～40kb和100～130kb两个区域,主要以完全重复和间隔重复为主。单碱基重复最多,占总数的79.3%,二碱基重复占10.1%,三碱基和三碱基以上重复仅占10.6%。单碱基重复主要以(A)n和(T)n为主,二者共占总数的78.8%,二碱基重复主要是(AT)n,占总数的9.3%。在重复次数分布上,完全重复的(A)n和(T)n均以最低重复次数为主,而间隔重复的(A)n和(T)n以14次或15次为多。设计了6对引物,对7份黄瓜自交系cpDNA进行扩增。结果发现,6对引物均有扩增产物,每对引物平均能检测到2.2个等位基因。几乎所有引物都能在甜瓜、西瓜、葫芦和栝楼中通用,5对引物在1～4种远缘种中有扩增产物。上述结果表明,从黄瓜cpDNA中发掘cpSSR标记是一条可行的途径。
- 胡建斌李建吾梁芳芳刘颖
- 关键词：黄瓜叶绿体基因组微卫星
- 黄瓜DAMD反应体系的建立及种质遗传资源研究被引量：8
- 2010年
- 通过L16（45）正交试验,研究Mg^2＋、dNTPs、Taq酶、引物和模板DNA对黄瓜DAMD（direct amplificationof minisatellite region DNA）反应的影响.结果表明,适宜的DAMD反应体系包括1×Taq酶缓冲液、1.5 mmol/LMg^2＋、0.25 mmol/L dNTPs、1.2 UTaq酶、2.0μmol/L引物和10-80 ng模板DNA,总体积20μL.采用该体系并结合温度梯度PCR,确定了15种小卫星核心DNA引物的适宜退火温度.利用这些引物对20份不同类型的黄瓜材料进行扩增,引物平均检测到10.2个位点,平均多态性位点7.3个,平均多态性百分率71.4%.PCA分析表明,20份材料明显可分为3个区域,第I区包含绝大部分华南型黄瓜,第II区包含绝大部分华北型黄瓜,第III区为野生型黄瓜.此结果与SSR标记的研究结果基本一致,证明本实验构建的DAMD反应体系的稳定性及DAMD标记的可行性.
- 胡建斌张帆李贞煌李雅鸽刘丹花王建丽李建吾
- 关键词：黄瓜正交设计DAMD种质资源
- 薄皮甜瓜表型性状的主成分分析被引量：22
- 2010年
- 对不同来源的34份薄皮甜瓜品种的19个表型性状进行了主成分分析。结果表明,果实形态和品质相关性状变异系数较大,是薄皮甜瓜表型变异的主要来源,其中果形指数变异系数最大,达80.13%。19个表型性状可归为6个主成分,即果形因子、植株生长因子、品质因子、熟性因子、单果重因子和种子形态因子,其累计贡献率为80.832%。根据主成分值对供试材料的主要性状进行综合评价,王海、十道梨、金巴齿、甜梨王、花脆瓜等10个品种综合表现优良。
- 胡建斌马肖静李琼
- 关键词：薄皮甜瓜表型性状主成分分析甜瓜品种果实形态表型变异
- 盾叶薯蓣ISSR-PCR扩增条件研究被引量：8
- 2008年
- 以盾叶薯蓣的叶片制备ISSR-PCR DNA模板。通过单因子试验分别研究了模板DNA质量和浓度、Mg2+浓度、Taq酶用量、dNTPs浓度以及退火温度对盾叶薯蓣ISSR-PCR扩增的影响,建立了适宜于盾叶薯蓣的ISSR反应体系和扩增参数,即15μL反应体系中包括:20 ng/L模板DNA,1×Taq酶缓冲液,1.0 UTaq聚合酶,2.5 mmol/L MgCl2,0.2μmol/L引物和0.3 mmol/L dNTPs。并从46个ISSR引物中筛选出10个带纹清晰、多态性丰富的引物,并确定了这些引物的适宜退火温度。
- 胡建斌李静李琼孙治强
- 关键词：盾叶薯蓣ISSR-PCR种质资源
- 甜瓜EST序列中微卫星的分布特征被引量：16
- 2009年
- GenBank中35547条甜瓜EST经去冗余处理后,得到总长度为250.3Mb的无冗余EST34438条。这些序列中有2813个微卫星简单重复序列(Simple sequence repeat,SSR),分布于2107条EST中,出现频率为8.16%,平均分布距离为8.90kb。三核苷酸重复是主导重复类型,占SSR总数的47.14%;其次是二核苷酸和单核苷酸重复,分别占SSR总数的20.72%和16.99%。AAG/TTC是优势重复基元,占微卫星总数的29.26%,AG/CT和A/T分别占14.61%和16.25%。在所有的SSR中,重复次数为4～10次的占70.32%,长度为12～20bp的占51.12%。并对这些SSR的多态性潜能进行了评价。
- 胡建斌刘颖王兰菊李建吾
- 关键词：甜瓜EST序列微卫星
- 黄瓜cpSSR-PCR反应体系优化及应用被引量：1
- 2009年
- 叶绿体微卫星(chloroplast microsatellite,cpSSR)是近几年发展起来的新型高效分子标记,在植物系统发育和基因漂移研究中有广泛应用。在前期开发黄瓜cpSSR引物的研究基础上,本文研究了Taq酶量、MgCl2浓度、dNTPs浓度、模板DNA质量和浓度、循环次数等参数对cpSSR-PCR扩增效果的影响,获得优化的反应体系,即15μL体积包括:1×Taq酶缓冲液,0.5UTaq聚合酶,0.2μmol/L引物,0.2mmol/LdNTPs,1.5mmol/LMgCl2,约10ng模板DNA,循环25次。采用该优化体系,以已开发的黄瓜cpSSR引物,对12份黄瓜材料进行了重复性PCR扩增。结果发现国外种质中存在3种单倍型,而在国内种质中只检测到2种单倍型,说明在本研究所用的材料中,国外种质叶绿体遗传差异明显大于国内栽培种。此结果说明优化的cpSSR反应体系具有稳定性和可靠性。
- 胡建斌梁芳芳李建吾袁鸣董小结侯卫真
- 关键词：黄瓜CPSSR单倍型
- 黄瓜基因组EST-SSRs的分布规律及EST-SSR标记开发被引量：21
- 2008年
- 从NCBI网站下载黄瓜EST序列6 344条及本课题组对黄瓜叶片cDNA文库测序研究所得的EST 163条,在除去载体、polyA/T等序列后得到6 129条无冗余EST序列,全长为2.98×106bp.采用网络软件SSRIT从这些序列中搜索到784个SSR,分布于673条EST中,出现频率为12.79%,平均分布距离为3.80 kb;单、二和三核苷酸重复是主导类型,分别占EST-SSRs总数的32.91%、28.19%和29.34%;A/T、AG/CT和AAG/CTT分别是单、二和三核苷酸的优势重复基元,分别占EST-SSRs总数的32.40%、20.66%和14.41%.经现已报道的评价方法分析表明,这些EST-SSRs具有较好的多态性和可用性.设计了30对EST-SSR引物对22份黄瓜材料进行PCR检测,18对引物检测到多态性.根据PCR结果,这些材料被聚为三类,聚类结果与材料本身特性一致.结果说明通过黄瓜EST数据库发掘SSR标记是一条可行的途径.
- 胡建斌李建吾
- 关键词：黄瓜EST-SSR多态性
- 黄瓜EST-SSR位点信息被引量：12
- 2008年
- 从NCBI网站下载6344条黄瓜EST，通过前处理得到全长为2．91×10^6bp的无冗余EST6033条。利用SSRHunt-er软件从这些序列中搜寻到729个SSR，分布于667条EST中，出现频率为12．08％，分布频率为1／3．99kb。单、二和三核苷酸重复是主导类型，三者共占总数的89．71％。A／T、AG／CT和AAG／CTT分别是单、二和三核苷酸的优势重复基元，分别占总数的29．77％、21．12％和14．95％。黄瓜EST-SSR以4～10次重复为主，基序长度主要集中于12～20bp。最后对这些EST-SSR的多态性潜能进行了评价。
- 胡建斌李建吾
- 关键词：黄瓜EST-SSR
- 薄皮甜瓜果实相关性状的灰色关联分析被引量：13
- 2010年
- 采用灰色关联分析法对15个薄皮甜瓜品种的9个果实相关性状进行了分析。结果表明,与产量关联度最大的性状是单果重、果肉厚和种子千粒重;与单果重关联度最大的性状是果肉厚、首花节位和种子千粒重;与可溶性固形物含量关联度最大的性状是首花节位、果横径和种子千粒重;与果形指数关联度最大的性状是果纵径、单果重和首花节位。
- 胡建斌李琼李静
- 关键词：薄皮甜瓜灰色关联分析
- PAGE凝胶制备方法和银染方法的改进被引量：18
- 2009年
- PAGE凝胶分析技术已广泛运用于小分子量PCR产物的分离,但因操作环节多、耗时长,不利于大规模分子标记分析工作的开展。对PAGE凝胶的制备和银染方法作些改进,省去常规凝胶制备中亲和硅烷/剥离硅烷处理过程,以及常规银染过程中的固定和定影两步骤。与常规方法相比,该方法操作简便、耗时短、带谱的分辨率高,可代替常规方法用于SSR等标记的PCR产物的分离。
- 胡建斌李静袁鸣胡深李建吾
- 关键词：聚丙烯酰胺凝胶银染方法SSR标记
