河南省高等学校青年骨干教师资助计划项目(2010GGJS-072)
- 作品数：9 被引量：88H指数：6
- 相关作者：郭大龙张国海刘崇怀侯小改李猛更多>>
- 相关机构：河南科技大学中国农业科学院郑州果树研究所中国洛阳国家牡丹基因库更多>>
- 发文基金：河南省高等学校青年骨干教师资助计划项目国家自然科学基金河南省高校科技创新团队支持计划更多>>
- 相关领域：农业科学生物学更多>>
- EST-SNP开发软件特性分析及比较被引量：2
- 2011年
- 利用生物信息学软件,对表达序列标签(EST)序列进行单核苷酸多态性(SNP)开发目前已较为普遍,其方法简单实用,且软件数量较多,可分为需要测序峰图的SNP开发软件和不需要测序峰图的SNP开发软件。对有测序峰图的序列进行SNP开发,操作步骤较少且结果较为精确;对无测序峰图的序列进行SNP开发可大批量操作且成本较低。本文针对这两类软件进行分析比较,阐述EST-SNP开发流程,重点分析以公共数据库中EST序列为基础的SNP开发过程,并对其各种使用参数加以说明,旨在为EST-SNP开发提供参考,提高效率。
- 李猛郭大龙刘崇怀张国海
- 关键词：SNPEST序列
- 葡萄SNP标记的CAPS和TSP分析被引量：8
- 2013年
- 为了建立起葡萄SNP标记分析的一般方法和探索EST-SNP标记在葡萄中的应用,对前期开发的葡萄EST-SNP位点进行了筛选,设计了28对CAPS(cleaved amplified polymorphic sequences,酶切扩增多态性序列)标记引物和22对TSP(Temperature-switch PCR,温度转变PCR)标记引物,并在31份葡萄材料中进行了分析,其中20对CAPS引物和10对TSP引物电泳条带较清晰,多态性较好。基因分型统计显示:所有的SNP位点均含有2个等位基因,平均多态性信息含量(PIC)为0.336,平均Shannon’s信息指数为0.511。基因分型和葡萄材料聚类结果均显示这两种方法所获结果提供的信息量大且结果可靠。本方法简便、成本低,可作为SNP分型有效方法用于葡萄品种鉴定、基因分型和遗传多样性分析等。
- 郭大龙李猛张国海郭明晓
- 关键词：葡萄单核苷酸多态性
- 葡萄种质资源初级核心群的构建被引量：19
- 2012年
- 以国家果树种质郑州葡萄圃保存的867份栽培种质为材料,对47项表型性状进行了主成分分析。采用欧氏遗传距离、离差平方和法进行种质初选。采用分组和逐步聚类法,分别以15%、20%、25%和30%的比例抽样,依次获得124、170、205和252份种质。通过对初选种质的遗传多样性指数、表型保留比例的分析,检验初级核心群的构建效果。结果表明,按种质类型分组,组内采用平方根策略、15%抽样比例获得的124份初选种质的表型保留比例和遗传多样性代表性均达到96%,表明构建的初级核心群对原始种质具有很好的代表性。
- 刘鑫铭刘崇怀樊秀彩郭大龙张国海孙海生
- 关键词：葡萄种质
- 葡萄EST-SNP位点的信息与特征被引量：6
- 2012年
- 为了从不同基因型葡萄组织的表达序列标签(EST)中得到候选单核苷酸多态性(SNP)位点,从NCBI的dbEST数据库中下载来源于9个不同葡萄基因型的不同组织EST序列42 493条,利用CAP3软件拼接得到6 126个重叠群(contig),将拼接结果导入QualitySNP进行SNP筛选;同时,为提高候选SNP位点的可靠度,降低小规格contig开发SNP的假阳性率和大规格contig开发SNP的假阴性率,设置候选SNP位点的次要等位基因频率至少为30%,SNP侧翼序列保守度至少为5bp。结果表明:仅在1 195个contig中存在候选SNP位点,共5 032个,其中包括1 800个颠换类型,2 896个转换类型,336个单碱基的插入与缺失(indel),SNP的平均出现频率为4.2SNP.contig-1。利用CAPS(酶切扩增多态序列)分子标记和重测序方法对其中几个候选SNP位点进行验证表明,符合人工筛选原则且来自于小规格contig的候选SNP位点检测结果较好,可靠度最高。
- 李猛郭大龙刘崇怀张国海侯小改
- 关键词：葡萄表达序列标签单核苷酸多态性
- 牡丹EST资源的SSR信息分析被引量：7
- 2011年
- 首先对NCBI数据库下载获得的2 204条牡丹EST序列进行比对,去冗余后得到1 658条牡丹EST序列,然后利用MISA软件对这些序列进行筛查,结果在其中901条EST序列中发掘出1 111个SSR,出现频率为67.00%,平均每1 004 bp出现1个SSR。在牡丹EST–SSR中,单核苷酸重复是最主要的重复类型(89.38%),其次是二核苷酸重复(6.67%)和三核苷酸重复(3.78%),四核苷酸重复和六核苷酸重复分布极少,没有五核苷酸重复。A/T是优势重复基元,占微卫星总数的87.76%。牡丹EST–SSR基元类型的重复次数主要集中在6～30次,其基元长度主要集中在26～31 bp。
- 侯小改王娟郭大龙刘改秀马慧丽王小燕
- 关键词：表达序列标签简单重复序列
- 牡丹反转录转座子RT基因的分离与序列分析被引量：3
- 2012年
- 以牡丹基因组为模板,利用简并引物进行PCR扩增,得到了编码Ty1-copia类反转录转座子反转录酶(RT基因)的序列,测序后所得序列长度为240 bp,包含2个开放读码框,共编码63个氨基酸。经NCBI中BLAST比对结果显示,洛阳红牡丹RT基因与枸杞、甜菜等RT基因的同源性均在70%以上。经MEGA和DNAstar软件分析表明,该片段在进化上与梅、杨、茶和苹果等落叶木本植物的同源性序列存在更高的同源性和更近的亲缘关系,与枸杞、鹰嘴豆、番茄、草莓等草本植物的同源性序列亲缘性较远。
- 贾甜甜郭大龙侯小改刘改秀王丽娜张修铭李双双
- 关键词：反转录转座子克隆
- 牡丹Ty3-gypsy类反转录转座子反转录酶序列的克隆及分析被引量：13
- 2013年
- 根据 Ty3-gypsy 反转录转座子反转录酶的保守序列设计简并引物,从中原牡丹(Paeonia suffruticosa Andrews)品种‘洛阳红’和野生种卵叶牡丹(Paeonia qiui Y. L. Pei et D. Y. Hong)中扩增出430 bp 左右的目标片段。目的条带经回收、克隆、测序及相关生物信息学软件进行序列分析后,获得了13 条来自牡丹的 Ty3-gypsy 反转录转座子反转录酶序列。这些核苷酸序列具有较高的异质性,主要表现为缺失突变,序列长度变化范围为 412 ～ 446 bp,同源性范围为 71.5% ～ 94.8%。翻译成氨基酸后,有 12 条序列出现 1 ～ 9 个不同程度的终止密码子突变,3 条序列出现移框突变。其核苷酸序列经过系统聚类后可分为 6 个家族。将其氨基酸序列与已登录的不同物种 Ty3-gypsy 反转录转座子反转录酶的氨基酸序列进行聚类分析,结果表明与其他植物具有较高的同源性,表明它们间可能存在着 Ty3-gypsy 反转录转座子的横向传递。
- 侯小改郭大龙黄燕梅张曦
- 关键词：反转录酶
- 葡萄核心种质的构建被引量：28
- 2012年
- 【目的】在已建立的葡萄初级核心种质的基础上,利用SSR分子标记技术构建葡萄核心种质。【方法】利用M策略(Core Finder和Power Core)、遗传距离法(least distance stepwise sampling,LDSS和geneticdistance optimization,GDOPT)和Core Hunter法构建核心种质,并对He、Ho和I值等遗传多样性指数和方差差异百分率(VD%)、均值差异百分率(MD%)、极差符合率(CR%)和变异系数变化率(VR%)等表型指标进行统计检验,同时采用SSR和SRAP分子标记的主坐标分析对其进行确认。【结果】M策略构建的核心种质能保留初级核心种质全部的等位基因,遗传距离法抽取的核心种质对原始种质具有较好的代表性。为使所构建的核心种质具有最大的遗传距离和最大的遗传多样性,对M策略、遗传距离法和Core Hunter法构建的核心种质进行了合并,48份葡萄核心种质以最少的种质材料保留了初级核心种质96.21%的等位基因,以5.53%的取样比例代表了原始整体种质92.90%的遗传多样性。【结论】经分子和表型检验,所构建的核心种质具有较好的代表性和遗传多样性。同时本研究所采用的方法对其它作物核心种质的构建具有重要的参考价值。
- 郭大龙刘崇怀张君玉张国海
- 关键词：葡萄核心种质SSRSRAP
- DNP处理对巨峰葡萄浆果贮藏品质的影响被引量：3
- 2013年
- 为了研究不同浓度解偶联剂2,4-二硝基苯酚(DNP)处理对巨峰葡萄浆果贮藏品质的影响,分别用0.05 mmol/L、0.10 mmol/L和0.20 mmol/L DNP浸泡葡萄果实30 min,以蒸馏水处理为对照,果实晾干后用0.015mm厚的聚乙烯薄膜袋密封包装,在4℃下贮藏。定期测定贮藏期间果实的硬度、可溶性固形物(TSS)含量、呼吸速率、丙二醛(MDA)含量、抗坏血酸过氧化物酶(APX)活性和抗坏血酸(AsA)含量的变化。结果表明:适宜浓度的DNP处理能够显著抑制葡萄果实贮藏过程中呼吸强度的上升;显著地抑制果实组织中MDA含量的增加;显著地抑制果实TSS含量的下降;延缓果肉中AsA含量的下降,抑制APX活性的降低。DNP处理对葡萄果实具有较好的保鲜效果,能维持较好的贮藏品质。
- 柳菁郭大龙王苗苗曹欣程小培
- 关键词：葡萄DNP贮藏
