福建省自然科学基金(2013J05045)
- 作品数：3 被引量：6H指数：2
- 相关作者：谢礼洋刘生财赖钟雄匡华琴柳燕更多>>
- 相关机构：福建农林大学更多>>
- 发文基金：福建省自然科学基金中国博士后科学基金福建省教育厅A类人文社科/科技研究项目更多>>
- 相关领域：农业科学更多>>
- 苋菜amaAG基因克隆与生物信息学分析被引量：4
- 2017年
- 以苋菜种子为初始材料,通过离体培养获得苋菜各阶段试管苗,利用实验室构建的苋菜开花过程转录组数据库(NCBI SRA number:SRR924089,SSR924090,SRR924091,SRR924092),采用RT-PCR结合RACE技术进行ama AG基因全长c DNA序列克隆,然后对其进行生物信息学分析。结果表明,苋菜ama AG基因全长为1 123 bp,其中5'UTR 122 bp,3'UTR 243 bp,poly A尾长17 bp,并包含一个741 bp的开放阅读框,编码246个氨基酸。通过生物信息学分析可知,该蛋白属于亲水蛋白,但不是稳定蛋白;属于MADS和K-box超级家族,包含MADS_MEF2-like和K-box功能位点,与植物开花相关。ama AG基因差异表达分析表明,该基因是在开花期表达量最高。说明本研究已获得了苋菜ama AG基因,这为将来深入研究其功能奠定了基础,也为研究苋菜开花分子机制提供参考。
- 柳燕谢礼洋赖钟雄刘生财
- 关键词：苋菜克隆开花生物信息学
- 苋菜试管苗amaNACA 2-like基因克隆及生物信息学分析被引量：2
- 2014年
- 以苋菜试管苗为材料,采用RT-PCR结合RACE技术进行amaNACA-2 like基因全长cDNA序列克隆,对其进行生物信息学分析。结果表明,苋菜amaNACA-2 like基因cDNA全长为896 bp,其中5'UTR 66 bp,3'UTR216 bp,poly A尾长17 bp,并包含一个615 bp开放阅读框,编码205个氨基酸。GenBank登录号为KC588966。生物信息学分析表明,该蛋白是一种亲水性细胞质蛋白,包括10个磷酸化位点和8个功能位点;该蛋白属于NAC蛋白超级家族(NAC superfamily),包含NAC功能位点,同时包括一段UBA超家族结构域;其二级结构由α螺旋、无规则卷曲结构、延伸链和β转折组成;系统进化树分析表明苋菜amaNACA 2-like蛋白独立形成一个分支,但与其他物种间亲缘关系较近,说明NACA 2-like蛋白在生物进化过程中比较保守。研究amaNACA-2 like基因克隆和生物信息学分析,可为深入研究其功能奠定基础。
- 刘生财匡华琴谢礼洋赖钟雄
- 关键词：苋菜试管苗LIKE克隆生物信息学
- 苋菜试管苗ama-miR319b前体的克隆及其在苋菜试管苗发育过程中的表达分析
- 2014年
- 试验以苋菜试管苗及该试管苗发育过程中各阶段培养物为材料,进行miR319b前体的克隆及其在苋菜试管苗发育过程中的qPCR分析.结果表明:采用RT-PCR法克隆到苋菜miR319b前体序列,长186bp.该前体与烟草、苜蓿等miR319b前体序列具有较高的同源性,并包含长21bp的miR319b的成熟序列;利用qPCR技术研究显示,该miRNA在苋菜试管苗发育过程中的表达具有特异性,在幼苗期时相对表达量最低,而在壮苗期和花芽期相对表达量迅速增加,且在花芽期时达到最高值;进入开花期,其相对表达量又呈下降趋势,但略高于壮苗期.说明ama-miR319b前体在苋菜幼苗期向壮苗期转变及花芽期向开花期转变阶段可能起重要作用,这为将来进一步研究其功能奠定了基础.
- 刘生财匡华琴谢礼洋赖钟雄
- 关键词：苋菜克隆
