国家高技术研究发展计划(2011AA100402)
- 作品数：9 被引量：25H指数：3
- 相关作者：孙效文郑先虎曹顶臣吕伟华匡友谊更多>>
- 相关机构：中国水产科学研究院黑龙江水产研究所上海海洋大学大连海洋大学更多>>
- 发文基金：国家高技术研究发展计划公益性行业(农业)科研专项黑龙江省自然科学基金更多>>
- 相关领域：农业科学生物学更多>>
- 镜鲤肌肉品质性状的微卫星标记分析被引量：3
- 2013年
- 利用233个微卫星标记检测镜鲤(Cyprinus carpio L.)一个家系的107尾个体的基因型,采用GLM方法对肌肉脂肪含量和蛋白质含量4种经济性状进行单标记回归分析。Permutation检验结果显示:有17个标记分别与肌肉脂肪和蛋白质含量具有显著相关性(P<0.05),其中,有4个标记(HLJ030、HLJ2560、HLJ3633,和HLJ3554)与肌肉蛋白质含量呈极显著相关(P<0.01),表明这些标记与性状间可能存在连锁关系。对同一标记不同基因型之间进行了多重比较,找到了与这两种性状相关的优势基因型,为鲤的肌肉品质性状选育提供了有效的依据。
- 吴景郑先虎匡友谊吕伟华曹顶臣孙效文
- 关键词：镜鲤微卫星肌肉脂肪含量
- 鲤食物转化率相关候选基因ffar3序列与表达分析被引量：1
- 2020年
- FFAR3(Free fatty acid receptor 3)是一类短链脂肪酸和重要的能量来源,可调节机体内脂肪形成和动物肠道对营养物质的吸收。体质量约200 g的1龄鲤Cyprinus carpio投喂后0 h(对照组)、2 h、4 h和6 h分别取5尾鱼,用MS-222麻醉解剖取适量脑、肠、肝脏和肌肉等新鲜组织,用SuperScript Ⅲ First-Strand Synthesis System for RT-PCR试剂盒(Invitrogen)和定量PCR试剂盒One Step SYBR■Prime ScriptTM RT-PCR Kit Ⅱ(TaKaRa)等测定了鲤ffar3序列及其表达。结果表明:鲤ffar3基因全长为3318 bp,具有一个长度为990 bp的开放式阅读框,编码329个氨基酸;含有7个跨膜螺旋结构区域,与斑马鱼Danio rerio的相似性最高,达94.19%;与人类Homo sapiens、小鼠Mus musculus、半滑舌鳎Cynoglossus semilaevis、虹鳟Oncorhynchus mykis、斑点叉尾鮰Ictalurus punctatus、牙鲆Paralichthys olivaceus、大刺鳅Mastacembelus armatu及青鳉Oryzias melastigma等物种相似性差异不大,同源性介于70.37%~78.46%之间。分子进化树分析表明,所有硬骨鱼类ffar3基因与哺乳动物ffar3基因分属于系统树的2个分支。硬骨鱼类分支中,不同物种形成2个亚支。鲤ffar3基因聚在斑马鱼、剑尾鱼Xiphophorus couchianus、半滑舌鳎和斑点叉尾鮰的分支中。组织表达结果显示,ffar3基因在肠中表达量最高,肌肉和脑中次之,而在肝组织中表达量最小。进食后不同时间在脑、肠和肌肉中表达量差异显著,进食2 h脑中基因表达量最高,随着时间的推移,在4 h和6 h基因的表达量递减;而在肠和肌肉中,进食后2~6 h基因表达量升高,6 h时表达量最高。本研究结果表明:ffar3基因参与鲤摄食调控。
- 张晓峰栾培贤户国
- 关键词：基因表达
- 镜鲤多家系体长和体质量QTL定位分析被引量：1
- 2014年
- 为了克服单个家系数量性状位点（QTL）检测效率低、假阳性高等缺点,实验利用250对微卫星（SSR）标记对镜鲤8个全同胞家系的522尾子代进行基因组扫描,采用半同胞家系的分析策略对镜鲤体长（SL）和体质量（BW）性状进行QTL分析。结果显示,基于父系的QTL分析,共检测到4个QTL区间,其中,3个体长的QTL中,1个为95%基因组水平（genome-wide）显著性,位于LG24,可解释表型变异率为20.3%;其余2个均为95%染色体水平（chromosome-wide）显著性,分别位于LG6和LG30,可解释表型变异率分别为11.9%和11.6%。1个体质量的QTL达到99%基因组水平,位于LG24,可解释表型变异率达到38.3%,且与体长QTL区间重叠。基于母系的QTL分析,共检测到8个QTL区间,其中,5个体长的QTL中,1个为99%染色体水平,位于LG8,可解释表型变异率为16.6%;其余4个均为95%染色体水平,分别位于LG24、LG30、LG31和LG45,可解释表型变异率为9.6%～14.2%,且位于LG24和LG30上的QTL为父母本共有;3个体质量的QTL均与体长QTL区间重叠,1个为95%染色体水平,位于LG24,其余2个均为99%染色体水平,位于LG30和LG45,可解释表型变异率分别为14.1%和13.6%。进一步分析发现,位于LG24上的体长和体质量QTL区间重叠且均为父母本共有,体质量的3个QTL均与体长QTL存在重叠区域且呈现成簇分布的特点。本研究结果不仅可以为鲤分子育种提供更可靠的标记,而且为家系和品种间QTL变异规律的探索提供基础数据。
- 郑先虎匡友谊吕伟华曹顶臣冬方孙效文
- 关键词：镜鲤体长体质量QTL
- 基于整合图谱的鲤生长相关性状QTL的分布及变异规律被引量：2
- 2013年
- 单个群体数量性状位点(QTL)的检测和识别效率通常是有限的,而多个群体能提高QTL的检测效率并能更好地了解其等位基因的变异和分布.本研究利用4个群体构建了鲤鱼的整合图谱,在此基础上比较分析了不同群体QTL的分布及变异.整合图谱长度为2371.6cM,包含257个微卫星(SSR)和421个SNP标记分布于42个连锁群,平均标记间隔为3.7cM.将4个群体的体重、体长、体高和体厚共67个QTL定位到整合图谱上进行比较分析,发现仅有1个QTL为3个群体共享,9个QTL为2群体共享,未发现4个群体均共享的QTL.QTL的比较分析结果表明,共享QTL可能在控制不同鲤鱼种质间生长性状中起主要作用.此外,探讨了QTL在不同群体间变化的原因和规律,同时揭示了主效和微效基因在不同群体中的遗传表现,为QTL定位策略和分子育种改良鲤生长性状提供理论基础.
- 郑先虎匡友谊吕伟华曹顶臣张晓峰李超鲁翠云孙效文
- 关键词：生长性状
- 鲤鱼6个群体间MHCⅡB基因第3外显子的多态性分析被引量：1
- 2012年
- 根据已克隆的鲤鱼MHC Ⅱ B基因序列,设计1对特异性引物,采用PCR-SSCP方法对6个鲤鱼群体MHC Ⅱ B基因第3外显子108 bp扩增片段进行多态性分析,结果共获得7种基因型（A-G）,其中基因型为B型的个体数占所有群体总个体数的47.45%,且分布于所有群体,其它6种基因型出现频率范围为1.1%~17.15%。回收不同基因型的片段并测序,经比对共发现4个碱基多态位点和3个氨基酸多态位点。易捕鲤和大头鲤两群体中各发现4个突变位点（占3.7%）;松荷鲤、松浦鲤和德国镜鲤群体各发现3个突变位点（占2.7%）;松浦镜鲤群体仅发现2个突变位点（占1.8%）。用Popgene软件计算每个群体不同位点的杂合度和多态信息含量（PIC）,6个鲤鱼群体的观测杂合度（Ho）最大值为0.746 4,最小值为0.103 7;多态信息含量为0.062 3~0.360 9。该研究将为今后深入研究鲤鱼MHC基因多态性及与鲤鱼抗病新品种的选育提供理论依据。
- 闵霞贾智英李池陶李飞石连玉
- 关键词：MHC鲤鱼多态性
- 黑龙江野鲤与德国镜鲤杂交组合的亲子鉴定分析被引量：7
- 2012年
- 利用微卫星多态性进行鱼类亲子鉴定,在鱼类选育中具有重要意义。采用8个微卫星标记对黑龙江野鲤♀×德国镜鲤♂(正交组合),及德国镜鲤♀×黑龙江野鲤♂(反交组合)进行亲子鉴定。结果显示:(1)正交组中父母本和子代观测杂合度分别为0.607 1、0.714 3和0.681 8,多态信息含量依次为0.442 1、0.281 3和0.553 5;反交组中父母本和子代观测杂合度分别为0.708 3、0.538 6和0.743 8,多态信息含量依次为0.673 5、0.375 9和0.624 1,表明8个位点具有较高的多态性。(2)正交组中,8个位点累计排除率为99.92%,亲本与子代的配对率为98.00%(置信度为95%);反交组中,8个位点累计排除率为99.99%,亲本与子代的配对率为99.00%(置信度为95%)。(3)关于使用微卫星标记数与鉴定率的探讨,对3、4、5、6、7、8个微卫星标记时的累计排除率和亲子配对率进行比较,结果表明,正反交组分别利用6和8个多态性良好的引物就能正确鉴定。研究亮点:(1)将亲子鉴定技术运用在黑龙江野鲤和德国镜鲤杂交育种过程中,能够更加准确地构建家系,有效地避免近亲交配,防止种质退化;(2)对微卫星标记数与鉴定率的探讨结果表明,正反交组分别利用6和8个多态性良好的引物就能正确鉴定。
- 葛会争贾智英李池陶柏盈盈武耀石连玉
- 关键词：微卫星多态性亲子鉴定
- 鲤抗病育种研究进展被引量：6
- 2012年
- 尽管鲤养殖业取得了巨大成就,但病害问题仍然是其发展所面临的一个重要制约因素。病害防控方法,主要有环境防控、药物控制和疫苗法,而运用遗传改良来提高鲤抗病力被认为是一种切实可行的方法。虽然以提高生长为目的的多项鲤育种计划已经取得了成功,但有关抗病育种相关研究仍处于起步阶段。利用鲤群体所存在的有益遗传变异,选择合适的育种方法,积极开展抗病选育应该是今后鲤养殖业所必须关注的重要研究内容。从环境胁迫对抗病性状的影响、抗病性状的遗传学基础、抗病性状与其他性状的关系、抗病性状的测定、抗病育种具体方法等方面较系统地介绍了利用遗传改良来提高鲤抗病力的相关研究进展。研究亮点:抗病力是养殖鱼类一个重要经济性状,但由于基础研究薄弱、有效评价方法缺乏等原因,致使抗病选育工作远落后于以生长等性状为目标的育种研究。本文综述了鲤抗病育种相关研究进展,为鲤和其他鱼类的抗病育种工作提供了重要的参考。
- 贾智英石连玉孙效文
- 关键词：抗病力抗病育种
- 一种杂交鲤四种经济性状的QTL定位分析被引量：2
- 2013年
- 以柏氏鲤和荷包红鲤抗寒品系杂交F21个家系的92尾个体为材料,用300个微卫星(SSR)标记构建了遗传连锁图谱,其长度为2 471.7 cM,标记间平均间隔为10.75 cM,在此基础上对体长(SL)、体厚(BT)、体高(H)和体质量(W)进行QTL定位分析。共检测到17个QTL区间分布于6个连锁群。4个体长的QTL中,位于LG5、LG7和LG19的QTL为显著水平(P<0.05),位于LG32的QTL为极显著水平(P<0.01),可解释表型变异率为5.14%～10.2%;4个体厚的QTL中,位于LG11(两个QTL)和LG32上的QTL为显著水平(P<0.05),位于LG5的QTL达极显著水平(P<0.01),可解释表型变异率为6.42%～8.43%;6个体高的QTL中,LG5,LG10,LG11,LG19,LG32上的QTL为显著水平(P<0.05),LG7上达极显著水平(P<0.01),可解释表型变异率为5.92%～8.95%;3个体质量的QTL中,位于LG5和LG7上的为显著水平(P<0.05),可解释表型变异率为5.55%和8.36%,LG32上达极显著水平(P<0.01),可解释表型变异率为6.44%。本研究采用了两个不同品系的杂交子代为作图群体,丰富了QTL研究群体的多样化,为今后不同鲤品系或品种间的QTL在全基因组水平上的比较和共性QTL的发掘等奠定基础,进而指导鲤分子育种。
- 吕伟华匡友谊郑先虎曹顶臣李超鲁翠云孙效文
- 关键词：数量性状基因位点经济性状
- TLR9基因SNP位点检测及其在7种鲤中的遗传多样性研究被引量：2
- 2013年
- 采用直接测序法对7种鲤(Cyprinus carpio):德国镜鲤(C.carpio L.mirror)、松荷鲤(C.carpio L)、松浦鲤(C.carpio var.Songpu)、易捕鲤(C.carpio var.Yibu)、大头鲤(C.pellegrini T.)、松浦镜鲤(C.carpio var.Songpu mirror)和野鲤(C.carpio haematoperus)TLR9基因的SNP位点的多态性和遗传多样性进行了研究。结果显示,在292个个体中共检测出37个碱基变异位点,均位于基因外显子区域,占整个片段长度的0.84%,其中20个SNP位点为非同义突变。野鲤的碱基突变位点最多,松浦镜鲤的碱基突变位点最少(P<0.05),其他各品种间无显著性差异(P>0.05);野鲤的非同义突变位点最多,松浦镜鲤的非同义突变位点最少(P<0.05),其他各品种间无显著性差异(P>0.05)。稀有等位基因频率大于0.05时,经Hardy-Weinberg卡方检验结果显示各品种中除了德国镜鲤和松浦镜鲤外,大多数位点都处于平衡状态(P>0.05);各品种的PIC值处于中低度多态水平(PIC<0.5)。卡方检验分析结果显示,各品种间共有24个位点的基因型频率存在显著性差异(P<0.05),其中11个位点为非同义突变位点,这可能是影响TLR9基因免疫应答功能的原因。
- 柏盈盈贾智英葛会争李池陶张秋军石连玉
- 关键词：SNP
