国家自然科学基金(30500429)
- 作品数：12 被引量：46H指数：4
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- 相关机构：北京工业大学天津市疾病预防控制中心更多>>
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- 相关领域：医药卫生生物学理学更多>>
- 用分子对接方法研究HIV-1整合酶与病毒DNA的结合模式被引量：9
- 2008年
- 用分子对接方法研究了HIV-1整合酶(Integrase,IN)二聚体与3′端加工(3′Processing,3′-P)前的8bp及27bp病毒DNA的相互作用,并获得IN与27bp病毒DNA的特异性结合模式.模拟结果表明,IN有特异性DNA结合区和非特异性DNA结合区;IN二聚体B链的K14,R20,K156,K159,K160,K186,K188,R199和A链的K219,W243,K244,R262,R263是IN结合病毒DNA的关键残基;并从结构上解释了能使IN发挥活性的病毒DNA的最小长度是15bp.通过分析结合能发现,IN与DNA稳定结合的主要因素是非极性相互作用,而关键残基与病毒DNA相互识别主要依赖于极性相互作用.模拟结果与实验数据较吻合.
- 胡建平柯国涛常珊陈慰祖王存新
- 关键词：HIV-1整合酶病毒DNA分子对接药物分子设计
- 用分子模拟方法研究HIV-1整合酶突变体的耐药性机理(英文)被引量：2
- 2009年
- 二酮酸类化合物(DKAs)是目前最有前景的HIV-1整合酶(integrase,IN)抑制剂.为了解DKAs引起的多种耐药株共有的耐药性机理,选择3种S-1360引起的IN耐药突变体,用分子对接和分子动力学模拟,研究了野生型和突变型IN与S-1360的结合模式,基于该结合模式探讨了3种耐药突变体所共有的耐药性机理.结果表明:在突变体中,S-1360结合到耐药突变IN核心区中的位置靠近功能loop 3区却远离与DNA结合的关键残基,结合位置不同导致S-1360的抑制作用部分丧失;残基138到166区域的柔性对IN发挥生物学功能很重要,S-1360能与DNA结合的关键残基N155及K159形成氢键,这2个氢键作用降低了该区域的柔性,突变体中无类似氢键,因而该区域柔性增高;在突变体中,S-1360的苯环远离病毒DNA结合区,不能阻止病毒DNA末端暴露给宿主DNA;T66I突变导致残基Ⅰ的长侧链占据IN的活性口袋,阻止抑制剂以与野生型中相同的方式结合到活性中心,这均是产生抗药性的重要原因.这些模拟结果与实验结果吻合,可为抗IN的抑制剂设计和改造提供帮助.
- 张小轶何红秋刘斌王存新
- 关键词：耐药性HIV-1整合酶分子动力学
- 应用组合抗体结合磁珠个体化分选调节性T细胞
- 2008年
- 调节性T细胞的分选和体外扩增是制约其临床治疗的瓶颈问题。目前广泛使用的商品化调节性T细胞分选试剂盒价格昂贵，无法针对不同生物品系进行个体化的调整，造成分选效果不稳定；本研究建立的个体化分选方法基于相同原理，调整抗体用量和实验步骤，大大地节约了实验成本，并且可以针对不同生物品系，选配不同的抗体和调整抗体用量，以达到最佳的分选效果。
- 程绍辉朱效科宁铁林郑敏娜柏建芸
- 关键词：调节性T细胞细胞分选个体化磁珠体外扩增分选方法
- HIV-1 gp41蛋白与其抑制剂NB-2的结合模式
- 2010年
- 为了设计以HIV-1跨膜蛋白gp41为靶点的抑制剂,采用分子对接、分子动力学模拟及自由能计算方法研究了gp41与其抑制剂NB-2的结合模式,利用从头药物设计方法,通过改造NB-2的结构,设计了有效的gp41选择性抑制剂,并用分子对接方法评价了这些新化合物的结合模式和能力.从分子对接结果得到2种主要的NB-2与gp41的结合模式.分子动力学模拟和自由能计算结果表明,结合模式1优于模式2,所以模式1是比较合理的结合模式.从结合模式1出发设计了103个新的化合物,这些化合物具有已知gp41抑制剂所没有的结构特征且大部分化合物比NB-2与gp41的结合自由能低.得到的结合模式合理解释了NB-2与gp41的相互作用.
- 王存新丛肖静孔韧谭建军陈慰祖
- 关键词：HIV-1GP41抑制剂分子模拟
- 磁珠分离DNA技术检测HIV-1逆转录酶基因耐药性突变被引量：1
- 2008年
- HIV-1逆转录酶基因突变导致的耐药性严重影响了药物对病人的治疗效果,耐药性突变的检测对于指导合理用药具有重要意义。发展了一种检测HIV-1逆转录酶基因耐药性突变的新方法,在两步MS-PCR方法的基础上,引入磁珠分离DNA技术并结合酶联免疫吸附检测方法(ELISA)检测逆转录酶基因耐药性突变T215F和Y181C。结果显示:MS-PCR结合磁珠分离技术和ELISA具有较高的灵敏度和特异性,阳性/阴性比值(P/N值)达到要求,突变型模板检测限为5%左右,耗时短且能进行高通量检测。无论在HIV-1耐药性突变还是其它的点突变检测中,该方法都具有较好的临床应用前景。
- 程绍辉何红秋刘斌陈慰祖王存新
- 关键词：逆转录酶耐药性突变磁珠ELISA
- 基于吡咯烷与正丁烷类衍生物CCR5拮抗剂的药效团模型构建(英文)被引量：1
- 2007年
- 吡咯烷与正丁烷类CCR5(化学趋化因子受体5)拮抗剂可通过抑制人类免疫缺陷病毒(HIV-1)包膜蛋白与CCR5的相互作用而阻断病毒进入细胞.本文使用已知拮抗剂结构和活性信息构建了一个三维药效团模型.按照Catalyst/HypoGen模块的要求,选择了25个结构和活性均具备差异性的分子作为药效团产生的训练集.其中训练集分子以IC_(50)值表示的生物活性值跨度为0.06到10000 nmol·L^(-1).最好的药效团模型(Hypo 1)由两个正离子化特征以及三个疏水特征组成,训练集预测相关系数为0.924,均方根偏差为1.068.模型用于预测由74个分子组成的测试集化合物活性,结果表明模型可以提供较好的活性预测结果并用于新的拮抗剂的设计.
- 孔韧徐雪梅陈慰祖王存新胡利明
- 关键词：CCR5药效团模型
- HIV-1整合酶蛋白的可溶性表达及功能研究被引量：4
- 2006年
- HIV-1整合酶是HIV病毒复制中一个重要的酶,也是治疗艾滋病药物的一个重要靶点。为了开展以整合酶蛋白为靶点的抑制剂筛选,构建HIV-1整合酶重组质粒,在原核细胞中进行可溶性表达和功能研究。通过重叠PCR技术引入F185K和C280S突变于HIV-1B亚型标准株的整合酶cDNA片段中,PCR扩增片段克隆到pET-28a(+)表达载体中,构建重组质粒,在E.coli中进行整合酶基因表达,SDS-PAGE鉴定表达产物,亲和层析纯化蛋白,酶联免疫吸附实验方法测定整合酶的生物学活性。结果构建的重组质粒获得高效稳定的可溶性表达,ELISA实验证实该蛋白具有整合酶的3′切割DNA和5′链转移的活性。HIV-1整合酶蛋白的可溶性表达和活性研究为建立以整合酶为靶点的抗HIV药物筛选平台打下了基础。
- 程绍辉马晓慧何红秋刘斌陈慰祖王存新
- 关键词：HIV-1整合酶克隆ELISA
- 利用干血斑样品对1例HIV-1感染者进行辅助确认
- 2009年
- 程绍辉夏建晖宁铁林柳忠泉朱效科
- 关键词：艾滋病病毒I型基因片段测序分析
- HIV-1跨膜蛋白gp41五螺旋结构的原核表达
- HIV-1跨膜蛋白gp41在HIV-1包膜与靶细胞膜融合过程中发挥关键作用,是理想的HIV-1融合抑制剂靶点。为了开展以gp41为靶点的抑制剂筛选研究,本研究以HIV－1 B亚型病毒基因组为模板,通过PCR、酶切、连接等...
- 刘斌何红秋程绍辉孔韧陈慰祖王存新
- 关键词：HIV-1GP41克隆纯化
- 文献传递
- 用两步MS-PCR结合ELISA检测HIV-1逆转录酶基因的耐药性突变被引量：2
- 2006年
- 高效抗逆转录病毒治疗法(HAART)的推广使用有效地抑制了HIV-1病毒的传播和艾滋病(AIDS)的发病率、死亡率。近年来,HIV-1逆转录酶基因突变所导致的耐药性已成为HAART治疗失败的主要原因,耐药性突变的检测对于指导病人用药以及新药开发具有重要意义。发展了一种检测HIV-1逆转录酶基因耐药性突变的新方法。采用两步MS-PCR方法检测HIV-1B亚型野生型和耐药突变型逆转录酶基因突变,检测点包括M41L、K70R、K103N、Y181C和T215,并在两步MS-PCR基础上,设计比野生型引物长的突变型引物,结合微孔板杂交ELISA呈色技术检测各点突变。结果显示,简化的两步MS-PCR能保持灵敏度和特异性高的优点,ELISA的阳性结果与阴性结果的比值(P/N)达到要求,两步MS-PCR结合ELISA方法灵敏度高,操作简单、结果直观、成本低、相对耗时短且能进行高通量检测,使其无论在HIV-1耐药性突变及其它的点突变检测中都具有较好的临床应用前景。
- 何红秋程绍辉刘斌陈慰祖王存新
- 关键词：ELISAHIV-1逆转录酶基因耐药性
