山东省自然科学基金(ZR2011HM048)
- 作品数：10 被引量：10H指数：2
- 相关作者：张庆刚张少龙陈建中王伟梁志强更多>>
- 相关机构：山东师范大学山东交通学院山东建筑大学更多>>
- 发文基金：山东省自然科学基金国家自然科学基金博士科研启动基金更多>>
- 相关领域：生物学理学化学工程医药卫生更多>>
- 蛋白质微秒级折叠过程的快速模拟
- 2015年
- 使用ff12SB力场和广义玻恩(GB-Neck2)隐性水模型在GTX670 GPU上对4个蛋白质CLN025(2ZEI)、MHA6(2I9M)、Trp-Cage(1L2Y)、Villin(3TRW)的微秒级折叠过程进行了分子动力学模拟,2ZEI的折叠时间和均方根偏差为5.94μs和0.897,2I9M的折叠时间和均方根偏差为0.191μs和1.142,Villin的折叠时间和均方根偏差为4.23μs和1.37,Trp-Cage的折叠时间和均方根偏差为2.48μs和0.63。结果表明,蛋白质折叠模拟已经能够通过GPU计算在桌面计算机上实现。
- 林云张少龙张庆刚张怿慈
- 关键词：蛋白质折叠分子动力学GPU计算
- HIV-1蛋白酶与抑制剂3G3相互作用机制的分子动力学研究被引量：2
- 2013年
- HIV-1蛋白酶已经成为治疗艾滋病药物设计的重要靶标.本文采用分子动力学模拟和MM-PB/SA方法计算了抑制剂3G3与HIV-1蛋白酶的结合自由能,结果表明范德华作用驱动了3G3与蛋白酶的结合.同时也采用了基于残基的自由能分解方法计算了抑制剂-残基相互作用,结果证明残基Ala28,Val32/Val32′,Ile47,Gly49,Ile50/Ile50′,Ile84/Ile84′和Pro81′能与蛋白酶产生较为强烈的相互作用,同时也表明CH-π,π-π和CH-O相互作用控制了3G3与蛋白酶的结合.我们期望这个研究能为抗艾滋病的药物设计提供理论上的指导.
- 伊长虹梁志强王伟尹妍妍李洪云陈建中
- 关键词：分子动力学模拟
- 分子动力学研究2-乙酸苯并噻吩在HIV-1蛋白酶与抑制剂结合中的作用被引量：2
- 2013年
- 为了研究别构小分子2-乙酸苯并噻吩(2FX)在HIV-1蛋白酶与抑制剂结合中的作用,利用分子动力学方法分别对未结合和结合2FX的HIV-1蛋白酶抑制剂体系进行了100 ns的模拟,模拟计算中对每种体系均采用两种新的分子力场ff99SBildn和ff12SB.研究了2FX对体系构象的影响和两体系在不同力场下的动力学行为,分析了两体系的均方根偏差和残基的B因子,比较了计算结构和晶体结构,最后采用MM-PB/GBSA两种方法计算了两体系的结合自由能.研究表明,两种力场计算的结果虽有差异,但都说明2FX的结合导致蛋白酶构象的变化,使得体系更加稳定,尤其是flap的柔性减弱,使得蛋白酶和抑制剂的结合更牢固;另外,还发现ff12SB力场动力学过程更稳定.研究结果有助于为设计新的别构抑制剂提供理论依据.
- 孟现美王加磊张少龙张庆刚
- 关键词：抑制剂分子动力学模拟
- HIV-1蛋白酶异位抑制剂体系的长时间分子动力学模拟被引量：1
- 2013年
- 采用新开发的ff12SB力场在NVIDIA CUDA GPU上对HIV-1蛋白酶的活性位抑制剂体系和异位抑制剂体系分别进行了100 ns的长时间分子动力学模拟,并用MM-PB/GBSA方法计算了活性位点抑制剂TL-3与HIV-1蛋白酶的结合自由能。异位抑制剂体系中分子片段2-甲基环己醇结合在Exo位,有利于抑制剂被束缚在活性位点附近。异位抑制剂体系中抑制剂TL-3与蛋白酶的结合自由能为-85.78 kcal/mol,活性位抑制剂体系中为-79.45 kcal/mol。这些结果有助于深入了解HIV-1 PR的动力学过程,为设计新型强效抑制剂提供了新见解。
- 王加磊孟现美张庆刚张怿慈张少龙
- 关键词：CUDAAMBER
- MDM2与抑制剂PDIQ作用机制的结合自由能计算研究被引量：4
- 2014年
- 近年来p53-MDM2相互作用已成为抗癌药物设计的重要靶标.本工作采用分子动力学模拟和结合自由能计算研究抑制剂PDIQ与MDM2的结合模式.结果显示范德瓦尔斯作用是抑制剂结合的主体力量.基于残基的自由能分解计算结果表明CH-CH,CH-π和π-π相互作用驱动了抑制剂与MDM2的结合.这一研究可为抗癌药物的设计提供一定的理论指导.
- 时术华张少龙张庆刚
- 关键词：分子动力学
- 分子动力学和丙氨酸变异研究MDM2与抑制剂P4的结合模式被引量：1
- 2014年
- 抑制p53-MDM2相互作用已经成为癌症治疗的新途径.采用分子动力学模拟和MM-PBSA(molecular mechanics-Possion-Boltzmann surface area)方法研究了肽类抑制剂P4与MDM2的结合模式.研究表明P4与MDMD2疏水性裂缝的范德华作用是抑制剂结合的主导力量。采用丙氨酸变异计算研究了P4与MDM2的作用热区.结果表明残基Lys51,Leu54,Leu57,Ile61,Met62,Tyr67,Gln72,His73,Val93,His96和Ile99的丙氨酸变异导致了范德华作用的降低,而对极性相互作用几乎没有产生影响,同时也证明这些残基处于P4与MDM2作用表面的热区,对抑制剂的结合有重要贡献,这能为抗癌药物的设计提供理论上的指导.
- 陈建中梁志强王伟时术华张少龙段莉莉张庆刚
- 关键词：分子动力学MM-PBSA
- 抑制剂G4G与HIV-1蛋白酶作用模式的结合自由能计算研究被引量：1
- 2013年
- 本文采用分子动力学模拟和结合自由能计算研究了抑制剂G4G与HIV-1蛋白酶的作用机制.研究结果表明范德华作用主导了抑制剂G4G与HIV-1蛋白酶的结合.基于残基的自由能计算表明残基Gly49、Ile50、Val82、Ile84、Gly27′、Ala28′、Ile50′和Ile84′与G4G产生了较强的相互作用,同时研究也表明CH-π,CH-O相互作用和氢键是其主要的作用形式.该研究能为以HIV-1蛋白酶为靶标的抗艾滋病药物设计提供理论上的指导.
- 伊长虹梁志强王伟张少龙张庆刚陈建中
- 关键词：分子动力学
- HIV-1蛋白酶与抑制剂BEG相互作用的分子对接计算研究被引量：4
- 2014年
- 本文使用分子对接方法和MM/PBSA方法计算抑制剂BEG与HIV-1蛋白酶的结合自由能,结果表明范德华相互作用主宰了BEG与HIV-1蛋白酶的结合,还证明分子对接采用的分子力场相比于Amber12力场更适合于BEG-HIV蛋白酶系统.本文采用基于残基的自由能分解方法计算了抑制剂-残基相互作用,结果表明残基Leu23、Gly49、Ile50、Val82、Ile84、Asp25′、Gly27′、Ala28′、Gly49′、Ile50′和Ile84′与BEG产生了较强的相互作用,同时也证明CH-π和CH-O相互作用驱动了抑制剂BEG与HIV-1蛋白酶的结合.我们期望这个研究能为艾滋病治疗药物的合理化设计提供理论上的指导和实验上的参考.
- 伊长虹梁志强王伟张少龙张庆刚陈建中
- 关键词：分子动力学H
- 抑制剂PMI与MDM2结合模式的分子动力学研究
- 2013年
- p53-MDM2相互作用已经成为治疗癌症药物设计的重要靶标。采用分子动力学模拟和MM-PBSA方法计算了肽类抑制剂PMI与MDM2的绝对结合自由能,通过基于残基的自由能分解方法计算了MDM2的各残基与PMI的相互作用。结果表明:CH-π、CH-CH和π-π相互作用驱动了PMI在MDM2疏水性裂缝中的结合;相关矩阵的计算表明PMI在一定程度上诱导了MDM2内部的相关运动。
- 时术华陈建中张庆刚张少龙
- 关键词：物理化学分子动力学模拟相关矩阵PMI
- 抑制剂Amprenavir与HIV-2蛋白酶作用机制的分子动力学研究
- 2014年
- HIV-2蛋白酶已成为治疗艾滋病的一个重要药物靶标。作者采用分子动力学模拟并结合自由能计算,研究了抑制剂Amprenavir(AMP)与HIV-2蛋白酶的作用机制。研究结果表明范德华作用是AMP与HIV-2蛋白酶结合的主要力量。采用基于残基的自由能分解方法计算抑制剂-残基相互作用,结果表明疏水性的CH-π和CH-O相互作用驱动了抑制剂AMP与HIV-2蛋白酶的结合。作者期望这一研究结果能为抗艾滋病双重抑制剂的研发提供一定的理论指导。
- 程伟渊陈建中王伟梁志强伊长虹张少龙张庆刚
- 关键词：分子动力学分子力学
