黑龙江省博士后基金(LBH-Z08197)
- 作品数：3 被引量：13H指数：1
- 相关作者：林海龙任南琪李伟光闫险峰郑福帅更多>>
- 相关机构：哈尔滨工业大学哈尔滨师范大学更多>>
- 发文基金：中国博士后科学基金黑龙江省博士后基金黑龙江省教育厅科学技术研究项目更多>>
- 相关领域：环境科学与工程更多>>
- 中药废水污泥群落结构解析中PCR-DGGE引物的选择与评价被引量：12
- 2011年
- 在中药废水生物活性污泥群落DGGE解析过程中,为了探讨16S rDNA通用引物的扩增效率和对污泥细菌群落的表征能力,选用包括简并性引物在内的11对通用引物扩增16S rDNA序列的4个可变区,并应用DGGE图谱评价不同引物的扩增效率和微生物种群多样性.结果表明,采用不同引物对进行DGGE分析时,微生物种群多样性存在着显著的差异,其中V3和V6～V8可变区分辨率较高,图谱中条带丰富,多样性较好,适合分析中药废水生物活性污泥群落的结构,而V1～V3和V3～V5可变区DGGE图谱多样性较差.基于此,采用16S rDNA的V3和V6～V8区引物调查中药废水生物活性污泥群落都是适宜的,若考虑到序列携带更多的分类信息,建议应用V6～V8可变区引物(B968F/B1401R);为获得更高的群落多样性信息,建议将简并和通用引物扩增的V3区PCR产物等量混合后进行DGGE分析.
- 林海龙李伟光闫险峰任南琪
- 关键词：中药废水DGGE微生物多样性
- 阴沟肠杆菌flavocytochrome C基因克隆及序列分析被引量：1
- 2011年
- 为了克隆flavocytochrome C,研究其在阴沟肠杆菌产氢代谢中的作用和机制,利用CODEHOP设计阴沟肠杆菌NRRL B-414的flavocytochrome C简并引物,选用引物FlacJ扩增基因组DNA,分别得到约1800bp左右的PCR产物,该产物连接pMD18-T载体,并克隆转化至E.coli DH5α感受态细胞中,经筛选后测序。该基因片段长1740bp,编码579个氨基酸,G+C含量为58.51%,A+T含量为41.49%,其在GenBank注册号为GU565952。推导的FlacJ扩增产物氨基酸序列与Enterobacter cloacae subsp.cloacaeATCC13047的flavocytochrome C蛋白一致性最高达到95%,573个氨基酸编码序列中仅相差28个氨基酸,表明其为阴沟肠杆菌的flavocytochrome C基因。实验结果表明,试验已成功克隆到阴沟肠杆菌的flavocytochrome C的部分基因,不但增加了该基因的资源,也可为其产氢代谢工程研究提供科学依据和工作基础,同时也再次证明采用CODEHOP设计简并引物进行同源家族基因克隆成功率高。
- 林海龙付畅郑福帅任南琪
- 关键词：CODEHOPFLAVOCYTOCHROME
- 阴沟肠杆菌的Hy3AL和hycA部分基因克隆及序列分析
- 2011年
- 为了克隆氢化酶3大亚基(HyA3L)和甲酸氢酶抑制因子(hycA),研究其在阴沟肠杆菌产氢代谢中的作用和机制,笔者利用CODEHOP设计阴沟肠杆菌NRRL B-414的HyA3L和hycA简并引物,选用引物HyA3J和HycAJ扩增基因组DNA,分别得到约1500、150bp的PCR产物,该产物连接pMD 18-T载体,并克隆转化至E.coli DH5α感受态细胞中,经筛选后测序。推导的HyA3J扩增产物氨基酸序列与Enterobacter cancerogenus ATCC 35316的HyA3L蛋白一致性最高达到99%,仅有3个氨基酸的差异,表明其为阴沟肠杆菌的HyA3L;推导的HycAJ扩增产物氨基酸序列与Enterobacter cloacae subsp.cloacae ATCC 13047的HycA蛋白一致性最高达到92%,仅有4个氨基酸的差异,表明其为阴沟肠杆菌的hycA。通过以上分析可得出,采用CODEHOP程序设计的简并引物可信性强,阳性率高。阴沟肠杆菌NRRL B-414的氢化酶3大亚基和甲酸氢酶抑制因子部分基因的成功克隆,为获得氢化酶3大亚基和甲酸氢酶抑制因子的基因全长克隆奠定基础,不但可以增加这2个基因的资源,也可为其基因敲除等代谢工程研究提供科学依据和工作基础。
- 林海龙李伟光任南琪
- 关键词：CODEHOP
