广东省自然科学基金(06021276)
- 作品数：4 被引量：3H指数：1
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- SNP基因芯片结合多重置换扩增技术检测单细胞非整倍体的研究
- 2009年
- 【目的】建立并优化利用微阵列-比较基因组杂交技术检测单细胞非整倍体的实验方案。【方法】纤维母细胞系GM02732(47,XY,+18)和GM00343[46,XY,4(del)(qter>p14)]被用于实验。阳性对照组为上述细胞系的基因组DNA(gDNA)(A组与B组,n=6);实验组为单细胞模板的多重置换扩增(MDA)产物(C组与D组,n=10);阴性对照组为空白对照的MDA产物(E组,n=6)。以上样本与10k2.0基因分型芯片杂交并进行染色体拷贝数分析,比较利用非扩增的正常gDNA和同法扩增的DNA(MDA-DNA)作为分析参照对C组和D组的结果准确度的影响。【结果】A→E组的芯片杂交信号判读率分别为98.7%、97.2%、86.7%、85.9%与3.2%。利用单细胞MDA-DNA作为参照时,C组与D组杂交信号的变异程度明显小于使用gDNA作为参照时(P<0.05)。利用CNAT分析软件,发现以gDNA作为参照时,C组与D组部分染色体优势扩增明显,而使用MDA-DNA作为参照时则未观察到类似现象。【结论】结合MDA和基因芯片平台对单细胞进行非整倍体检测时应使用同法扩增的DNA作为分析参照。
- 凌家炜方丛徐艳文庄广伦
- 关键词：多重置换扩增植入前遗传学诊断
- 利用基因芯片对少量细胞进行非整倍体检测的影响因素分析
- 2009年
- 目的评估利用微阵列-比较基因组杂交技术检测少量细胞非整倍体的准确率及相关影响因素。方法结合10K2．0单核苷酸多态性（SNP）基因分型芯片平台与多重置换扩增技术（MDA），计算并比较扩增模板为1．10个细胞时各染色体拷贝数分析的准确率，评估影响芯片平台的拷贝数准确率的有关因素及其对染色体拷贝数异常的实际分辨率。结果使用MDA—DNA作参照时，拷贝数分析的准确率[（79．3±2．9）％～（100．0±1．7）％]高于使用gDNA作参照时的准确率[（66．7±3．4）％～（89．5±3．3）％]（P〈0．001）。随着模板增加至10细胞，芯片可在1M平滑化处理的同时获得94％的分析准确率。对于单细胞MDA产物，缺失型非整倍体具有比获得型非整倍体更高的分析准确率[1C组（71．9±4．1）％～（95．5±2．0）％；1C—sDel-4组（81．4±3．7）％～（99．6±2．8）％]，各组间差异均有统计学意义（P〈0．01）。结论10K2．0SNP基因分型芯片平台结合多重置换扩增技术可有效对少量细胞进行非整倍体检测，选择MDA-DNA作为参照是提高分析准确率的最关键因素，而增加细胞模板与提升分析中的平滑化参数（即降低芯片的分辨率要求）也有助于改善拷贝数准确率，在同样的条件下，芯片更容易准确检出缺失型非整倍体。
- 凌家炜方丛徐艳文庄广伦曹宝强
- 关键词：基因核酸扩增技术非整倍性比较基因组杂交
- 少量细胞模板下多重置换扩增技术的保真度评估
- 2010年
- 目的应用单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphism，SNP）芯片，检测以少量细胞（1～10个）为模板的多重置换扩增（multiple displacement amplification，MDA）产物的保真度。方法结合10K2．0SNP芯片平台与MDA，以纤维母细胞系GM02732（47，XY，＋18）作为模板，共分6组进行实验，其中A组与B组分别为阳性对照组（细胞gDNA）与阴性对照组（无模板MDA）；C-F组为实验组，分别以1、2、5和10个细胞为模板进行MDA扩增，产物与芯片杂交，检测并比较各组产物的基因组覆盖率、等位基因杂合性缺失（loss of heterozygosity，LOH）率以及等位基因脱扣（allele dropout，ADO）率。结果阴性对照组的MDA产物与gDNA序列有3．2％的重叠。随着起始模板从单细胞提升至10细胞，MDA产物的基因组覆盖率从86．4％逐步上升至96．4％，平均LOH率和ADO率则逐渐下降，各组之间比较差异均有统计学意义（P〈0．05）。结论多重置换扩增技术是一种高效而可靠的全基因组扩增方法，随着模板细胞的增加，MDA产物的保真度可获得明显的改善。10K 2．0SNP芯片可快速准确地在全基因组水平对DNA扩增产物进行保真度分析，但应注意区分LOH中的ADO和等位基因优势扩增，以避免产生误差。
- 凌家炜方丛徐艳文庄广伦曹宝强
- 关键词：单核苷酸多态性单细胞多重置换扩增微阵列芯片保真度
- 妇产科患者对见习医学生合作态度的调查分析被引量：3
- 2010年
- 目的评估妇产科患者对见习医学生的合作态度及其影响因素。方法通过问卷调查方法，了解中山大学附属第一医院妇产科学临床教学中患者对见习医学生的合作态度，并对其相关影响因素进行统计学分析。结果本研究共发出450份调查问卷。收回382份有效问卷，有效问卷回收率84．9％。69．9％的患者对见习医学生进行体检持拒绝态度，拒绝者的比例在年轻（20岁～29岁）、未婚、初诊与门诊的患者中更高。67．0％的患者希望示教能够在自己知情的前提下进行。87．0％的患者希望与见习医学生合作过程中有临床医生在场。希望见习医学生成为医生助手、诊疗过程的积极参与者和表示不知道的患者比例分别为46．6％、30．1％和23．3％，该比例与患者的年龄、婚姻状况、学历、是否首诊以及就诊部门（门诊或住院部）呈相关性。结论患者对见习医学生的合作态度与一些自身特征有关，同时患者是否事先知情和见习医学生的举止仪表也会对其产生影响。因此，在合适的患者人群中选择示教病例并于事先进行充分的沟通，将有助于改善医患关系，提高妇产科学临床见习的质量。
- 凌家炜陈敏玲邓宇王子莲
- 关键词：妇产科学医患关系医学生
