中央高校基本科研业务费专项资金(DL13BA01)
- 作品数：6 被引量：18H指数：3
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- 基于转录组的水稻干尖线虫锌指蛋白基因克隆及功能分析被引量：2
- 2015年
- 为了寻找线虫生殖相关基因,为开发线虫生殖抑制药剂提供理论基础,通过分析水稻干尖线虫转录组文库高通量测序数据,对Unigene进行KEGG路径分析,筛选出一个孕酮介导的卵母细胞形成代谢路径(progesterone-mediated oocyte maturation),并筛选出该路径的主要调控基因——锌指蛋白基因。通过同源序列比对发现水稻干尖线虫锌指蛋白氨基酸序列中含有核酸结合保守结构域NLS,进一步通过三维结构分析及分子对接验证该蛋白可与DNA分子结合。结果表明,水稻干尖线虫锌指蛋白可与其调控基因的启动子结合从而完成对孕酮介导的卵母细胞形成代谢路径的调控。通过本研究得出最终结论,水稻干尖线虫锌指蛋白具有生物防治价值,值得深入研究。
- 刘晓晗王峰李丹蕾董爱荣陈俏丽王博文零雅茗江珊段颜祯张玉洲
- 关键词：水稻干尖线虫锌指蛋白
- 欧美杂交杨Pnd-LRR3基因克隆及其抗锈菌侵染表达被引量：6
- 2015年
- 为深入探究欧美杂交杨(Populus nigra×P.deltoides)感病的分子机理,以及抗病基因在发病过程中所起的作用,克隆了欧美杂交杨LRR3蛋白编码基因Pnd-LRR3。对Pnd-LRR3基因进行了生物信息学分析,并对其在抗锈菌过程中的功能进行了研究。Q-PCR结果显示,强致病性的落叶松-杨栅锈菌(Melampsora larici-populina)E4菌株接种6 h,Pnd-LRR3基因表达量上调增幅较大,168 h为显著下调。说明Pnd-LRR3基因在E4侵染过程中起到一定抗性作用,但最终无法阻止锈菌的侵染。
- 陈俏丽李丹蕾王峰邹莉王志英牛春阳王博文零雅茗崔嵘张玉洲
- 关键词：落叶松-杨栅锈菌Q-PCR
- 贝西滑刃线虫糖苷水解酶16基因克隆及功能
- 2015年
- 为研究线虫寄生相关基因,基于贝西滑刃线虫转录组高通量测序数据,筛选并克隆了贝西滑刃线虫糖苷水解酶16基因,对该基因进行了功能分析;应用Mega 5.05选用WAG模型所构建的最大似然树进行分析比对;通过原位杂交,定位了糖苷水解酶16基因在线虫体内的表达部位,分析了糖苷水解酶蛋白的三维空间结构。结果表明:贝西滑刃线虫糖苷水解酶16基因与真菌亲缘关系近,是通过基因平移解说的一个重要佐证。
- 刘晓晗王峰李丹蕾董爱荣陈俏丽牛春阳王博文零雅茗江珊段颜祯
- 关键词：基因克隆
- 粗毛纤孔菌糖苷水解酶5基因克隆及蛋白质结构分析
- 2015年
- 【目的】克隆得到粗毛纤孔菌糖苷水解酶5基因,并对该基因进行生物信息学分析、蛋白质原核表达和酶活研究,为糖苷水解酶的利用提供依据。【方法】分离纯化粗毛纤孔菌,并于PDA斜面长期保存。应用TRIzol提取粗毛纤孔菌总RNA,通过AMV反转录系统将RNA反转录成c DNA,构建c DNA文库;应用NCBI BLAST分析并检测糖苷水解酶基因家族5阳性序列,RACE法克隆基因全长命名为Ih GH5-1并提交NCBI注册;ORF-Finder分析Ih GH5-1基因开放阅读框,推导出氨基酸序列;筛选NCBI登录的糖苷水解酶家族5同源序列,Clustal W进行保守结构域区段多序列比对;应用Mega 5.05选用WAG+G模型构建最大似然树;应用PSIPRED server对Ih GH5-1进行α螺旋和β折叠的蛋白质二级结构分析,应用SWISS-MODEL对Ih GH5-1进行三维建模,应用VMD1.8.6分析Ih GH5-1三维结构;设计原核表达引物并进行PCR扩增,将扩增得到的基因片段连接至p QE-30 UA载体并转入大肠埃希菌JM109感受态细胞,诱导表达后通过SDS-PAGE电泳检测表达量;测定糖苷水解酶活性并计算酶活。【结果】TRIzol提取的粗毛纤孔菌总RNA经分光光度计检验符合标准(OD260/OD280=2.0,OD260/OD230>1.8),c DNA文库成功构建并测序;RACE法克隆得到5'序列长度为770 bp,3'序列长度为1 562 bp且含有Poly A的序列,5'和3'序列拼接得到基因全长序列长1 727 bp,NCBI注册号为KM368321;ORF分析得到Ih GH5-1氨基酸序列含有300个氨基酸,分子质量为31.226 55 k D,等电点(p I)为9.24;结构域分析表明Ih GH5-1具有保守的催化结构域;最大似然树分析表明多数子囊菌糖苷水解酶家族5聚在一起,多数担子菌糖苷水解酶家族5聚在一起,粗毛纤孔菌Ih GH5-1蛋白质与太瑞斯梭孢壳霉和球毛壳菌等子囊菌的糖苷水解酶亲缘关系更近;蛋白质三维结构分析表明粗毛纤孔菌Ih GH5-1含有7个α螺旋、4个β折叠,三维比对表明粗毛纤孔菌Ih GH5-1三维结构与其他真菌糖苷�
- 刘晓晗王峰董爱荣陈俏丽刘立宏零雅茗王博文丁晓霞王世新
- 关键词：水曲柳
- 水稻干尖线虫X-box结合蛋白基因克隆及功能被引量：5
- 2014年
- 水稻干尖线虫不仅危害水稻等草本农作物,还侵染印度榕等乔本植物,对农林植物危害严重。为开发新的生物防治技术、鉴定具有生防潜力的基因,克隆了水稻干尖线虫X-box结合蛋白基因Ab-xbp-1。通过RNAi技术验证苏云金芽孢杆菌处理过程中Ab-xbp-1基因在水稻干尖线虫先天免疫激活过程中所起的作用。结果表明:Ab-xbp-1基因沉默后水稻干尖线虫免疫力下降,这一结果说明该基因具有生物防治潜力。
- 刘立宏王峰李丹蕾王步勇刘晓晗陈俏丽
- 关键词：水稻干尖线虫基因沉默苏云金芽孢杆菌
- 松材线虫乙酰胆碱酯酶1基因沉默及蛋白抑制剂被引量：8
- 2015年
- 【目的】为提高苦参碱的杀虫效果,对松材线虫的药剂防治靶标乙酰胆碱酯酶1基因(Bx ACE1)进行研究。【方法】松材线虫采集自广东省内马尾松,贝曼漏斗法分离,灰葡萄孢菌苔上25℃避光培养扩繁线虫。克隆Bx ACE1基因全长并进行序列分析,通过基因沉默和蛋白抑制2种技术阻断该基因功能,研究苦参碱的杀虫效果,并应用Q-PCR技术鉴定RNAi效果。【结果】5'和3'序列拼接得到基因全长2 145 bp,命名为Bx ACE1。同源序列多序列比对表明线虫ACE的进化速度与线虫进化速度一致。蛋白质三维结构分析表明,Bx ACE1由14个α螺旋包围着13个β折叠,鉴于氢键数量越多结合越稳定,利用docking技术筛选出石杉碱甲是松材线虫乙酰胆碱酯酶1蛋白的较佳抑制剂。RNAi明显增加了苦参碱的杀虫效果,石杉碱甲本身对线虫毒性较小,共同施用RNAi和石杉碱甲对线虫毒性仍然较小,但RNAi处理组线虫与Inhibitor(0.03%苦参碱+1μmol·L-1石杉碱甲处理线虫)处理组线虫在24,48及72 h存活率差异不显著,表明石杉碱甲处理线虫和Bx ACE1基因RNAi处理效果相近。【结论与其他】通过基因沉默和蛋白抑制2种技术阻断Bx ACE1功能均可以提高苦参碱的杀虫效果,RNAi技术能够简单易行地证明若阻断Bx ACE1功能可以提苦参碱的杀虫效果,但dsRNA容易降解等因素限制了该技术在生产实践中的广泛应用。石杉碱甲可以与Bx ACE1稳定结合,鉴定表明石杉碱甲可以提高苦参碱的杀虫效果,具有生防药剂辅剂的开发潜力,可替代基因沉默技术实现抑制Bx ACE1的目的。因此,通过乙酰胆碱酯酶抑制剂石杉碱甲可阻断Bx ACE1的功能,进而达到提高苦参碱等植物源药剂杀虫效果的目的。ACEIs通过抑制线虫体内的乙酰胆碱酯酶的活性,使线虫体内的胆碱水平短时间内大量提高,从而导致其中毒死亡。该类具有代表性的杀虫剂是有机磷类化合物和氨基甲酸�
- 刘立宏王峰马玲王步勇陈俏丽刘晓晗董婉莹薛羿
- 关键词：松材线虫乙酰胆碱酯酶石杉碱甲抑制剂苦参碱
