国家自然科学基金(31171273)
- 作品数：4 被引量：4H指数：1
- 相关作者：张长青李海玲李广平上官凌飞王进更多>>
- 相关机构：金陵科技学院南京林业大学南京农业大学更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金江苏省自然科学基金更多>>
- 相关领域：农业科学生物学更多>>
- 一个园艺植物基因组序列和注释的在线批量实时提取平台
- 2015年
- 目前,大量园艺植物基因组测序已经完成或接近尾声,它们的基因组序列和注释数据极大地促进了功能基因组学研究。为给科研人员提供批量下载特定的基因组区段序列和注释平台,笔者开发了一个称为OBRRP的生物信息学工具。OBRRP具有提取葡萄(Vitis vinifera)、桃(Prunuspersica)、草莓(Fragariia vesca)、黄瓜(Cucumissativus)、西瓜(Citrullus lanatus)、番茄(Solanum lycopersicum)、甜橙(Citrus sinensis)、苹果(Malus x domestica)、猕猴桃(Actinidia chinensis)、马铃薯(Solanum tuberosum)、香蕉(Musa acuminata)和拟南芥(Arabidopsis thaliana)12种植物基因组序列及注释数据的功能;同时,也具有扩展到其它Gbrowser浏览器架构的数据库功能。测试结果表明,OBRRP是一个快捷简便的在线、批量和实时提取工具,其登录地址为http://bioinfo.jit.edu.cn/OBRRP/。
- 张长青上官凌飞李海玲王进
- 关键词：基因组生物信息技术
- 越橘花果抗氧化物代谢通路及花青素合成酶基因表达分析被引量：1
- 2016年
- 以越橘花、幼果、成熟果为试材,基于转录组测序开展了抗氧化物代谢通路和花青素生物合成酶基因表达研究。结果表明,抗氧化物代谢通路中,黄酮类、苯丙素类合成通路是活跃的,叶酸类、类胡萝卜素、二苯乙烯类、二芳基庚酸类、姜酚、二萜类化合物的合成通路是部分支路活跃的,而其他抗氧化物通路是不活跃的。花青素合成酶基因中,苯丙氨酸裂解酶、肉桂酸羟化酶、查尔酮合成酶、4-羟查尔酮异构酶、黄烷酮-3-羟化酶、二氢黄酮醇-4-还原酶、花青素合成酶、类黄酮3,5-糖苷转移酶是幼果或成熟果中表达上调的。
- 张长青丁元亮
- 关键词：越橘合成酶基因
- 植物ta-siRNA合成作用级联研究进展被引量：1
- 2014年
- ta-siRNA是一类长21nt的内源非编码小RNA,其合成作用级联参与了植物童期向生殖期的转换、逆境适应、TAS甲基化修饰、花叶等侧生器官背腹性发育等重要生物过程。该文对近年来有关植物ta-siRNA合成作用级联的发现、功能、类型和识别等研究进展进行综述,同时分析了目前存在的问题和不足,并展望了未来的研究方向,以期对ta-siRNA合成作用级联的研究和利用提供参考。
- 张长青李海玲李广平
- 关键词：MIRNA
- 兔眼越橘新梢转录组测序与分析被引量：2
- 2015年
- 为研究兔眼越橘新梢中基因转录和抗氧化物代谢相关通路的基因表达,利用Illumina Solexa技术和生物信息学方法对兔眼越橘品种‘粉蓝’新梢进行转录组测序分析。结果表明,测序数据组装后共获得64 185条单体序列;将其与COG、KEGG、GO、NR和Swiss-Prot数据库比对后发现,共有37 900条单体与葡萄、桃、番茄、蓖麻、毛果杨、草莓等物种的基因具有同源性;基于COG数据库分析后可见,12 559条序列可归属其中,而转录类、复制-重组-修复类、翻译后修饰-蛋白质周转-分子伴侣类位居前列;基于KEGG数据库分析发现,19条抗氧化相关代谢通路中,黄酮类、苯丙素类代谢通路是活跃通路,叶酸类、类胡萝卜素、二苯乙烯类、二芳基庚酸类、姜酚、二萜类化合物的合成通路是部分支路活跃,而其他抗氧化相关通路基本无法产生预期功能成分。
- 张长青李海玲李广平
- 关键词：越橘新梢转录组
