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PCR-DGGE指纹图谱技术分析孤独症儿童肠道菌群结构: 目的应用PCR-DGGE（denaturing gradient gel electrophoresis,变性梯度凝胶电泳）指纹图谱技术对孤独症肠道微生物菌群结构进行研究。材料和方法分别提取正常儿童和孤独症儿童粪...; 张仁敏周东蕊宋媛杜彩贺魏婷婷胡芳肖飞孙蓓丽谢雪英陆祖宏; 关键词：PCR-DGGE 肠道菌群孤独症; 文献传递

异硫氰酸苯己酯降低U266细胞株p16基因甲基化的研究被引量：1: 2008年; 本研究探讨异硫氰酸苯己酯对p16基因高甲基化的多发性骨髓瘤U266细胞株是否有去甲基化的作用。用异硫氰酸苯己酯0、5、10μmol/L孵育U266细胞株,提取DNA备用。用亚硫酸氢盐处理正常人基因组DNA,并以此为模板进行PCR扩增。设计1组特殊荧光标记探针以构建1种检测p16基因启动子区3个CpG位点甲基化改变的芯片,特殊荧光标记探针包括1对非甲基化探针和甲基化探针,检测相邻的3个CpG位点甲基化的程度。采用基因芯片的方法,将完全未甲基化的DNA和完全甲基化的DNA混合后制成标准曲线,将U266细胞株样本处理后点在芯片上与标准曲线进行比较后得出定量检测的结果。结果表明:芯片上探针的可重复性和精确性很好,0、5、10μmol/L异硫氰酸苯己酯处理后的U266细胞株p16基因的甲基化程度分别为78.2%、61.7%、54.8%。结论:异硫氰酸苯己酯可以降低U266细胞株p16基因甲基化的程度。; 陈宝安寿倍明周冬蕊丁家华高冲孙耘玉王骏程坚赵刚宋慧慧鲍文刘德龙马旭东陆祖宏; 关键词：异硫氰酸苯己酯 P16基因甲基化基因芯片

大口黑鲈微卫星DNA指纹图谱的构建和遗传结构分析被引量：17: 2012年; 以国内目前养殖的大口黑鲈[Micropterus salmoides(Lacépède)]群体(CH)、2009年引进的佛罗里达亚种(FL-09)、2010年引进的佛罗里达亚种(FL-10)、2010年引进的北方亚种(NT-10)为实验材料,应用43个微卫星DNA标记对这4个大口黑鲈群体进行遗传检测,构建了各群体的微卫星DNA指纹图谱,并对其遗传结构进行分析。结果显示:CH、FL-09、FL-10和NT-10群体的平均等位基因数(A)分别为2.58、3.74、3.70和4.21,平均期望杂合度(He)分别为0.4549、0.4896、0.5010和0.6138,平均多态信息量(PIC)分别为0.3786、0.4443、0.4566和0.5546,表明国内目前养殖的大口黑鲈群体遗传多样性水平远远低于国外新引进的大口黑鲈群体。利用UPGMA法对4个群体进行聚类,结果 FL-09和FL-10聚为一支,遗传距离为0.0506;NT-10和CH聚为另一支,遗传距离为0.4244,推测FL-09和FL-10两个佛罗里达亚种属于相同的群体,而NT-10和CH两个北方亚种来自不同的群体,甚至不同的水系。同时从指纹图谱中,筛选到5个特异的微卫星标记(JZL114、MiSaTPW11、Lma120、Mdo6和Msal21),可以鉴别FL、NT-10和CH群体,其中MiSaTPW11和Msal21这两个标记组合可以完全鉴别这3个群体。将5个特异性微卫星标记的图谱数据转化成计算机可以识别的数码指纹,可以方便应用于大口黑鲈不同群体及其杂交种的鉴定。研究结果可以为我国大口黑鲈种质资源保存、品种鉴定和良种选育提供理论依据。; 樊佳佳白俊杰李胜杰任坤叶星; 关键词：大口黑鲈微卫星标记指纹图谱

c-Jun binding site identification in K562 cells被引量：2: 2011年; Determining the binding sites of the transcription factor is important for understanding of transcriptional regulation. Transcription factor c-Jun plays an important role in cell growth, differentiation and development, but the binding sites and the target genes are not clearly defined in the whole human genome. In this study, we performed a ChIP-Seq experiment to identify c-Jun binding site in the human genome. Forty-eight binding sites were selected to process further evaluation by dsDNA microarray assay. We identified 283 c-Jun binding sites in K562 cells. Data analysis showed that 48.8% binding sites located within 100 kb of the upstream of the annotated genes, 28.6% binding sites comprised consensus TRE/CRE motif （5′-TGAC/GTCA-3′, 5′-TGACGTCA-3′） and variant sequences. Forty-two out of the selected 48 binding sites were found to bind the c-Jun homodimer in dsDNA microarray analysis. Data analysis also showed that 1569 genes are located in the neighborhood of the 283 binding sites and 191 genes in the neighborhood of the 42 binding sites validated by dsDNA microarray. We consulted 38 c-Jun target genes in previous studies and 16 among these 38 genes were also detected in this study. The identification of c-Jun binding sites and potential target genes in the genome scale may improve our fundamental understanding in the molecular mechanisms underlying the transcription regulation related to c-Jun.; Minli LiQinyu GeWei WangJinke WangZuhong Lu; 关键词：C-JUN

大口黑鲈选育群体遗传结构的微卫星分析被引量：19: 2010年; 采用微卫星标记技术分析不同世代大口黑鲈选育群体的遗传结构。利用11对微卫星引物对大口黑鲈第2～4代选育群体及南水群体(对照)共120个个体进行PCR扩增,共得到28个等位基因。每个位点获得2～3个等位基因,平均等位基因为2.54。第2代(F_2)、第3代(F_3)、第4代(F_4)及南水群体(CG)的平均多态信息含量(PIC)值分别为:0.423、0.419、0.386、0.366。与F_2相比,F_4的遗传多样性减少8.76%,但与CG相比,F_4仍具有较高的遗传多样性,表明大口黑鲈选育群体的遗传基础逐步趋向纯化,且仍有较大选育潜力。此外,尽管F_2与F_4的遗传距离(0.022)比F_2与F_3的(0.011)大,但世代间的F_(st)值(0.006～0.009)均小于0.05,且世代群体总遗传分化指数为0.013,表明选育群体已出现遗传分化,但分化程度较低。; 李镕白俊杰李胜杰卢建峰李小慧刘楚吾; 关键词：大口黑鲈选育群体微卫星

大口黑鲈GHRH-LP和GHRH基因序列同源性、基因结构和时序表达研究被引量：8: 2011年; 促生长激素释放激素(Growth hormone releasing hormone,GHRH)是生长激素释放调控的重要因子。过去人们一直将鱼类的促生长激素释放激素样多肽(Growth hormone releasing hormone like peptide,GHRH-LP)误认为是GHRH,直到最近才分离出GHRH基因。为了了解GHRH和GHRH-LP基因的结构特征及表达差异,研究克隆了大口黑鲈(Micropterus salmoides)GHRH和GHRH-LP基因,同时应用实时定量PCR技术研究了这两个基因的组织表达及发育时序表达情况。结果显示,大口黑鲈GHRH的成熟肽由27个氨基酸残基组成,GHRH-LP的成熟肽由44个氨基酸残基组成。两个基因均由5个外显子和4个内含子组成,但两者成熟肽编码区在外显子上的分布有明显不同。与其他脊椎动物比较,GHRH同源性为74%—100%,而GHRH-LP同源性为41%—96%,两者间具有一定的相似性(37%—63%)。GHRH基因仅在前脑和延脑中表达,而GHRH-LP基因在中枢神经系统及外周组织中均有表达;在胚胎发育过程中GHRH在神经胚后期检测到表达,其表达水平在仔鱼出膜1d后显著提高,而GHRH-LP在囊胚期及后续发育过程中均检测到表达。基因结构、序列同源性及表达谱研究均表明,GHRH和GHRH-LP存在显著差异,应为具有不同功能的两个基因。; 韩林强白俊杰李胜杰; 关键词：大口黑鲈 GHRH 基因结构

肺癌患者不同舌苔类型菌群结构分析被引量：19: 2010年; 中医舌苔类型是中医诊断重要组成部分,中医舌苔形成机制复杂,其中舌苔菌群结构是影响舌苔形成的重要影响因素.该项研究收集肺癌病人不同舌苔类型样本,采用变性梯度凝胶电泳技术进行分子生物学分析,结果发现相同舌苔类型的不同样本之间有较高的相似性,提示舌苔类型与菌群结构相关,分析与鉴定菌群的组成可促进中医诊断标准化.; 肖飞周东蕊徐征丁以艳杜彩贺毛胜勇吴承玉陆祖宏; 关键词：菌群结构

大口黑鲈生长激素促分泌素cDNA结构和早期发育阶段表达谱分析被引量：5: 2010年; 研究采用RT-PCR、RACE和PCR技术从大口黑鲈胃组织中克隆得到ghrelin基因的cDNA。该基因全长434bp,其中开放阅读框(open reading frame,ORF)321bp,编码107个氨基酸的前肽,20个氨基酸的成熟肽位于第27位到第46位氨基酸处。前肽和成熟肽的氨基酸与已报导的舌齿鲈进行同源性分析,相似性分别为85%和90%。为进一步了解ghrelin基因在鱼体早期发育阶段的表达,本实验采用实时定量PCR(real-time PCR)方法检测了ghrelin基因在大口黑鲈胚胎和仔鱼发育过程的表达谱。结果显示,ghrelin基因在受精卵时期就有少量表达,但直到体节出现之前表达量均较低。出膜第4天ghrelin基因出现大量表达,第12天ghrelin基因表达量更显著增加,出膜第4天和第12天的表达量分别是受精卵时期表达量的206.77倍和531.20倍。出膜第4天正是大口黑鲈仔鱼"开口觅食期",仔鱼消化系统初步发育成型,由完全利用卵黄囊营养转为从外界觅食阶段,到出膜第12天,仔鱼消化系统已发育完善,完全依靠外界营养提供能量,由ghrelin基因的表达量变化可推测其可能参与了鱼类早期发育阶段的摄食调节。; 樊佳佳白俊杰李小慧杜芳芳于凌云叶星; 关键词：大口黑鲈实时定量PCR 早期发育表达谱

PCR-DGGE技术分析孤独症家庭成员肠道菌群结构被引量：3: 2010年; 目的应用PCR-DGGE(denaturing gradient gel electrophoresis,变性梯度凝胶电泳)技术对孤独症家庭成员肠道微生物菌群结构进行研究.材料和方法提取粪便细菌总基因组DNA,PCR扩增细菌16S rDNA基因V3可变区,DGGE方法检测PCR产物.结果建立了孤独症家庭成员肠道菌群组成的DGGE指纹图谱,分析结果显示孤独症儿童肠道菌群结构的相似度为0.42-0.65,家庭内孤独症儿童与父母之间的相似度为0.42-0.68.结论 PCR-DGGE技术是一种快速有效的用于分析研究人体肠道菌群结构的技术.孤独症儿童肠道菌群结构与父母的相似度较高,提示生活环境对肠道菌群的组成有影响.; 张仁敏周东蕊宋媛杜彩贺魏婷婷胡芳陆祖宏; 关键词：PCR-DGGE 孤独症肠道菌群 RDNA

甲基化特异性微阵列法定量检测恶性血液病患者p16基因甲基化: 2008年; DNA甲基化是细胞的一种表观遗传现象，也是一种重要的影响基因表达的机制。当DNA异常甲基化时会导致癌基因的激活和抑癌基因的沉默，促使肿瘤的发生^[1]。研究表明，CpG二核苷酸是肿瘤中癌基因和抑癌基因突变的热点^[2]。目前研究DNA甲基化的技术包括Southern blot法、限制性内切酶-PCR法、DNA测序法、甲基化特异性PCR（MSP）、单链核苷酸引物延伸法、变性高压液相色谱法等。; 陈宝安寿倍明周冬蕊丁家华高冲孙耘玉王骏程坚赵刚宋慧慧鲍文裴孝平马旭东刘德龙陆祖宏; 关键词：甲基化特异性 P16基因甲基化恶性血液病患者 DNA甲基化高压液相色谱法

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