国家林业局948项目(2011-G21)
- 作品数：3 被引量：9H指数：2
- 相关作者：李成慧陈飞蔡斌梁英海尹欢更多>>
- 相关机构：南京农业大学苏州农业职业技术学院吉林省农业科学院更多>>
- 发文基金：引进国际先进农业科技计划更多>>
- 相关领域：农业科学更多>>
- 葡萄bHLH转录因子家族全基因组分析被引量：7
- 2013年
- 通过生物信息学的方法，鉴定得到110个葡萄的bHLtl基因，分别命名为VvbHLH001一VvbHLHll0。葡萄bHLH基因可以分为24个亚家族，以非随机的方式分布在19条染色体上，其中有10组基因发生了串联复制。基因芯片表达分析显示葡萄bHLH基因具有器官特异性表达，如亚家族Ib（2）在根中特异表达，可能与根活力有关；VvbHl2g）03和VvbHLttl6基因在花蕊及花序中特异表达，推测与花器官发育有关。研究结果可为进一步开展bHLH家族的基因功能和分子进化机制的研究提供基础。
- 尹欢蔡斌李成慧陈飞
- 关键词：葡萄BHLH转录因子生物信息学
- 葡萄孤儿基因的表达分析和功能推测被引量：2
- 2013年
- 孤儿基因为某物种基因组内特有的,在其它物种内没有同源基因存在的特殊基因。对物种孤儿基因的鉴定和分析已成为比较基因组学研究的一个新兴领域。本研究通过生物信息学的分析,着重研究了49个葡萄孤儿基因在各发育阶段和各器官中的特异表达特性、亚细胞定位预测和共表达基因群的生物学过程基因本体论(GO)分析。结果显示,35个基因在NCBI的EST数据库中存在EST表达证据,其中有7个基因具有器官表达特异性,且大部分在生殖器官中特异表达。通过亚细胞定位预测到大部分葡萄孤儿基因为分泌蛋白。GO分析表明葡萄孤儿基因的共表达基因群主要参与寡肽转运和跨膜运输等生物学过程,这与葡萄孤儿基因的亚细胞定位预测结果相一致。本文研究结果将为葡萄孤儿基因的进一步功能分析提供重要研究基础。
- 李成慧蔡斌梁英海贾士禄
- 关键词：葡萄生物信息学
- 葡萄谱系特有基因生物信息学识别、基因结构与表达特性分析被引量：2
- 2013年
- 以葡萄全基因组29 971蛋白序列为查询序列,与包括葡萄在内的31个已测序植物蛋白序列、TIGR和NCBI数据库中的EST和非冗余蛋白质序列进行非同源性比对分析,保留E值大于0.01的序列,去除重复序列、转座子和注释不准确的基因序列,保留的非同源基因识别为葡萄谱系特有基因;并对谱系特有基因的结构和具有芯片表达信息的谱系特有基因的表达特性进行了分析。结果表明:共识别了2 009个葡萄谱系特有基因,与葡萄保守基因相比较,葡萄谱系特有基因平均外显子数量较少,为2个;平均外显子长度较短,为232 bp;平均内含子长度较长,为1 723 bp,与拟南芥、水稻等谱系特有基因结构特点相似,谱系特有基因可能具有相似的起源和进化模式。在47个具有芯片表达信息和相应UniGene信息的基因中,Vv04s0023g01710、Vv00s0187g00160、Vv17s0000g09800、Vv14s0083g00260分别在叶片、茎、细胞培养物、果实中相对表达量最高,相对表达量分别为2 120、2 282、5 566、1 428;有25个谱系特有基因仅在某一器官中表达,表明谱系特有基因具有器官特异性特点;分析34个谱系特有基因在4种非生物胁迫下基因表达情况,表明大部分基因表达受到明显抑制或不受诱导,推测非生物胁迫影响了这些谱系特有基因正常功能,也说明这些谱系特有基因较少参与非生物胁迫过程。
- 梁英海陈飞王刚王敏冯冠乔程宗明
- 关键词：葡萄生物信息学基因表达
