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环糊精常温液态水化过程的受控分子动力学(SMD)模拟研究被引量：3: 2005年; 受控分子动力学(Steered Molecular Dynamics,SMD)是一种新型的分子动力学方法。本文用SMD模拟方法研究了α-,β- 和γ-环糊精在常温下从真空穿过气液界面进入水溶液的动态水化过程。模拟发现,在垂直于水溶液气液界面方向的微小外力作用下,三种环糊精在水溶液气液界面上沿着垂直于分界面方向都呈现出窄口端取向。结合环糊精的结构特点,对动态水化过程中各种氢键作用变化的分析表明:这种一致的取向是天然环糊精的结构特性的集中体现。; 李振龙蔡文生潘忠孝; 关键词：环糊精水化氢键

碳原子簇 C_n(n=2-20)的结构优化及构型转换: 2004年; 将并行快速退火演化算法结合Brenner 势能函数用于小碳原子簇C_n(n=2-20)的结构优化,得到了最稳定构型:C_2-C_4为线型结构;C_5-C_(17)为单环;C_(18)和C_(19)为类富勒烯的笼状结构;C_(20)为最小的富勒烯。在Brenner 势中使用了关于键级的修正项F_(ij)以考虑成键轨道的非正常重叠和非局域效应,研究了F_(ij)项对碳原子簇键级以及结构转变产生的影响和原因,结果表明该修正项可以降低多环碳原子簇的键级,使得原子簇C_(18)和C_(20)的最稳定结构发生从多环到笼状的转变。; 邵楠蔡文生邵学广潘忠孝; 关键词：碳原子簇结构优化键级

基于Globus Toolkit和Sun^(TM) ONE Grid Engine构建计算网格被引量：1: 2005年; 网格计算(grid computing)是近几年发展起来的一个崭新研究领域,引起国内外学术界及工业界的广泛关注。其目的是研究如何安全有效地将现有的各种计算资源(尤其是那些分布在Internet的异构网络中的计算资源)组织起来协同解决复杂的科学及工程计算问题。在化学信息学和生物信息学中最典型的应用是虚拟高通量筛选侯选药物分子。本文以两个Linux机群为基础,用开放源码的网格支持软件包Globus Toolkit 3.2及Sun^(TM) ONE Grid Engine 5.3成功构建了计算网格;并通过设计测试程序实现一次性提交多个作业(300个)以及分析作业在计算网格中各个节点的分配及运行情况,从而测试了计算网格的效率。结果表明,所构建的计算网格在保持原机群运行稳定、可靠的前提下,改进了系统资源的分配管理方式以及用户提交作业的方法,从整体上提高了网络计算资源的利用率,也同时方便了系统的管理。; 苏振强徐佳维蔡文生邵学广; 关键词：计算网格 ONE GRID ENGINE 计算机群

柔性对接算法用于β-环糊精和胆汁酸的分子识别研究被引量：1: 2003年; 为了研究β-环糊精与胆汁酸形成包结物的稳定性和分子识别机制,采用自行研制的柔性对接算法对β-环糊精和不同胆汁酸的分子识别进行了分子力学模拟,并和刚性对接方式进行了比较。结果表明:柔性对接优化得到的结构比相应的刚性对接得到的结构更合理;包结物的稳定性随着胆汁酸所含羟基数目的增加而降低;对于含有相同羟基数目的胆汁酸,羟基的位置及其取向对包结物的稳定性也存在影响;范德华能和去溶剂化能是影响包结物稳定性的主要因素。; 蔡文生姚雪霞于艳敏邵学广潘忠孝; 关键词：Β-环糊精胆汁酸分子识别药物分子包结物

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国家自然科学基金(20172048)